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- PDB-8s4d: Crystal structure of a peptidergic GPCR in complex with a small s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s4d
タイトルCrystal structure of a peptidergic GPCR in complex with a small synthetic G protein-biased agonist
要素Apelin receptor,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / receptor / GPCR / stabilised
機能・相同性
機能・相同性情報


apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / mechanoreceptor activity / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress ...apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / mechanoreceptor activity / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cAMP-mediated signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / endocardial cushion formation / coronary vasculature development / vasculature development / adult heart development / G protein-coupled peptide receptor activity / aorta development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / heart looping / vasculogenesis / gastrulation / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of angiogenesis / signaling receptor activity / heart development / regulation of gene expression / G alpha (i) signalling events / angiogenesis / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / negative regulation of gene expression / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apelin receptor / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OLEIC ACID / Soluble cytochrome b562 / Apelin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli O139:H28 str. E24377A (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.584 Å
データ登録者Verdon, G. / Currinn, H. / Solcan, N. / Schlenker, O. / Brown, A.J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateRG86507 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and functional determination of peptide versus small molecule ligand binding at the apelin receptor.
著者: Williams, T.L. / Verdon, G. / Kuc, R.E. / Currinn, H. / Bender, B. / Solcan, N. / Schlenker, O. / Macrae, R.G.C. / Brown, J. / Schutz, M. / Zhukov, A. / Sinha, S. / de Graaf, C. / Graf, S. / ...著者: Williams, T.L. / Verdon, G. / Kuc, R.E. / Currinn, H. / Bender, B. / Solcan, N. / Schlenker, O. / Macrae, R.G.C. / Brown, J. / Schutz, M. / Zhukov, A. / Sinha, S. / de Graaf, C. / Graf, S. / Maguire, J.J. / Brown, A.J.H. / Davenport, A.P.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apelin receptor,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6469
ポリマ－56,2581
非ポリマー2,3898
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.823, 153.948, 111.646
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Apelin receptor,Soluble cytochrome b562 / Angiotensin receptor-like 1 / G-protein coupled receptor APJ / G-protein coupled receptor HG11


分子量: 56257.812 Da / 分子数: 1
変異: T87V,N112A,T177N,T207M,F214L,I224A,S298A,C325L,C326M
由来タイプ: 組換発現
詳細: apelin receptor with bRIL fusion inserted in ICL3,apelin receptor with bRIL fusion inserted in ICL3,apelin receptor with bRIL fusion inserted in ICL3
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli O139:H28 str. E24377A (大腸菌)
遺伝子: APLNR, AGTRL1, APJ, cybC, EcE24377A_4806
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35414, UniProt: A7ZVB5
#2: 化合物 ChemComp-A1D5N / (3~{S})-5-methyl-3-[[1-pentan-3-yl-2-(thiophen-2-ylmethyl)benzimidazol-5-yl]carbonylamino]hexanoic acid / CMF019


分子量: 455.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H33N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 % / 解説: rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.75
詳細: 25 to 35 % polyethylene glycol (PEG) 400, 100 mM sodium citrate, pH 4.75, and 150 mM of ammonium phosphate or ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→76.97 Å / Num. obs: 9698 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.58→2.929 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 223 / CC1/2: 0.497

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
Cootモデル構築
GDAデータ収集
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.584→76.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.485
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2754 481 -RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2344 9705 53.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.7372 Å20 Å20 Å2
2---3.5527 Å20 Å2
3---10.2899 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.584→76.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 105 2 3131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.924333HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1090SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes511HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3203HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion411SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2624SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.77
LS精密化 シェル解像度: 2.584→3.03 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.33 16
Rwork0.2743 -
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63280.35960.10341.30540.92450.64150.00870.03560.00080.03560.04040.03090.00080.0309-0.0491-0.11010.01140.0244-0.09970.06090.0221-3.6461-39.89732.0897
27.6989-0.52361.9980.52390.0344.22190.0551-0.28230.0328-0.2823-0.1699-0.04130.0328-0.04130.1149-0.00340.0514-0.0457-0.27150.0461-0.0513-16.7315-75.8377-27.822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - A|328 B|1 - B|1 }A29 - 228
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - A|328 B|1 - B|1 }A235 - 324
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - A|328 B|1 - B|1 }B1
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1106 }A1001 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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