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- PDB-8s4m: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s4m
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 CYP125 in complex with an inhibitor
要素Steroid C26-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP125 / tuberculosis / cholesterol / P450 / CYP / cytochrome / fragment / cholestenone
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / biological process involved in interaction with host / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Steroid C26-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Snee, M. / Kavanagh, M. / Levy, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Fragment-Based Development of Small Molecule Inhibitors Targeting Mycobacterium tuberculosis Cholesterol Metabolism.
著者: Kavanagh, M.E. / McLean, K.J. / Gilbert, S.H. / Amadi, C.N. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Arora, K. / Boshoff, H.I.M. / Fanourakis, A. / Rebollo-Lopez, M.J. / Ortega, F. / Levy, C.W. / ...著者: Kavanagh, M.E. / McLean, K.J. / Gilbert, S.H. / Amadi, C.N. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Arora, K. / Boshoff, H.I.M. / Fanourakis, A. / Rebollo-Lopez, M.J. / Ortega, F. / Levy, C.W. / Munro, A.W. / Leys, D. / Abell, C. / Coyne, A.G.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Fragment-based development of small molecule inhibitors targeting Mycobacterium tuberculosis cholesterol metabolism.
著者: Kavanagh, M.E. / McLean, K.J. / Gilbert, S.H. / Amadi, C. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Arora, K. / Boshoff, H.I. / Fanourakis, A. / Rebello-Lopez, M.J. / Ortega-Muro, F. / Levy, C.W. / ...著者: Kavanagh, M.E. / McLean, K.J. / Gilbert, S.H. / Amadi, C. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Arora, K. / Boshoff, H.I. / Fanourakis, A. / Rebello-Lopez, M.J. / Ortega-Muro, F. / Levy, C.W. / Munro, A.W. / Leys, D. / Abell, C. / Coyne, A.G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P. / Grosse-Kunstleve, R. / Echols, N.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22025年8月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid C26-monooxygenase
B: Steroid C26-monooxygenase
C: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,14317
ポリマ－139,9903
非ポリマー3,15214
水5,909328
1
A: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8568
ポリマ－46,6631
非ポリマー1,1937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3763
ポリマ－46,6631
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9106
ポリマ－46,6631
非ポリマー1,2475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.899, 68.848, 144.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.915, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Steroid C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en- ...Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / Cholesterol C26-monooxygenase / Cholesterol C26-monooxygenase [(25S)-3beta-hydroxycholest-5-en-26-oate forming] / Cytochrome P450 125 / Steroid C27-monooxygenase


分子量: 46663.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: cyp125, cyp125A1, Rv3545c, MTCY03C7.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P9WPP1, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-A1H47 / ~{N}-(1~{H}-indol-5-ylmethyl)-3-(pyridin-4-ylamino)benzamide


分子量: 342.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 % / 解説: chunks
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 1.9 M Ammonium sulphate, 0.1M MES pH 6.2 / PH範囲: 6-6.5 / Temp details: 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→68.29 Å / Num. obs: 78300 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 38.76 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.861 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4463 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.545 / Rrim(I) all: 1.022

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→68.29 Å / SU ML: 0.2739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 3941 5.04 %
Rwork0.212 74313 -
obs0.2137 78254 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→68.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9549 0 205 328 10082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003110078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.618913733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03961400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.921382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.35781480.32092664X-RAY DIFFRACTION99.86
2.13-2.150.32611570.31042596X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.180.33461250.29052650X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.210.31791260.29882657X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.240.37321340.36712613X-RAY DIFFRACTION99.49
2.24-2.280.40051500.37012616X-RAY DIFFRACTION99.42
2.28-2.310.34581310.27512688X-RAY DIFFRACTION99.79
2.31-2.350.2631360.27512595X-RAY DIFFRACTION99.85
2.35-2.390.2841330.26642709X-RAY DIFFRACTION99.89
2.39-2.430.3191610.26982564X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.480.33911410.26782655X-RAY DIFFRACTION99.86
2.48-2.530.25481510.24932646X-RAY DIFFRACTION99.79
2.53-2.590.26171360.2432620X-RAY DIFFRACTION99.82
2.59-2.650.24451380.23032685X-RAY DIFFRACTION99.61
2.65-2.710.29261300.23872584X-RAY DIFFRACTION99.67
2.71-2.790.25041420.23012665X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.29471530.23292656X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.960.29131320.24642663X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.070.29751570.25952642X-RAY DIFFRACTION99.89
3.07-3.190.31131350.24022667X-RAY DIFFRACTION99.86
3.19-3.330.25621330.22572670X-RAY DIFFRACTION99.82
3.33-3.510.22121170.20092639X-RAY DIFFRACTION99.89
3.51-3.730.2651290.1982688X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.020.19041330.17432699X-RAY DIFFRACTION99.79
4.02-4.420.18471430.15222665X-RAY DIFFRACTION99.86
4.42-5.060.18321660.15612658X-RAY DIFFRACTION99.96
5.06-6.370.20391530.1812703X-RAY DIFFRACTION99.96
6.38-68.290.21411510.16742756X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.5723410479 Å / Origin y: -4.46821048012 Å / Origin z: 37.7477922759 Å
111213212223313233
T0.367292729253 Å20.0639934344981 Å2-0.00695606709357 Å2-0.307361159074 Å20.0201065663367 Å2--0.387226509511 Å2
L0.162589867087 °2-0.0313186632211 °2-0.42353317906 °2-0.207502258036 °20.326248206845 °2--1.82219763406 °2
S-0.0740223724223 Å °-0.0150287770435 Å °-0.010230259035 Å °-0.149227798619 Å °0.0507553103954 Å °-0.0602235654593 Å °0.22100011887 Å °0.271971084775 Å °0.026390723765 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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