PDB-8s5f: Crystal structure of the HExxH domain of ChlBHExxH a novel alpha-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5f

タイトル

Crystal structure of the HExxH domain of ChlBHExxH a novel alpha-ketoglutarate dependent oxygenase

要素

ChlH from Chlorogloeopsis sp.

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha ketoglutarate dependent oxygenase HExxH domain RiPPs Cyclophane

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Chlorogloeopsis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.797 Å

データ登録者

de la Mora, E. / Amara, P. / Usclat, A. / Morishita, Y. / Morinaka, B. / Nicolet, Y.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2024
タイトル: Fused radical SAM and alpha KG-HExxH domain proteins contain a distinct structural fold and catalyse cyclophane formation and beta-hydroxylation.
著者: Morishita, Y. / Ma, S. / De La Mora, E. / Li, H. / Chen, H. / Ji, X. / Usclat, A. / Amara, P. / Sugiyama, R. / Tooh, Y.W. / Gunawan, G. / Perard, J. / Nicolet, Y. / Zhang, Q. / Morinaka, B.I.

履歴

登録	2024年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5f.cif.gz	781.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5f.ent.gz	658.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

B: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

C: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

D: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

E: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

F: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

ヘテロ分子

251 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

B: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
83.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

D: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

F: ChlH from Chlorogloeopsis sp.

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.417, 86.988, 198.228
Angle α, β, γ (deg.)	90, 95.76, 90
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	ChlH from Chlorogloeopsis sp. 分子量: 41761.746 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorogloeopsis sp. (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium citrate/citric acid pH 5.5 1.0 M ammonium phosphate dibasic 0.2 M NaCl sodium citrate tribasic 0.2 M

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.797→69.557 Å / Num. obs: 58850 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 4.97 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC_1/2: 0.995 / CC_1/2 anomalous: -0.078 / R_merge(I) obs: 0.1207 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.1347 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.749 / B_aniso tensor eigenvalue 1: 0 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 2: 121.891 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 3: 32.1512 Å² / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho1: 0.7674 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0.6412 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho1: -0.6412 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho3: 0.7674 / Aniso diffraction limit 1: 2.649 Å / Aniso diffraction limit 2: 4.089 Å / Aniso diffraction limit 3: 3.12 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 0.78924 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0.61413 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: -0.61413 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 0.78924 / Net I/σ(I): 7.73 / Num. measured all: 292693 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 92.7 / % possible ellipsoidal: 92.7 / % possible ellipsoidal anomalous: 92.7 / % possible spherical: 60.1 / % possible spherical anomalous: 58.9 / Redundancy anomalous: 2.6 / Signal type: local

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	CC_1/2 anomalous	R_pim(I) all	R_rim(I) all	AbsDiff over sigma anomalous	% possible anomalous	% possible ellipsoidal	% possible ellipsoidal anomalous	% possible spherical	% possible spherical anomalous	Redundancy anomalous	% possible all
9.091-69.557	5.11	0.0544	21.61	15033	15033	2943	2943	0.994	-0.109	0.0256	0.0605	0.693	99	98.5	99	98.5	99	2.82	98.5
7.176-9.091	4.83	0.0654	16.81	14213	14213	2942	2942	0.995	-0.094	0.0321	0.0734	0.745	98	97.8	98	97.8	98	2.56	97.8
6.265-7.176	5.24	0.1044	12.01	15409	15409	2943	2943	0.993	-0.099	0.0488	0.1159	0.773	99.3	99.2	99.3	99.2	99.3	2.75	99.2
5.687-6.265	5.37	0.1324	10.24	15809	15809	2942	2942	0.988	-0.042	0.0606	0.1463	0.789	99.2	99	99.2	99	99.2	2.81	99
5.273-5.687	5.47	0.1347	9.88	16099	16099	2943	2943	0.991	-0.01	0.0615	0.1488	0.789	99.3	99.1	99.3	99.1	99.3	2.85	99.1
4.961-5.273	5.51	0.13	10.09	16204	16204	2942	2942	0.992	-0.032	0.0593	0.1435	0.777	99.3	99.1	99.3	99.1	99.3	2.86	99.1
4.709-4.961	5.54	0.1364	9.83	16299	16299	2943	2943	0.991	-0.074	0.0622	0.1506	0.788	99.2	99.1	99.2	99.1	99.2	2.87	99.1
4.502-4.709	5.09	0.1436	8.49	14979	14979	2942	2942	0.988	-0.015	0.0696	0.1606	0.781	99.3	99	99.3	99	99.3	2.63	99
4.321-4.502	5.05	0.1545	7.85	14872	14872	2943	2943	0.989	-0.123	0.0748	0.1727	0.762	96.6	96.7	96.6	96.7	96.6	2.61	96.7
4.163-4.321	4.9	0.1713	7.13	14423	14423	2942	2942	0.986	-0.071	0.0834	0.1917	0.762	93.4	93.8	93.4	93.8	93.4	2.54	93.8
4.022-4.163	4.98	0.1995	6.22	14649	14649	2943	2943	0.983	-0.125	0.0969	0.2231	0.745	90.5	91	90.5	90.6	90.1	2.58	91
3.892-4.022	4.99	0.2187	5.79	14684	14684	2942	2942	0.979	-0.016	0.1068	0.2447	0.764	92.3	92.6	92.3	86.1	85.5	2.58	92.6
3.77-3.892	4.9	0.2421	5.27	14418	14418	2943	2943	0.976	-0.057	0.1187	0.271	0.757	92.5	92.8	92.5	81	80.2	2.53	92.8
3.652-3.77	4.78	0.2642	4.92	14069	14069	2942	2942	0.967	-0.01	0.131	0.2963	0.752	91.9	92	91.9	73.7	72.9	2.47	92
3.538-3.652	4.69	0.302	4.26	13800	13800	2943	2943	0.958	0.015	0.1509	0.3392	0.75	91.5	91.6	91.5	67.2	66.1	2.43	91.6
3.429-3.538	4.61	0.3417	3.7	13549	13549	2942	2942	0.956	-0.094	0.1735	0.3851	0.728	92.3	92.4	92.3	62.1	60.8	2.39	92.4
3.319-3.429	4.6	0.3798	3.31	13546	13546	2943	2943	0.948	-0.025	0.1928	0.4281	0.721	89.9	90.4	89.9	54.1	52.4	2.4	90.4
3.203-3.319	4.61	0.4736	2.75	13561	13561	2942	2942	0.904	-0.033	0.2394	0.5334	0.714	86.2	86.9	86.2	44.7	42.8	2.42	86.9
3.053-3.203	4.65	0.5634	2.44	13678	13678	2943	2943	0.854	0.002	0.2835	0.6338	0.719	78.7	78.5	78.7	29.3	27.9	2.44	78.5
2.797-3.053	4.55	0.6318	2.09	13399	13399	2942	2942	0.768	-0.035	0.3254	0.7139	0.66	76	75.9	76	13.1	12.2	2.41	75.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC	1.0.5 20230222	data processing
XDS	Jun 30, 2023	データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
STARANISO	2.3.92	データスケーリング
BUSTER	2.10.4	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.797→69.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R_free Blow DPI: 0.423

