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- PDB-8s4l: NMR structure of orfamide A in micellar DPC solution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s4l
タイトルNMR structure of orfamide A in micellar DPC solution
要素orfamide A
キーワードSURFACTANT PROTEIN / Non-ribosomal polipeptide / Cyclic lipodepsipe / Antimicrobial peptide / Biosurfactant
機能・相同性: / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas protegens (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kovacs, B. / Geudens, N. / Martins, J.C.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)EOS project G0G3118N (EOS ID 30650620) ベルギー
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Higher-Level Structural Classification of Pseudomonas Cyclic Lipopeptides through Their Bioactive Conformation.
著者: Kovacs, B. / Prasad, D. / De Roo, V. / Vanheede, M. / Muangkaew, P. / Madder, A. / Hofte, M. / De Mot, R. / Geudens, N. / Martins, J.C.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: orfamide A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3322
ポリマ－1,0871
非ポリマー2441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area310 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area1340 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: Polypeptide(D) orfamide A


タイプ: Lipopeptide / 分子量: 1087.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 1) The polypeptide chain of orfamide A consists of 10 amino acids. 2) The N-terminal amino acid (DLE) is acylated with an (R)-3-hydroxy-tetradecanoic acid moeity (FTT) which is indicated as ...詳細: 1) The polypeptide chain of orfamide A consists of 10 amino acids. 2) The N-terminal amino acid (DLE) is acylated with an (R)-3-hydroxy-tetradecanoic acid moeity (FTT) which is indicated as the first residue. 3) The depsi (ester) bond is established between the VAL11 carboxyl and 2TL4 side-chain OH group. 4) There are 2 amino acids with unusual side-chain configurations, D-allo-ILE5 (28J) and D-allo-THR4 (2TL4)., Cyclic lipopeptide
由来: (天然) Pseudomonas protegens (バクテリア) / 参照: BIRD: PRD_002561
#2: 化合物 ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID


タイプ: Lipopeptide / 分子量: 244.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O3 / 詳細: Cyclic lipopeptide / 参照: BIRD: PRD_002561
構成要素の詳細Cyclic lipopeptide with antifungal activity
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H COSY
141isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.9 mM orfamide A, 111.9 mM [U-2H] DPC, 90% H2O/10% D2O
詳細: Orfamide A was dissolved in the micellar solution of uniformly deuterated dodecylphosphocoline (DPC-d38). Solvent: 10 mM Na2HPO4/NaH2PO4 buffer at pH 7.4.
Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.9 mMorfamide Anatural abundance1
111.9 mMDPC[U-2H]1
試料状態イオン強度: 26 (buffer only) mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: Prodigy Cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
AmberToolsCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisVuister et al.peak picking
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CcpNmr AnalysisVuister et al.chemical shift assignment
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The lowest energy NMR structure issued from CNS was refined using unrestrained AMBER molecular dynamics simulations (against the ff14SB force field). Here, we modelled the interaction of a ...詳細: The lowest energy NMR structure issued from CNS was refined using unrestrained AMBER molecular dynamics simulations (against the ff14SB force field). Here, we modelled the interaction of a single peptide molecule with an explicit dodecylphosphocholine (DPC) micelle. The representative peptide conformation of the trajectory (=refined structure) was selected using cluster analysis. Solvent model: TIP3P
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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