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- PDB-8s4y: Crystal structure of an APP-talin (F2F3) chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s4y
タイトルCrystal structure of an APP-talin (F2F3) chimera
要素
  • C31
  • Talin-1
キーワードCELL ADHESION / Amyloid precursor protein / talin / FERM domains / chimera / Alzheimer's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of presynapse assembly / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / cytosolic mRNA polyadenylation / ECM proteoglycans / synaptic assembly at neuromuscular junction / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of presynapse assembly / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / cytosolic mRNA polyadenylation / ECM proteoglycans / synaptic assembly at neuromuscular junction / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Platelet degranulation / ciliary rootlet / Mitochondrial protein degradation / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / collateral sprouting in absence of injury / axo-dendritic transport / regulation of synapse structure or activity / axon midline choice point recognition / central nervous system neuron differentiation / presynaptic active zone / mating behavior / Golgi-associated vesicle / neuromuscular process controlling balance / neuron remodeling / negative regulation of neuron differentiation / spindle midzone / intracellular vesicle / forebrain development / dendrite development / smooth endoplasmic reticulum / signaling receptor activator activity / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / ruffle / Notch signaling pathway / clathrin-coated pit / extracellular matrix organization / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / adult locomotory behavior / locomotory behavior / neuromuscular junction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell-cell adhesion / neuron cellular homeostasis / recycling endosome / visual learning / structural constituent of cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / ruffle membrane / cognition / memory / integrin binding / long-term synaptic potentiation / endocytosis / neuron differentiation / neuron projection development / apical part of cell / actin filament binding / synaptic vesicle / cell-cell junction / mitotic cell cycle / heparin binding / regulation of translation / growth cone / regulation of gene expression / response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / neuron apoptotic process / perikaryon / gene expression / cytoskeleton / early endosome / receptor complex / cell adhesion / neuron projection / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain ...Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ball, N.J. / Ellis, C. / Goult, B.T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2024
タイトル: The structure of an amyloid precursor protein/talin complex indicates a mechanical basis of Alzheimer's disease.
著者: Ellis, C. / Ward, N.L. / Rice, M. / Ball, N.J. / Walle, P. / Najdek, C. / Kilinc, D. / Lambert, J.C. / Chapuis, J. / Goult, B.T.
履歴
登録2024年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C31
B: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1432
ポリマ－24,1432
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.388, 64.081, 65.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド C31


分子量: 1992.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residual vector sequence after TEV cleavage (GIDPFT); Amyloid Precursor Protein (Q754-F764)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: App, A4, AD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12023
#2: タンパク質 Talin-1


分子量: 22150.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mTalin1 F2F3 (residues 209-400) / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TLN1, TLN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54939
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 10% v/v ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95375 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.7 Å / Num. obs: 7374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 49.74 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.74 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 359 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.85 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→45.7 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 729 9.96 %
Rwork0.2109 --
obs0.2167 7322 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1670 0 0 8 1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.453233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.910.36151430.27811269X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.20.36761510.25521289X-RAY DIFFRACTION99
3.2-3.660.27491400.24181300X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.610.23341410.1841341X-RAY DIFFRACTION100
4.61-45.70.23981540.19161394X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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