PDB-8s4p: Crystal structure of an Ene-reductase from Penicillium steckii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s4p

タイトル

Crystal structure of an Ene-reductase from Penicillium steckii

要素

NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / wild-type / twinning

機能・相同性

NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADPH dehydrogenase activity / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FMN binding / NADP binding / Aldolase-type TIM barrel / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Penicillium steckii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Recombinant Production and Characterization of Six Ene-reductases from Penicillium steckii.
著者: Damada, P.H. / Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.

履歴

登録	2024年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s4p.cif.gz	623.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s4p.ent.gz	512.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s4p_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s4p_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	8s4p_validation.xml.gz	142.1 KB	表示
CIF形式データ	8s4p_validation.cif.gz	184.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

B: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

C: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

D: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

E: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

F: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

G: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

H: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

367 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

B: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dynamic light scattering
91.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

D: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

F: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

H: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.482, 175.292, 107.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase N-terminal domain-containing protein 分子量: 45289.262 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium steckii (菌類) / 遺伝子: PENSTE_c029G02105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6SMJ6

-
非ポリマー , 5種, 1066分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, 14.4 PEG8000, 20 % glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→86.9 Å / Num. obs: 164580 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / Num. unique obs: 8106 / CC_1/2: 0.724 / R_pim(I) all: 0.391

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→86.88 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 24.07 / 位相誤差: 29.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	8190	4.98 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.213	164578	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→86.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24719	0	267	1044	26030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	25583
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	34859
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.967	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	3849
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	4520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.33	0.309	336	0.2571	7770	X-RAY DIFFRACTION	94
2.33-2.37	0.3637	372	0.2491	7817	X-RAY DIFFRACTION	94
2.37-2.42	0.3197	389	0.2481	7737	X-RAY DIFFRACTION	94
2.42-2.47	0.3411	428	0.2426	7745	X-RAY DIFFRACTION	93
2.47-2.52	0.3348	377	0.2354	7831	X-RAY DIFFRACTION	94
2.52-2.58	0.3223	372	0.235	7818	X-RAY DIFFRACTION	94
2.58-2.64	0.3438	406	0.2277	7757	X-RAY DIFFRACTION	94
2.64-2.71	0.3445	398	0.235	7783	X-RAY DIFFRACTION	94
2.71-2.79	0.295	477	0.2261	7702	X-RAY DIFFRACTION	93
2.79-2.88	0.351	393	0.2243	7881	X-RAY DIFFRACTION	94
2.88-2.99	0.311	404	0.2172	7821	X-RAY DIFFRACTION	94
2.99-3.11	0.3089	379	0.2147	7848	X-RAY DIFFRACTION	95
3.11-3.25	0.2932	387	0.2097	7885	X-RAY DIFFRACTION	95
3.25-3.42	0.2732	424	0.1952	7801	X-RAY DIFFRACTION	94
3.42-3.63	0.269	413	0.1925	7813	X-RAY DIFFRACTION	94
3.63-3.91	0.2904	455	0.1867	7823	X-RAY DIFFRACTION	94
3.91-4.31	0.2368	425	0.1701	7915	X-RAY DIFFRACTION	95
4.31-4.93	0.226	442	0.1706	7813	X-RAY DIFFRACTION	94
4.93-6.21	0.2855	412	0.2134	7934	X-RAY DIFFRACTION	95
6.21-86.88	0.2367	433	0.2251	7962	X-RAY DIFFRACTION	94

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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