PDB-8s47: CdaA-D07 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s47

タイトル

CdaA-D07 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-D07 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s47.cif.gz	136.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s47.ent.gz	107 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s47_validation.pdf.gz	983.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s47_full_validation.pdf.gz	983.6 KB	表示
XML形式データ	8s47_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	8s47_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

39.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.220, 65.070, 130.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-47U / N-(pyridin-2-yl)-2-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)acetamide 分子量: 244.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→46.04 Å / Num. obs: 41718 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.08

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.11-2.21	2.651	5394	0.5	2.861	1
2.21-2.31	1.576	4522	0.713	1.699	1
2.31-2.51	0.968	6982	0.883	1.044	1
2.51-8	0.086	24059	0.998	0.092	1
8-14	0.039	625	0.999	0.041	1
14-17	0.039	62	0.999	0.042	1
17-50	0.041	74	0.999	0.044	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.11→46.04 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2402	2083	5 %
R_work	0.2059	-	-
obs	0.2077	41687	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→46.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2358	0	38	91	2487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2435
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.022	935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	394
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.16	0.5195	139	0.4197	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
2.16-2.21	0.4293	142	0.3701	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.27	0.364	135	0.3276	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.34	0.3353	142	0.3447	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.42	0.3268	143	0.3157	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.5	0.3329	139	0.2823	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.6	0.3227	144	0.2702	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.72	0.3012	136	0.2552	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.86	0.3348	136	0.2428	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.04	0.3422	138	0.2443	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.28	0.2818	136	0.2116	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.61	0.238	134	0.1876	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-4.13	0.2145	138	0.158	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-5.2	0.1388	133	0.1421	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2-46.04	0.1864	148	0.1788	2644	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5763	-1.1499	0.2155	6.3202	-0.0629	3.2104	0.2406	-0.6494	-0.7975	0.5977	0.0012	0.3186	0.24	-0.3852	-0.187	0.7496	-0.0607	-0.0043	0.5901	0.0537	0.4759	-24.1671	-1.4524	-4.4546
2	1.6196	-1.1181	0.0722	7.3304	-0.2886	4.8998	0.0057	0.1149	-0.0667	-0.3368	0.1037	-0.1793	-0.0244	-0.3149	-0.1304	0.4696	-0.0301	-0.0007	0.4096	-0.0039	0.4015	-20.1961	-2.6234	-17.1037
3	4.1385	3.3396	-0.6393	3.7474	-2.159	2.6026	-0.6207	0.6129	-0.4547	-2.1668	0.7045	-1.2976	-0.587	0.1014	-0.0375	0.7502	-0.086	0.0826	0.4375	-0.0014	0.5439	-12.6873	12.872	-21.0432
4	3.258	1.7986	-1.5059	5.6934	-1.1929	4.7496	0.0408	-0.0484	0.3578	-0.0884	0.0347	0.0029	-0.6738	-0.0091	-0.0613	0.646	-0.0037	0.0107	0.3569	-0.0464	0.3996	-19.3134	10.6237	-10.7876
5	9.6384	-3.548	0.8724	9.4242	-0.8716	6.0084	0.3734	1.0492	-0.1155	-1.1823	0.003	0.3454	0.2228	-0.0888	-0.2912	0.6968	-0.0416	0.0413	0.4461	0.0581	0.4004	-15.7094	-22.212	-25.7661
6	2.8006	-1.0273	0.4754	8.7338	-0.9663	5.9917	0.0808	-0.2484	-0.6958	0.1102	0.2588	0.421	0.1502	-0.7534	-0.254	0.5114	-0.0269	-0.0639	0.4627	0.0875	0.4732	-20.7628	-27.289	-12.7507
7	5.025	-2.8355	1.6277	7.1299	-0.0843	2.2311	-0.1935	-0.2697	0.248	0.3895	0.3932	0.2574	0.0207	-0.7539	-0.0817	0.4815	-0.0842	-0.031	0.4808	0.0281	0.62	-23.986	-16.7877	-12.8112
8	3.4916	0.5216	-1.3098	7.4893	0.1726	2.0344	-0.03	-0.417	-0.1413	0.6572	0.1492	-1.1799	0.412	0.0609	-0.0965	0.5345	-0.0132	-0.122	0.4375	-0.0213	0.6098	-12.2822	-15.692	-12.506
9	6.6805	-3.2016	1.5369	5.3111	-0.8398	5.1062	-0.4356	-0.3143	-0.184	0.6121	0.3877	0.534	0.1798	-0.4269	0.0242	0.5171	-0.0616	-0.0748	0.4101	0.0337	0.4246	-20.7369	-25.5921	-10.1767
10	2.3379	2.5844	-4.6007	2.0015	-5.7329	9.1571	0.1129	-1.5055	-0.253	-0.3025	-1.1817	-2.2274	1.3241	1.9125	0.2341	0.4566	-0.045	-0.2159	0.6846	0.0339	0.7128	-4.8314	-38.5343	-6.9511
11	4.4867	-0.9703	-0.5849	6.7228	-0.8861	6.0904	-0.1479	-0.3214	-0.2314	0.3793	0.2161	-0.2611	0.4518	0.1506	-0.096	0.5634	-0.0124	-0.063	0.4133	-0.0045	0.4744	-12.0045	-33.122	-13.5703
12	3.5741	-3.1687	-1.3607	4.4595	-2.4603	8.6452	-0.2255	0.8464	-0.7456	-1.2826	0.0925	0.2917	0.9284	-0.2635	0.0119	0.8414	-0.039	-0.0497	0.4976	-0.0249	0.4468	-16.8909	-33.1456	-27.9485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 155 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 44 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 45 through 55 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 56 through 73 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 74 through 93 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 94 through 101 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 102 through 141 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 142 through 157 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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