PDB-8s4c: CdaA-H04 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s4c

タイトル

CdaA-H04 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-H04 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s4c.cif.gz	139 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s4c.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s4c_validation.pdf.gz	706.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s4c_full_validation.pdf.gz	708.8 KB	表示
XML形式データ	8s4c_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	8s4c_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diadenylate cyclase

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.740, 64.110, 129.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-DZA / DAMINOZIDE / ダミノジット分子量: 160.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→45.61 Å / Num. obs: 65314 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 13.12

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.8-1.9	1.739	9820	0.504	1.971	1
1.9-2	0.976	7886	0.751	1.106	1
2-2.2	0.439	11857	0.93	0.498	1
2.2-8	0.037	35014	0.999	0.042	1
8-14	0.023	606	0.998	0.028	1
14-17	0.024	60	0.997	0.031	1
17-50	0.033	71	0.999	0.043	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→45.61 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	3278	5.02 %
R_work	0.2015	-	-
obs	0.2028	65236	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2405	0	11	151	2567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.698	3320
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.373	929
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	425

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.5125	147	0.486	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.5028	141	0.4384	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.4366	135	0.4013	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.383	141	0.3915	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.3662	143	0.3611	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.3379	144	0.3346	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.3837	138	0.3097	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.3099	147	0.2788	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.265	142	0.2485	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.18	0.2931	147	0.2431	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.2664	140	0.206	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.2306	144	0.2134	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.38	0.2033	142	0.2076	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.2804	143	0.2077	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.56	0.2299	141	0.1974	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.68	0.2364	138	0.205	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.82	0.2307	145	0.198	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.99	0.2097	144	0.2016	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.22	0.2276	144	0.1874	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.55	0.207	142	0.1746	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.06	0.1811	145	0.1548	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-5.12	0.1681	143	0.1506	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-45.61	0.2216	142	0.207	2680	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8318	0.4996	-3.6154	3.6111	-0.0611	3.5017	0.0274	-0.2793	0.4641	0.5838	0.0378	0.138	-0.4252	-0.095	-0.2937	0.7973	-0.0596	-0.0234	0.4665	-0.0033	0.3366	-23.0629	-1.146	-4.2089
2	3.2831	-0.042	0.0052	5.828	-0.9766	5.1501	0.0052	-0.0273	-0.0586	-0.1031	0.1176	-0.1064	-0.2116	-0.1997	-0.1052	0.5627	-0.0485	0.0079	0.3419	-0.025	0.2976	-19.8956	-2.4954	-16.9173
3	3.1439	1.7144	-0.3311	6.9421	-1.3916	1.9501	-0.1496	-0.0332	0.2337	-0.5233	0.1582	-0.4399	-0.487	0.2997	-0.0169	0.7545	-0.0817	0.0346	0.3885	-0.0375	0.3648	-14.9615	11.7033	-16.1976
4	4.9107	6.4698	5.8563	9.6291	6.5634	8.3959	0.0164	-0.8048	0.3087	0.2826	-0.2371	0.2753	-0.6775	-0.4994	-0.0781	0.8251	0.0469	0.1045	0.4572	0.005	0.4843	-25.6046	9.1315	-3.1987
5	3.8767	-0.6562	1.1257	4.4061	-0.0175	5.8077	0.1278	0.4013	-0.079	-0.3748	0.1316	0.2139	0.0095	-0.7066	-0.172	0.587	-0.0466	-0.0209	0.4506	0.025	0.3721	-19.8547	-24.1395	-21.6999
6	1.9636	-1.7236	-0.2645	6.5617	-0.6249	1.768	-0.1714	-0.2252	0.0644	0.6529	0.1618	-0.3807	0.0753	0.1135	-0.0037	0.5505	-0.055	-0.0714	0.3576	-0.0074	0.2907	-14.3789	-25.5262	-11.75
7	5.7462	-3.5769	0.2332	6.4055	-3.0111	7.5608	0.0232	0.6203	-0.2237	-0.5561	0.1308	-0.1725	0.8213	0.0155	-0.2306	0.7617	-0.1242	0.0009	0.4068	-0.0562	0.3771	-13.6184	-33.8276	-24.5675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 141 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 155 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -4 through 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 47 through 132 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 133 through 157 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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