PDB-8s5b: Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein (SmoF) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5b

タイトル

Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein (SmoF) from A. tumefaciens sulfo-SMO pathway in complex with SQOctyl ligand

要素

Sulfoquinovosyl glycerol-binding protein SmoF

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / agrobacterium tumefaciens / sulfoquinovose / sulfosugar / solute binding protein / sulfoglycolysis / sulfo-SMO pathway

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / : / Sulfoquinovosyl glycerol-binding protein SmoF

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Snow, A.J.D. / Sharma, M. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Capture-and-release of a sulfoquinovose-binding protein on sulfoquinovose-modified agarose.
著者: Arumapperuma, T. / Snow, A.J.D. / Lee, M. / Sharma, M. / Zhang, Y. / Lingford, J.P. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.

履歴

登録	2024年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5b.cif.gz	157.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
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登録構造単位

A: Sulfoquinovosyl glycerol-binding protein SmoF

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.777, 65.851, 107.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfoquinovosyl glycerol-binding protein SmoF / SQGro-binding protein SmoF / SQ monooxygenase cluster protein F 分子量: 44074.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: smoF, Atu3282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CEY9
#2: 化合物	ChemComp-A1H5E / [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-6-octoxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methanesulfonic acid 分子量: 356.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM calcium acetate, 100 mM Bis-TRIS pH 6.5, 25% w/v PEG 2000 MME, 1:1 protein:mother liquor ratio with SmoF at 50mg/ml in 50mM TRIS, 300mM NaCl pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→56.147 Å / Num. obs: 36036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.965 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-56.08	6.2	0.104	352	0.814	0.062	0.122
1.8-1.84	7.9	0.47	2098	0.952	0.262	0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→56.147 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 4 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2716	1842	5.122 %
R_work	0.2255	34124	-
all	0.228	-	-
obs	-	35966	99.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.167 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.187 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.355 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→56.147 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2838	0	23	243	3104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.641	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.384	1.578	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.136	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.487	24.597	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.497	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.493	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.385	1.97	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.376	1.969	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.976	2.948	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.976	2.949	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.744	2.075	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.744	2.074	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.614	3.051	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.613	3.051	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.792	23.656	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.735	23.452	3324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.291	138	0.26	2495	X-RAY DIFFRACTION	99.8862
1.847-1.897	0.275	130	0.256	2406	X-RAY DIFFRACTION	99.9606
1.897-1.952	0.367	133	0.322	2339	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
1.952-2.012	0.292	127	0.229	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.297	122	0.212	2240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.239	125	0.22	2159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.232	0.282	106	0.233	2087	X-RAY DIFFRACTION	99.7725
2.232-2.324	0.333	125	0.296	1976	X-RAY DIFFRACTION	99.9524
2.324-2.427	0.257	94	0.195	1944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.224	110	0.184	1835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.683	0.291	98	0.207	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.845	0.307	89	0.211	1673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.042	0.275	74	0.213	1583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.042-3.285	0.273	62	0.229	1476	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.598	0.267	78	0.228	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
3.598-4.023	0.252	65	0.222	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
4.023-4.644	0.244	44	0.197	1112	X-RAY DIFFRACTION	100
4.644-5.685	0.264	49	0.202	961	X-RAY DIFFRACTION	100
5.685-8.028	0.231	42	0.203	749	X-RAY DIFFRACTION	100
8.028-56.147	0.215	31	0.265	441	X-RAY DIFFRACTION	99.7886

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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