PDB-8s4m: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s4m

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 CYP125 in complex with an inhibitor

要素

Steroid C26-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYP125 / tuberculosis / cholesterol / P450 / CYP / cytochrome / fragment / cholestenone

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / biological process involved in interaction with host / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Snee, M. / Kavanagh, M. / Levy, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Fragment-based development of small molecule inhibitors targeting Mycobacterium tuberculosis cholesterol metabolism.
著者: Kavanagh, M.E. / McLean, K.J. / Gilbert, S.H. / Amadi, C. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Arora, K. / Boshoff, H.I. / Fanourakis, A. / Rebello-Lopez, M.J. / Ortega-Muro, F. / Levy, C.W. / ...

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s4m.cif.gz	861 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s4m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s53C 7zgl 7zic C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid C26-monooxygenase

B: Steroid C26-monooxygenase

C: Steroid C26-monooxygenase

ヘテロ分子

143 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid C26-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Steroid C26-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Steroid C26-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.899, 68.848, 144.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.915, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Steroid C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en- ...Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / Cholesterol C26-monooxygenase / Cholesterol C26-monooxygenase [(25S)-3beta-hydroxycholest-5-en-26-oate forming] / Cytochrome P450 125 / Steroid C27-monooxygenase 分子量: 46663.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: cyp125, cyp125A1, Rv3545c, MTCY03C7.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: P9WPP1, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-A1H47 / ~{N}-(1~{H}-indol-5-ylmethyl)-3-(pyridin-4-ylamino)benzamide 分子量: 342.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 % / 解説: chunks
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 1.9 M Ammonium sulphate, 0.1M MES pH 6.2 / PH範囲: 6-6.5 / Temp details: 4C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→68.29 Å / Num. obs: 78300 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 38.76 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.861 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4463 / CC_1/2: 0.585 / R_pim(I) all: 0.545 / R_rim(I) all: 1.022

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→68.29 Å / SU ML: 0.2739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	3941	5.04 %
R_work	0.212	74313	-
obs	0.2137	78254	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→68.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9549	0	205	328	10082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	10078
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6189	13733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0396	1400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1817
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.92	1382

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.3578	148	0.3209	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.13-2.15	0.3261	157	0.3104	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.3346	125	0.2905	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.3179	126	0.2988	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.3732	134	0.3671	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.24-2.28	0.4005	150	0.3701	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.28-2.31	0.3458	131	0.2751	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.31-2.35	0.263	136	0.2751	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.35-2.39	0.284	133	0.2664	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.39-2.43	0.319	161	0.2698	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.43-2.48	0.3391	141	0.2678	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.48-2.53	0.2548	151	0.2493	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.53-2.59	0.2617	136	0.243	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.59-2.65	0.2445	138	0.2303	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.65-2.71	0.2926	130	0.2387	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.71-2.79	0.2504	142	0.2301	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.87	0.2947	153	0.2329	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.96	0.2913	132	0.2464	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.96-3.07	0.2975	157	0.2595	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.07-3.19	0.3113	135	0.2402	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.19-3.33	0.2562	133	0.2257	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.33-3.51	0.2212	117	0.2009	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.51-3.73	0.265	129	0.198	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.02	0.1904	133	0.1743	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.02-4.42	0.1847	143	0.1522	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.42-5.06	0.1832	166	0.1561	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.06-6.37	0.2039	153	0.181	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.38-68.29	0.2141	151	0.1674	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.59

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.5723410479 Å / Origin y: -4.46821048012 Å / Origin z: 37.7477922759 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.367292729253 Å²	0.0639934344981 Å²	-0.00695606709357 Å²	-	0.307361159074 Å²	0.0201065663367 Å²	-	-	0.387226509511 Å²
L	0.162589867087 °²	-0.0313186632211 °²	-0.42353317906 °²	-	0.207502258036 °²	0.326248206845 °²	-	-	1.82219763406 °²
S	-0.0740223724223 Å °	-0.0150287770435 Å °	-0.010230259035 Å °	-0.149227798619 Å °	0.0507553103954 Å °	-0.0602235654593 Å °	0.22100011887 Å °	0.271971084775 Å °	0.026390723765 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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