PDB-8s5s: Crystal structure of a Sulfite dehydrogenase from Thermus thermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5s

タイトル

Crystal structure of a Sulfite dehydrogenase from Thermus thermophilus

要素

Putaitve sulfite oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Electron transfer / SOR / Molybdopterine

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Djeghader, A. / Soulimane, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and Spectroscopic Investigations of pH-Dependent Mo(V) Species in a Bacterial Sulfite-Oxidizing Enzyme.
著者: Djeghader, A. / Rendon, J. / Biaso, F. / Gerbaud, G. / Nitschke, W. / Schoepp-Cothenet, B. / Soulimane, T. / Grimaldi, S.

履歴

登録	2024年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5s.cif.gz	103 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5s.ent.gz	73.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putaitve sulfite oxidase

ヘテロ分子

43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putaitve sulfite oxidase

ヘテロ分子

A: Putaitve sulfite oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
87.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.020, 130.020, 114.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-632- HOH
2	1	A-684- HOH
3	1	A-689- HOH
4	1	A-697- HOH
5	1	A-761- HOH
6	1	A-765- HOH
7	1	A-767- HOH
8	1	A-789- HOH

#1: タンパク質	Putaitve sulfite oxidase 分子量: 43156.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: TTHA1325 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SIP4
#2: 化合物	ChemComp-MSS / (MOLYBDOPTERIN-S,S)-OXO-MOLYBDENUM 分子量: 505.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂MoN₅O₇PS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 14% PEG 8000, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96851 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96851 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.56 Å / Num. obs: 49202 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_pim(I) all: 0.02516 / Net I/σ(I): 16.83
反射シェル	解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 4833 / CC_1/2: 0.733 / CC star: 0.92 / R_pim(I) all: 0.3857 / % possible all: 99.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→42.559 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.594 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	2000	4.065 %
R_work	0.1653	47202	-
all	0.166	-	-
obs	-	49202	99.961 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.295 Å²	-0.147 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.295 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.956 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2974	0	27	319	3320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.926	1.847	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.617	1.748	6797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.647	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.001	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.848	10	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	0.003	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.567	10	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.075	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.022	3.261	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.021	3.261	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.84	5.843	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.85	5.845	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.921	3.818	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.919	3.818	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.346	6.743	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.345	6.743	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.608	31.94	3496
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.592	31.009	3421

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.295	144	0.265	3405	0.266	3550	0.935	0.952	99.9718	0.252
1.898-1.95	0.247	142	0.232	3358	0.233	3500	0.954	0.959	100	0.217
1.95-2.006	0.247	138	0.221	3240	0.222	3378	0.96	0.965	100	0.2
2.006-2.068	0.267	134	0.213	3163	0.216	3297	0.948	0.968	100	0.19
2.068-2.136	0.218	130	0.184	3068	0.185	3198	0.968	0.976	100	0.16
2.136-2.21	0.215	126	0.175	2980	0.176	3106	0.967	0.979	100	0.152
2.21-2.293	0.216	122	0.173	2870	0.175	2992	0.967	0.98	100	0.15
2.293-2.387	0.212	117	0.172	2767	0.174	2884	0.971	0.981	100	0.148
2.387-2.493	0.211	113	0.161	2671	0.163	2784	0.967	0.983	100	0.14
2.493-2.614	0.208	108	0.16	2543	0.162	2651	0.973	0.984	100	0.14
2.614-2.755	0.209	104	0.16	2445	0.162	2549	0.97	0.984	100	0.143
2.755-2.921	0.185	97	0.154	2295	0.155	2392	0.974	0.985	100	0.141
2.921-3.122	0.211	92	0.166	2189	0.168	2281	0.973	0.982	100	0.156
3.122-3.37	0.175	87	0.158	2035	0.159	2124	0.981	0.985	99.9058	0.155
3.37-3.69	0.159	80	0.159	1889	0.159	1969	0.983	0.986	100	0.16
3.69-4.121	0.167	72	0.147	1727	0.148	1799	0.986	0.988	100	0.154
4.121-4.751	0.15	65	0.13	1522	0.131	1588	0.988	0.99	99.937	0.145
4.751-5.801	0.167	57	0.141	1323	0.142	1382	0.988	0.99	99.8553	0.159
5.801-8.129	0.21	44	0.177	1059	0.178	1103	0.975	0.985	100	0.205
8.129-42.559	0.173	28	0.199	652	0.198	685	0.981	0.971	99.2701	0.233

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