PDB-8s4a: CdaA-B04 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s4a

タイトル

CdaA-B04 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-B04 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_bond ...chem_comp / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp.name / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s4a.cif.gz	135.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s4a.ent.gz	105.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s4a_validation.pdf.gz	1008.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s4a_full_validation.pdf.gz	1014.2 KB	表示
XML形式データ	8s4a_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8s4a_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.700, 64.460, 128.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-AJO / 2-[cyanomethyl(methyl)amino]-N-(6-methylpyridin-2-yl)ethanamide 分子量: 218.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.23→45.54 Å / Num. obs: 31425 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 8.04

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.23-2.33	1.486	3897	0.37	1.741	1
2.33-2.43	1.208	3224	0.479	1.413	1
2.43-2.63	0.883	5106	0.593	1.033	1
2.63-8	0.102	18499	0.995	0.116	1
8-14	0.033	579	0.997	0.037	1
14-17	0.031	56	0.999	0.036	1
17-50	0.035	64	0.999	0.041	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.23→45.54 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 30.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	1572	5.01 %
R_work	0.2008	-	-
obs	0.2031	31404	96.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→45.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2332	0	33	120	2485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2394
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.534	3233
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.856	913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.3	0.393	142	0.3377	2743	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3-2.38	0.3854	145	0.3304	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
2.38-2.48	0.3014	141	0.2979	2707	X-RAY DIFFRACTION	95
2.48-2.59	0.3271	144	0.2888	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
2.59-2.73	0.3337	135	0.2743	2654	X-RAY DIFFRACTION	94
2.73-2.9	0.3603	122	0.2555	2308	X-RAY DIFFRACTION	82
2.9-3.12	0.2531	148	0.1947	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
3.12-3.44	0.2494	143	0.1832	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.94	0.1982	150	0.15	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.96	0.1955	153	0.1432	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-45.54	0.1891	149	0.1866	2812	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3761	1.0148	-2.1365	3.1672	0.4526	2.786	0.1191	-0.147	-0.2317	0.5252	-0.1506	0.03	0.0908	-0.2401	-0.0188	0.5224	-0.0348	-0.0294	0.4545	0.0063	0.3272	-21.4036	-0.936	-4.2026
2	1.5307	0.4666	0.7838	5.8423	0.0128	3.3155	-0.1784	0.0296	0.1124	-0.15	0.1307	-0.1529	-0.2473	-0.067	0.0393	0.2177	0.0043	-0.0084	0.2153	-0.0132	0.1612	-15.971	3.4478	-16.9412
3	2.6994	1.7083	-2.349	1.7932	-0.136	4.7859	0.068	-0.3203	-0.0118	0.8896	-0.0047	0.3631	-0.6173	-0.1055	0.1022	0.5966	-0.0123	0.0072	0.3197	-0.0298	0.4148	-20.5629	11.4938	-5.1615
4	8.1132	0.0901	4.0301	4.1707	-0.1502	7.5141	-0.1885	0.5249	0.0596	-0.4721	0.3082	0.2585	-0.2887	-0.0878	-0.093	0.4163	0.0175	0.0157	0.3266	0.0593	0.3801	-14.9623	-22.2761	-25.7901
5	4.048	-1.3885	0.2264	3.7031	-0.178	4.8108	-0.0505	-0.5755	-0.0934	-0.0233	0.1516	0.3034	0.1864	-0.4825	-0.0909	0.3442	-0.0425	-0.0957	0.2682	0.0017	0.2805	-17.4942	-26.3515	-13.086
6	5.39	-2.0528	2.4613	6.1578	-0.0713	1.2484	-0.2453	-0.3679	0.3596	1.1418	0.1249	0.3796	0.1861	-0.6029	-0.2732	0.17	-0.1078	0.0618	0.2603	0.0033	0.1556	-22.05	-16.7109	-12.3768
7	3.5816	0.4749	-2.0368	6.8448	-0.0932	3.1901	0.0106	-0.2894	0.084	0.0855	-0.0234	-0.307	0.0602	-0.2074	-0.052	0.2578	-0.0855	-0.0127	0.2868	0.0129	0.31	-14.8584	-17.4301	-13.6627
8	1.5838	-0.4999	-0.0231	5.6168	-0.283	2.8314	-0.0323	-0.3521	-0.1016	0.6681	0.2707	-0.1566	0.2476	-0.1621	-0.0937	0.4603	-0.0648	-0.0564	0.2946	0.0165	0.2928	-11.8503	-33.1934	-8.5642
9	5.0516	0.918	-1.8822	4.5812	-1.377	4.2763	-0.4194	-0.2607	-0.212	0.8342	0.4478	-0.8411	0.2693	0.6482	0.0062	0.4664	-0.0035	-0.1144	0.3793	-0.0424	0.3403	-5.4088	-30.0315	-15.411
10	1.1214	-1.5102	-0.3951	2.3647	-0.6176	5.7474	0.0124	-0.1884	-0.4267	0.2608	-0.0184	-1.0591	1.065	0.4178	-0.1999	0.6231	0.0832	-0.1717	0.4176	-0.0746	0.4901	-7.5898	-36.8999	-17.8954
11	5.5859	-0.8806	-1.0941	3.977	-0.7762	6.6512	0.3802	0.5591	-0.613	0.0355	0.059	0.4085	0.1351	-0.6366	-0.3399	0.5667	-0.0061	-0.0073	0.3303	0.0043	0.3126	-15.3954	-32.9608	-27.8273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 155 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 25 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 26 through 44 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 55 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 56 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 121 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 122 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 133 through 141 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 142 through 157 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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