PDB-8s49: CdaA-B06 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s49

タイトル

CdaA-B06 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-B06 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s49.cif.gz	137.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s49.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s49_validation.pdf.gz	754.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s49_full_validation.pdf.gz	755.8 KB	表示
XML形式データ	8s49_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8s49_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.660, 64.750, 129.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-45Y / 2-(4-fluorophenyl)acetohydrazide 分子量: 168.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉FN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→45.71 Å / Num. obs: 73715 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 10.06

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.7-1.8	2.046	11563	0.536	2.329	1
1.8-1.9	1.092	9274	0.779	1.244	1
1.9-2.1	0.482	13691	0.938	0.549	1
2.1-8	0.046	38488	0.998	0.053	1
8-14	0.027	577	0.996	0.031	1
14-17	0.024	56	1	0.027	1
17-50	0.025	66	0.999	0.029	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→45.71 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 32.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2207	3698	5.02 %
R_work	0.1974	69949	-
obs	0.1986	73647	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.2 Å² / B_iso mean: 47.4647 Å² / B_iso min: 27.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→45.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	14	135	2518
B_iso mean	-	-	54.05	52.19	-
残基数	-	-	-	-	308

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.4554	142	0.5124	2687	2829	99
1.72-1.75	0.5216	144	0.4957	2685	2829	98
1.75-1.77	0.6016	141	0.4517	2631	2772	99
1.77-1.8	0.4611	139	0.4329	2689	2828	98
1.8-1.83	0.4216	147	0.3969	2709	2856	100
1.83-1.86	0.3614	140	0.356	2661	2801	98
1.86-1.89	0.4024	143	0.345	2709	2852	99
1.89-1.92	0.3333	140	0.3199	2640	2780	99
1.92-1.96	0.2962	143	0.2887	2670	2813	99
1.96-2	0.2854	140	0.2703	2689	2829	99
2-2.04	0.3136	139	0.2443	2670	2809	99
2.04-2.09	0.2853	144	0.2432	2762	2906	99
2.09-2.14	0.3232	143	0.2424	2650	2793	100
2.14-2.2	0.2827	149	0.2287	2752	2901	100
2.2-2.26	0.2252	139	0.1944	2669	2808	99
2.26-2.34	0.2025	145	0.2111	2701	2846	100
2.34-2.42	0.249	144	0.1923	2694	2838	100
2.42-2.52	0.2355	137	0.2035	2692	2829	100
2.52-2.63	0.2797	141	0.2065	2715	2856	100
2.63-2.77	0.2978	147	0.2217	2714	2861	99
2.77-2.95	0.2596	142	0.2143	2690	2832	99
2.95-3.17	0.2469	135	0.193	2662	2797	100
3.17-3.49	0.1945	146	0.1689	2729	2875	100
3.49-4	0.1603	140	0.1499	2682	2822	100
4-5.03	0.1463	145	0.1368	2726	2871	100
5.04-45.71	0.1742	143	0.1787	2671	2814	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5613	-0.3428	-2.0012	3.5252	0.3633	3.8122	0.1528	-0.4781	-0.068	0.5057	-0.2488	0.0795	0.053	-0.3284	0.0524	0.496	-0.0425	-0.0171	0.3989	0.0168	0.3042	-24.4029	-1.4817	-4.3556
2	0.6963	0.8114	0.0203	6.7032	-0.0602	2.517	-0.0806	0.0493	-0.0113	-0.1055	0.1345	-0.084	-0.1568	-0.2267	-0.0403	0.2605	0.0221	0.0038	0.344	-0.0005	0.2821	-19.4256	3.2172	-18.2806
3	2.2367	1.2397	2.1256	5.3289	-0.8389	7.3596	-0.0065	-0.3041	0.2073	0.4466	0.0352	-0.3749	-0.8771	0.0802	-0.0302	0.4341	-0.0153	-0.0348	0.3765	-0.0104	0.3641	-14.9966	12.0625	-9.6838
4	2.9752	0.8309	4.3951	4.612	0.3055	6.9824	-0.126	-0.5418	0.4483	0.2241	-0.0778	0.0418	-0.2922	-0.7956	0.1214	0.6034	0.0059	0.0745	0.4675	0.005	0.3697	-26.3314	9.078	-3.0057
5	4.8	-0.5955	3.2399	2.6642	0.6798	6.7518	-0.164	0.617	-0.0613	-0.4074	-0.0249	0.2911	-0.0755	-0.2696	0.1251	0.4598	-0.0247	0.1005	0.4541	0.0142	0.4179	-18.2191	-24.2928	-27.6935
6	0.7156	-1.2182	0.2753	5.7537	-0.6397	2.7636	-0.0488	-0.1485	-0.0152	0.4121	0.1187	-0.0824	0.0529	-0.0743	-0.0559	0.2952	-0.0385	-0.0296	0.3436	0.0023	0.3066	-16.8432	-25.881	-11.9758
7	1.004	-0.9424	0.4853	3.9242	-1.6785	5.3066	0.1801	0.2193	-0.2137	-0.3143	-0.0753	-0.1678	0.4512	0.0664	-0.0766	0.3894	0.0262	-0.0265	0.387	-0.022	0.3674	-14.1087	-34.7107	-23.805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 26 )	A	3 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 121 )	A	27 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 141 )	A	122 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 155 )	A	142 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 26 )	B	0 - 26
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 132 )	B	27 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 133 through 154 )	B	133 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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