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- PDB-8s5r: Structure of the Chlamydia pneumoniae effector SemD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s5r
タイトルStructure of the Chlamydia pneumoniae effector SemD
要素Effector SemD
キーワードENDOCYTOSIS / effector effector protein
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chlamydia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kocher, F. / Applegate, V. / Reiners, J. / Port, A. / Spona, D. / Haensch, S. / Smits, S.H. / Hegemann, J. / Moelleken, K.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)417919780 ドイツ
German Research Foundation (DFG)267205415 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The Chlamydia pneumoniae effector SemD exploits its host's endocytic machinery by structural and functional mimicry.
著者: Kocher, F. / Applegate, V. / Reiners, J. / Port, A. / Spona, D. / Hansch, S. / Mirzaiebadizi, A. / Ahmadian, M.R. / Smits, S.H.J. / Hegemann, J.H. / Molleken, K.
履歴
登録2024年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Effector SemD
A: Effector SemD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6632
ポリマ－68,6632
非ポリマー00
水3,891216
1
B: Effector SemD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3321
ポリマ－34,3321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Effector SemD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3321
ポリマ－34,3321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.999, 51.957, 58.628
Angle α, β, γ (deg.)88.333, 105.892, 117.433
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 12 through 43 or resid 45 through 156 or resid 158 through 247))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 12 through 43 or resid 45...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEUASNASNAB12 - 4387 - 118
d_12GLYGLYTHRTHRAB45 - 156120 - 231
d_13ASPASPALAALAAB158 - 247233 - 322
d_21LEULEUASNASNBA12 - 4387 - 118
d_22GLYGLYGLYGLYBA45 - 148120 - 223
d_23SERSERTHRTHRBA151 - 156226 - 231
d_24ASPASPALAALABA158 - 247233 - 322

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.551977439338, 0.826944613355, 0.107161153899), (0.823340270627, -0.560843187638, 0.0869811338344), (0.132029183232, 0.0402184699273, -0.990429588336)ベクター: -28. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.551977439338, 0.826944613355, 0.107161153899), (0.823340270627, -0.560843187638, 0.0869811338344), (0.132029183232, 0.0402184699273, -0.990429588336)
ベクター: -28.6460167275, 54.554218117, 3.17935490557)

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要素

#1: タンパク質 Effector SemD


分子量: 34331.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlamydia (バクテリア)
遺伝子: CP_0070, CPn_0677, BN1224_CV15_C_01450, BN1224_GiD_A_07040, BN1224_H12_EK_00710, BN1224_MUL2216_F_02260, BN1224_Panola_J_01100, BN1224_PB1_B_06920, BN1224_U1271_C_05340, BN1224_Wien2_G_ ...遺伝子: CP_0070, CPn_0677, BN1224_CV15_C_01450, BN1224_GiD_A_07040, BN1224_H12_EK_00710, BN1224_MUL2216_F_02260, BN1224_Panola_J_01100, BN1224_PB1_B_06920, BN1224_U1271_C_05340, BN1224_Wien2_G_03310, BN1224_YK41_BR_01220, CWL029c_D_02120
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z7M7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Citric acid (pH 2.5), 20% (w/v) PEG 6000 (pH 4)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.916771 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.82 Å / Num. obs: 51456 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.61
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 2675 / CC1/2: 0.939

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→45.82 Å / SU ML: 0.2786 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.3166
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2776 2838 5.52 %
Rwork0.2182 48618 -
obs0.2214 51456 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3543 0 0 216 3759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19294914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0809565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.4614495
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.26105376419 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.32951460.27922518X-RAY DIFFRACTION95.62
2.14-2.180.30221480.27272441X-RAY DIFFRACTION95.89
2.18-2.220.35661450.26862489X-RAY DIFFRACTION95.64
2.22-2.260.44541390.33192348X-RAY DIFFRACTION89.72
2.26-2.310.31751370.28532403X-RAY DIFFRACTION94.85
2.31-2.370.29111400.25672444X-RAY DIFFRACTION91.89
2.37-2.420.28671410.24752402X-RAY DIFFRACTION94.39
2.42-2.490.31921460.23662509X-RAY DIFFRACTION94.48
2.49-2.560.30651470.23942472X-RAY DIFFRACTION95.79
2.56-2.650.29951470.2362471X-RAY DIFFRACTION95.76
2.65-2.740.34261440.23252470X-RAY DIFFRACTION95.19
2.74-2.850.30361330.24082392X-RAY DIFFRACTION93.45
2.85-2.980.32811360.23552445X-RAY DIFFRACTION94.4
2.98-3.140.2671490.24692488X-RAY DIFFRACTION94.11
3.14-3.330.30361440.21992372X-RAY DIFFRACTION92.43
3.33-3.590.29131410.20542385X-RAY DIFFRACTION92.53
3.59-3.950.25691340.1932360X-RAY DIFFRACTION89.78
3.95-4.520.24221370.16942315X-RAY DIFFRACTION90.15
4.52-5.70.23591430.18712448X-RAY DIFFRACTION93.74
5.7-100.20291410.19292446X-RAY DIFFRACTION94.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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