PDB-8s48: CdaA-C11 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s48

タイトル

CdaA-C11 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-C11 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s48.cif.gz	141.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s48.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s48_validation.pdf.gz	755.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s48_full_validation.pdf.gz	757.9 KB	表示
XML形式データ	8s48_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	8s48_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diadenylate cyclase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.330, 64.680, 128.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-4AQ / 2-(1H-indol-3-yl)-N-[(1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methyl]ethanamine 分子量: 253.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₆H₁₉N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→35.74 Å / Num. obs: 79830 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.42

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.65-1.75	1.808	12861	0.558	2.063	1
1.75-1.85	1.05	10261	0.773	1.201	1
1.85-2.05	0.503	15018	0.926	0.576	1
2.05-8	0.045	40998	0.999	0.051	1
8-14	0.024	568	0.998	0.028	1
14-17	0.025	57	0.999	0.028	1
17-50	0.02	67	0.999	0.022	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.65→35.74 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 33.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	3989	5 %
R_work	0.1908	75777	-
obs	0.1922	79766	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.05 Å² / B_iso mean: 44.719 Å² / B_iso min: 26.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→35.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2391	0	19	227	2637
B_iso mean	-	-	48.22	48.66	-
残基数	-	-	-	-	311

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.5334	145	0.5033	2702	2847	98
1.67-1.69	0.5155	141	0.4926	2649	2790	99
1.69-1.71	0.4363	142	0.4448	2721	2863	99
1.71-1.74	0.4543	145	0.4308	2682	2827	100
1.74-1.76	0.4134	139	0.4079	2686	2825	99
1.76-1.79	0.4353	145	0.3882	2747	2892	100
1.79-1.82	0.3602	137	0.3787	2665	2802	99
1.82-1.85	0.4242	139	0.348	2713	2852	100
1.85-1.88	0.4089	145	0.3403	2731	2876	99
1.88-1.91	0.3887	136	0.3227	2697	2833	99
1.91-1.95	0.3188	139	0.2902	2675	2814	99
1.95-1.99	0.2747	143	0.2555	2712	2855	100
1.99-2.03	0.2925	145	0.233	2714	2859	100
2.03-2.08	0.225	141	0.2142	2739	2880	100
2.08-2.13	0.2227	143	0.2015	2699	2842	100
2.13-2.19	0.2102	146	0.2044	2741	2887	100
2.19-2.25	0.2269	135	0.1806	2680	2815	99
2.25-2.33	0.1934	147	0.198	2703	2850	99
2.33-2.41	0.2834	144	0.176	2731	2875	100
2.41-2.5	0.2077	150	0.1833	2674	2824	99
2.51-2.62	0.1971	144	0.1959	2715	2859	100
2.62-2.76	0.2276	144	0.1912	2739	2883	100
2.76-2.93	0.26	140	0.2002	2716	2856	100
2.93-3.16	0.2299	137	0.1806	2685	2822	100
3.16-3.47	0.1807	146	0.1658	2738	2884	100
3.47-3.97	0.185	142	0.1399	2699	2841	100
3.98-5.01	0.1385	142	0.1323	2720	2862	100
5.01-35.74	0.1885	147	0.1683	2704	2851	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3835	0.4007	-1.191	3.4521	0.2466	2.3579	0.6301	-0.2749	-0.1581	0.5674	-0.4522	0.3702	-0.1072	-0.4031	-0.1518	0.5825	-0.0284	0.0368	0.3718	-0.0058	0.2891	-27.4227	-1.7145	-4.6477
2	1.0422	0.9042	-0.1367	5.7032	0.1574	2.2572	-0.0789	0.0085	-0.002	-0.1279	0.0841	-0.1108	-0.1399	-0.1345	-0.0042	0.3519	0.0237	0.0229	0.2547	-0.0039	0.2163	-19.4567	3.0018	-17.9341
3	1.5567	1.2338	1.5955	3.7557	-0.0966	4.0398	-0.0186	-0.2143	0.2933	0.2204	-0.0445	-0.3629	-0.6914	-0.0381	0.0408	0.6385	0.0041	-0.0018	0.3678	-0.0165	0.3941	-15.2696	12.1236	-9.6938
4	8.2138	1.3196	1.7729	4.6104	0.0869	5.684	0.2538	-0.888	0.5377	0.6252	-0.2586	0.1601	-0.5658	-0.7716	0.0503	0.6513	0.0331	0.1042	0.3994	-0.0454	0.367	-26.6826	9.2596	-3.0236
5	6.173	-0.8908	2.0748	2.3492	-0.0304	5.1902	-0.1405	0.5474	-0.0391	-0.447	-0.0097	0.2192	0.1886	-0.4135	0.1025	0.5794	-0.023	0.0756	0.388	0.0067	0.3449	-19.0282	-24.5774	-27.8357
6	1.8532	-1.9061	0.7268	5.4057	-0.8058	3.2105	-0.0389	-0.1774	0.0019	0.4443	0.1186	0.0207	0.0103	-0.2364	-0.0699	0.3409	-0.034	-0.0051	0.2621	-0.0026	0.2211	-19.5475	-21.6697	-12.1748
7	1.693	-1.0414	-1.3903	4.4253	-1.1635	4.1406	-0.0195	-0.136	-0.0626	0.3599	0.0408	-0.4465	0.3247	0.1152	-0.0178	0.4239	-0.0223	-0.0623	0.2746	-0.0017	0.302	-11.9279	-33.74	-12.6438
8	9.7374	-0.7096	-1.3577	2.5168	0.0467	4.4784	0.2377	0.5939	-0.4134	-0.5411	-0.0797	0.008	0.289	-0.3417	-0.1136	0.5957	-0.0002	-0.009	0.3538	0.0007	0.2907	-16.0015	-33.133	-27.5193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 25 )	A	0 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 121 )	A	26 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 141 )	A	122 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 155 )	A	142 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 25 )	B	0 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 26 through 93 )	B	26 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 94 through 141 )	B	94 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 142 through 154 )	B	142 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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