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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s5r | |||||||||
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タイトル | Structure of the Chlamydia pneumoniae effector SemD | |||||||||
要素 | Effector SemD | |||||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS / effector effector protein | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Chlamydia (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kocher, F. / Applegate, V. / Reiners, J. / Port, A. / Spona, D. / Haensch, S. / Smits, S.H. / Hegemann, J. / Moelleken, K. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the Chlamydia pneumoniae effector SemD 著者: Kocher, F. / Applegate, V. / Reiners, J. / Port, A. / Spona, D. / Haensch, S. / Smits, S.H. / Hegemann, J. / Moelleken, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8s5r.cif.gz | 130.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8s5r.ent.gz | 81.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8s5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8s5r_validation.pdf.gz | 448.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8s5r_full_validation.pdf.gz | 454.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8s5r_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8s5r_validation.cif.gz | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.551977439338, 0.826944613355, 0.107161153899), (0.823340270627, -0.560843187638, 0.0869811338344), (0.132029183232, 0.0402184699273, -0.990429588336)ベクター: -28. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.551977439338, 0.826944613355, 0.107161153899), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34331.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlamydia (バクテリア) 遺伝子: CP_0070, CPn_0677, BN1224_CV15_C_01450, BN1224_GiD_A_07040, BN1224_H12_EK_00710, BN1224_MUL2216_F_02260, BN1224_Panola_J_01100, BN1224_PB1_B_06920, BN1224_U1271_C_05340, BN1224_Wien2_G_ ...遺伝子: CP_0070, CPn_0677, BN1224_CV15_C_01450, BN1224_GiD_A_07040, BN1224_H12_EK_00710, BN1224_MUL2216_F_02260, BN1224_Panola_J_01100, BN1224_PB1_B_06920, BN1224_U1271_C_05340, BN1224_Wien2_G_03310, BN1224_YK41_BR_01220, CWL029c_D_02120 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z7M7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Citric acid (pH 2.5), 20% (w/v) PEG 6000 (pH 4) |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.916771 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.916771 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.82 Å / Num. obs: 51456 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.61 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 2675 / CC1/2: 0.939 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→45.82 Å / SU ML: 0.2786 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.3166 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.82 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.26105376419 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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