PDB-8s4s: PrgE from plasmid pCF10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s4s

タイトル

PrgE from plasmid pCF10

要素

PrgE

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / SSB

機能・相同性

: / PrgE

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Breidenstein, A. / Berntsson, R.P.-A.

資金援助

スウェーデン, 3件

引用

ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024
タイトル: PrgE: an OB-fold protein from plasmid pCF10 with striking differences to prototypical bacterial SSBs.
著者: Breidenstein, A. / Lamy, A. / Bader, C.P. / Sun, W.S. / Wanrooij, P.H. / Berntsson, R.P.

履歴

登録	2024年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s4s.cif.gz	152.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s4s.ent.gz	92.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s4s_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s4s_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	8s4s_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	8s4s_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s4tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PrgE

B: PrgE

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration indicates a fluid oligomerisation varying from dimer to tetramer in vitro

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.175, 58.170, 87.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PrgE / PrgK 分子量: 17067.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) 遺伝子: prgK, prgE, EGX33_13060, EU507_13905, F6H88_002583, FDO46_002730, H9Q64_07920, HRF81_13830, IHC34_002761, KCT30_002803, NAG05_14735 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1LHE9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M K Phos Cit pH 4.2, 20 %w/v PEG 1K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.515→48.38 Å / Num. obs: 10486 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 33.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 2.515→2.56 Å / 冗長度: 35.04 % / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 537 / CC_1/2: 0.852 / R_rim(I) all: 1.718 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487	位相決定
Coot	0.9.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→48.377 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / WR_factor R_free: 0.268 / WR_factor R_work: 0.224 / SU B: 30.531 / SU ML: 0.289 / Average fsc free: 0.9423 / Average fsc work: 0.9604 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2777	846	9.935 %	RANDOM
R_work	0.2345	7669	-	-
all	0.239	-	-	-
obs	-	8515	99.579 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.315 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.629 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.686 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.377 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2126	0	11	19	2156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.67	1.652	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.259	1.572	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.51	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.2	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.401	10	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.708	10	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.141	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.042	5.097	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.04	5.097	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.651	7.627	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.65	7.628	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.563	5.331	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.535	5.298	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.824	7.897	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.791	7.843	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.284	75.879	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.002	75.833	2283

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.419	52	0.327	564	0.335	616	0.926	0.945	100	0.278
2.77-2.846	0.335	43	0.303	543	0.305	586	0.933	0.947	100	0.254
2.846-2.928	0.359	83	0.301	509	0.309	593	0.905	0.943	99.8314	0.264
2.928-3.018	0.314	55	0.261	517	0.266	572	0.941	0.957	100	0.229
3.018-3.116	0.433	55	0.28	492	0.293	547	0.896	0.953	100	0.249
3.116-3.225	0.345	53	0.256	491	0.263	544	0.924	0.958	100	0.232
3.225-3.346	0.354	45	0.284	464	0.289	509	0.928	0.948	100	0.251
3.346-3.482	0.289	59	0.251	441	0.255	500	0.955	0.962	100	0.234
3.482-3.636	0.267	53	0.241	453	0.243	507	0.956	0.966	99.8028	0.232
3.636-3.812	0.297	41	0.249	397	0.254	443	0.948	0.964	98.8713	0.244
3.812-4.017	0.255	40	0.228	363	0.231	429	0.963	0.969	93.9394	0.219
4.017-4.259	0.325	31	0.191	388	0.2	419	0.934	0.974	100	0.187
4.259-4.551	0.217	42	0.192	368	0.195	411	0.97	0.977	99.7567	0.186
4.551-4.912	0.207	51	0.188	312	0.191	363	0.973	0.979	100	0.191
4.912-5.375	0.232	19	0.205	324	0.207	343	0.97	0.976	100	0.206
5.375-6	0.252	44	0.208	268	0.215	312	0.973	0.975	100	0.214
6-6.911	0.264	23	0.219	261	0.223	284	0.969	0.971	100	0.221
6.911-8.421	0.247	22	0.2	225	0.204	247	0.969	0.973	100	0.217
8.421-11.733	0.213	19	0.184	180	0.186	199	0.979	0.98	100	0.212
11.733-48.377	0.309	14	0.375	110	0.368	126	0.936	0.907	98.4127	0.431

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4995	0.1448	0.6358	0.2355	-0.2691	1.8889	0.0867	0.0855	0.003	-0.0142	-0.0188	0.0238	0.2286	0.173	-0.0678	0.1391	0.0667	-0.0184	0.1165	0.01	0.0964	-13.7594	-12.6941	6.7289
2	0.5655	0.4042	-0.348	0.2902	-0.2261	1.1821	-0.0428	-0.0111	0.1967	-0.0429	-0.0112	0.1509	-0.1293	0.0057	0.054	0.1883	0.0408	-0.0944	0.0108	-0.0103	0.1842	-14.1799	12.6553	7.9431

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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