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万見
- PDB-8s6a: X-ray structure of Dishevelled 3 PDZ domain in a complex with a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s6a
タイトルX-ray structure of Dishevelled 3 PDZ domain in a complex with a class III peptide ligand
要素
  • C8 peptide
  • Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dishevelled / Wnt signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / positive regulation of neuron projection arborization / non-canonical Wnt signaling pathway / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / WNT mediated activation of DVL / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / canonical Wnt signaling pathway ...Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / positive regulation of neuron projection arborization / non-canonical Wnt signaling pathway / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / WNT mediated activation of DVL / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of GTPase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / regulation of actin cytoskeleton organization / Degradation of DVL / positive regulation of JNK cascade / RHO GTPases Activate Formins / beta-catenin binding / small GTPase binding / regulation of protein localization / protease binding / protein stabilization / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dishevelled-3 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain ...Dishevelled-3 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Komarek, J. / Barinka, C.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Academy of Sciences86652036 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of Dishevelled 3 PDZ domain in complex with C8 peptide
著者: Komarek, J. / Barinka, C.
履歴
登録2024年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3
A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3
P: C8 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9513
ポリマ－24,9513
非ポリマー00
水1,820101
1
A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3
P: C8 peptide

B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9513
ポリマ－24,9513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.910, 42.560, 48.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3 / Dishevelled-3 / DSH homolog 3


分子量: 11988.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL3, KIAA0208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92997
#2: タンパク質・ペプチド C8 peptide


分子量: 973.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 22.5% PEG 4000, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.3418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→48.02 Å / Num. obs: 40696 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.36→1.39 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1995 / CC1/2: 0.221 / Rpim(I) all: 1.421 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.433 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24651 2019 5 %RANDOM
Rwork0.18185 ---
obs0.18522 38661 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å2-0 Å23.16 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.36→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1535 0 0 101 1636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.0171536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.6322183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6181.5773571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6665213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62823.42176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77615284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.823159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.72.914837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7012.914836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7654.3771049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7624.3781050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1383.563771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1443.565771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1815.1211132
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.27735.8721673
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.27135.8141666
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.92933144
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.362→1.397 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 122 -
Rwork0.377 2851 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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