PDB-8s4b: CdaA-C08 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s4b

タイトル

CdaA-C08 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-C08 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s4b.cif.gz	131.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s4b.ent.gz	103.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s4b_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s4b_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	8s4b_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8s4b_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.490, 64.720, 128.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-8G2 / (4-methoxycarbonylphenyl)methylazanium / 4-(アミニオメチル)安息香酸メチル分子量: 166.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₂NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→45.58 Å / Num. obs: 36215 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.13 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.149 / R_rim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 5.68

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.15-2.25	1.365	4603	0.62	1.573	1
2.25-2.35	1.067	3849	0.724	1.233	1
2.35-2.55	0.725	6045	0.861	0.826	1
2.55-8	0.118	21006	0.992	0.136	1
8-14	0.069	579	0.995	0.079	1
14-17	0.049	58	0.997	0.055	1
17-50	0.065	75	0.996	0.077	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.15→45.58 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 37.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2774	1801	4.99 %
R_work	0.24	-	-
obs	0.2418	36122	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→45.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2320	0	12	77	2409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.655	899
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	416

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.21	0.4832	126	0.4334	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.27	0.4667	139	0.398	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.35	0.4956	132	0.389	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.43	0.3578	144	0.3304	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.53	0.305	152	0.2824	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.64	0.3214	130	0.2827	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.78	0.323	145	0.2718	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.96	0.3586	136	0.2648	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.2839	137	0.2324	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.51	0.3026	135	0.2121	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-4.01	0.2345	141	0.1957	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
4.01-5.05	0.1886	145	0.184	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
5.06-45.58	0.2128	139	0.1989	2646	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1051	0.0138	0.6682	0.7718	-0.1686	3.2263	0.1786	-0.2511	-0.1117	0.722	-0.0768	-0.0692	0.1437	-0.352	0.0434	1.3441	-0.0158	-0.0309	0.307	0.002	0.31	-23.214	-1.1576	-4.2182
2	0.569	-0.2829	-0.0232	5.1762	-0.2795	1.5297	-0.0341	0.0566	0.0071	-0.1512	0.0829	-0.2882	-0.2149	-0.0241	-0.0535	0.8987	0.0295	-0.012	0.2076	-0.0265	0.2464	-18.8005	3.8379	-17.3024
3	1.7221	2.3927	-0.6445	3.7472	-0.5619	0.9576	0.0552	-0.1397	-0.0121	0.5148	-0.2093	0.1192	-0.1539	-0.0659	-0.0192	1.3369	0.0568	0.0111	0.3037	0.0044	0.4106	-23.4305	11.3902	-5.1747
4	7.7294	-0.4386	3.4083	4.2359	-0.1841	3.8627	-0.6362	0.6531	0.1701	-0.4823	0.1781	0.3327	-0.3027	0.1928	0.4474	1.0843	-0.0502	0.116	0.2672	0.0272	0.3457	-16.6928	-21.9192	-26.0569
5	4.891	-0.9321	0.7824	3.4561	0.2008	2.6709	0.0924	-0.5632	-0.3228	0.5329	0.0392	0.1982	0.1514	-0.3255	-0.1606	0.9772	-0.0769	0.0223	0.2998	0.0339	0.3021	-21.7345	-27.0074	-12.7202
6	2.5065	-0.209	1.0563	4.1719	2.331	2.1327	-0.0647	-0.22	-0.1799	0.5305	0.1778	-0.4308	0.2732	-0.0592	-0.0884	1.0322	-0.0117	0.0135	0.2029	-0.0269	0.3547	-17.5195	-15.8652	-12.8248
7	1.3362	-1.4561	-0.222	3.5917	-0.3166	0.8694	-0.2278	-0.1676	-0.0866	0.5641	0.2261	-0.0337	-0.0776	0.0688	-0.0409	1.0367	-0.0313	-0.0173	0.2932	0.0146	0.2435	-16.4812	-30.3114	-8.9454
8	5.7772	-0.0117	-1.1723	5.6464	-1.1237	2.2281	-0.2155	-0.3158	-0.0197	0.3298	0.2414	-0.4065	0.1992	-0.0639	0.0593	0.9248	-0.0898	-0.0741	0.2377	0.0357	0.2382	-12.583	-30.4369	-15.4692
9	3.0134	0.0148	-0.2238	2.8055	-2.2504	1.8343	-0.2237	0.3295	-0.1928	-0.432	0.0442	-0.1942	0.5003	0.0043	0.1234	1.1246	0.0229	-0.061	0.2429	-0.0318	0.3174	-14.694	-34.5153	-23.7998

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 155 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 26 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 27 through 44 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 73 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 74 through 113 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 114 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 133 through 155 )

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