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- PDB-8s4t: DNA bound structure of PrgE from plasmid pCF10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s4t
タイトルDNA bound structure of PrgE from plasmid pCF10
要素
  • DNA
  • PrgE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SSB
機能・相同性TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / PrgE
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Breidenstein, A. / Berntsson, R.P.-A.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Carl Trygger FoundationCTS 18:39 スウェーデン
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024
タイトル: PrgE: an OB-fold protein from plasmid pCF10 with striking differences to prototypical bacterial SSBs.
著者: Breidenstein, A. / Lamy, A. / Bader, C.P. / Sun, W.S. / Wanrooij, P.H. / Berntsson, R.P.
履歴
登録2024年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgE
B: PrgE
C: PrgE
D: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2516
ポリマ－69,9514
非ポリマー3002
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Upon binding DNA, the protein forms a polymeric structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.776, 90.043, 131.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 PrgE / PrgK


分子量: 17067.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
遺伝子: prgK, prgE, EGX33_13060, EU507_13905, F6H88_002583, FDO46_002730, H9Q64_07920, HRF81_13830, IHC34_002761, KCT30_002803, NAG05_14735
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1LHE9
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 18747.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15 % Polyethylene glycol 400, 50 mM MES pH 6.5, 80 mM Magnesium acetate, 15 mM Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→49.74 Å / Num. obs: 26266 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 73.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.1158 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル解像度: 2.67→2.765 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 2536 / CC1/2: 0.628 / Rrim(I) all: 2.067 / % possible all: 99.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→49.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 41.065 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25257 1275 4.9 %RANDOM
Rwork0.22939 24963 --
all0.231 ---
obs0.23052 24963 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.065 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å2-0 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.67→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 315 20 9 3716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0123809
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6831.6795163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2541.5757856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2585405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.091515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.97510660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5325.8791629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5325.881629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.73110.562031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.73110.5632032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4055.9582180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4045.9592181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.58610.8163133
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.06362.64090
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.06362.614091
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 96 -
Rwork0.468 1778 -
obs--98.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09550.65680.48451.04340.49650.7293-0.0454-0.2485-0.10920.09010.0368-0.04860.028-0.09270.00860.0530.02080.01870.90110.01550.018212.356621.11473.486
22.5348-0.0601-0.34211.1020.64213.2625-0.1383-0.35930.35980.12150.05710.0913-0.1397-0.08490.08110.16640.0899-0.00880.7023-0.10570.067528.865939.920924.5688
32.7872-0.4736-0.62531.4848-0.23772.0906-0.25320.4776-0.2871-0.1990.1420.1060.2458-0.08210.11120.1064-0.04450.02780.9856-0.10730.042616.607352.883252.9814
41.3147-0.1203-0.11290.04450.02730.042-0.2173-0.69370.20650.08440.19370.02790.13230.01340.02360.4386-0.02290.13761.585-0.09730.157812.320530.640828.4824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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