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2548	2928	-	RANDOM
R_work	0.2349	-	-	-
obs	0.2359	58850	60.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.9566 Å²	0 Å²	2.6024 Å²
2-	-	-11.9649 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.0082 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.47 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.797→69.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16103	0	30	0	16133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.006	16524	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.76	22487	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5756	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2755	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		16524	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2225	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12413	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.06
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.9

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.93 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	61	-
R_work	0.3399	-	-
obs	0.3396	1177	9.39 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2224	0.0686	0.0929	0.7452	-0.2961	0.8211	0.0606	-0.0582	0.2023	-0.0582	0.107	0.0615	0.2023	0.0615	-0.1675	0.0207	-0.0149	0.0343	-0.1643	0.0543	0.0379	1.3868	17.0691	29.6948
2	1.0417	-0.2197	0.62	0.0882	0.2609	2.5457	0.1052	-0.0746	-0.0973	-0.0746	-0.0593	-0.3442	-0.0973	-0.3442	-0.0459	-0.0638	0.0104	0.0774	-0.1002	0.083	0.0621	-25.7835	35.6772	8.449
3	1.1281	0.1685	0.037	0.5765	-0.5302	1.5236	0.0478	0.0589	0.1407	0.0589	-0.0513	0.1668	0.1407	0.1668	0.0035	0.1612	-0.0503	0.0283	-0.2192	0.0466	-0.0299	-5.2333	1.9663	73.0816
4	1.4611	0.8956	-0.777	0.5715	0.2052	1.2347	0.0016	0.0525	0.3889	0.0525	-0.117	-0.3531	0.3889	-0.3531	0.1154	0.2962	-0.1497	0.0108	-0.1286	-0.0303	-0.1304	-36.4198	-17.7694	85.9704
5	1.5332	-0.0586	0.8707	0.0729	0.2782	1.4666	0.1058	-0.0094	-0.0663	-0.0094	-0.2522	0.1571	-0.0663	0.1571	0.1463	-0.1171	0.0298	0.0408	0.0113	-0.1498	0.1265	-68.6226	42.349	24.3806
6	0.7944	0.274	-0.4764	0.9409	1.1468	2.1812	0.125	0.1482	-0.4106	0.1482	-0.2462	-0.1406	-0.4106	-0.1406	0.1212	0.035	-0.136	0.0749	0.0657	-0.1665	0.003	-73.0503	58.2022	59.6896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|390 - A\|718 }	A	390 - 718
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|390 - B\|718 }	B	390 - 718
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|390 - C\|718 }	C	390 - 718
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|391 - D\|718 }	D	391 - 718
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|388 - E\|718 }	E	388 - 718
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|394 - F\|718 }	F	394 - 718

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)