PDB-8s46: CdaA-E01 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s46

タイトル

CdaA-E01 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-E01 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s46.cif.gz	134.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s46.ent.gz	104.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s46_validation.pdf.gz	776.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s46_full_validation.pdf.gz	777.3 KB	表示
XML形式データ	8s46_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8s46_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.790, 64.650, 130.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-F06 / 2-chlorobenzyl carbamimidothioate / 2-(2-クロロベンジル)イソチオ尿素分子量: 200.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉ClN₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→45.84 Å / Num. obs: 44332 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 11.58

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.99-2.09	2.589	6079	0.401	2.933	1
2.09-2.19	1.536	4964	0.612	1.742	1
2.19-2.39	0.791	7706	0.864	0.899	1
2.39-8	0.053	24921	0.999	0.061	1
8-14	0.015	540	1	0.017	1
14-17	0.013	60	1	0.015	1
17-50	0.019	62	0.999	0.023	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.99→45.84 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 36.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	2219	5.01 %
R_work	0.2247	-	-
obs	0.2264	44268	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→45.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2344	0	13	61	2418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.493	3223
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.428	905
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.03	0.4941	146	0.4747	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.4456	140	0.4529	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.4428	133	0.4246	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.19	0.4461	141	0.3805	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2992	136	0.3412	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.33	0.3193	144	0.3197	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.41	0.312	136	0.2939	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.51	0.3333	140	0.2875	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.62	0.39	140	0.2895	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.76	0.2883	139	0.2437	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.93	0.2763	132	0.255	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.16	0.2695	135	0.227	2597	X-RAY DIFFRACTION	98
3.16-3.48	0.2391	135	0.2068	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.98	0.2039	142	0.1729	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-5.01	0.1818	146	0.153	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-45.84	0.2285	134	0.1894	2610	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0192	0.842	-1.9398	4.9439	-0.992	3.2113	0.6438	-0.2128	0.3009	1.3015	-0.433	-0.1373	-0.0653	0.1732	-0.1513	0.9667	-0.0832	-0.033	0.436	0.0179	0.3999	-22.646	-0.699	-4.173
2	2.8197	1.0787	-0.8078	7.8021	-0.0386	5.7271	0.2138	0.1063	-0.2093	-0.1468	-0.0768	0.0615	-0.0092	-0.2911	-0.0277	0.4166	-0.002	-0.0108	0.3186	-0.0028	0.3298	-20.848	-1.311	-16.525
3	4.6456	-2.3758	1.1486	6.5665	0.2712	4.105	-0.201	0.242	-0.2033	-0.0712	-0.026	-0.4616	-0.3843	0.1375	0.119	0.5036	-0.0077	-0.0687	0.3062	0.0106	0.3959	-17.559	-3.748	-17.57
4	3.8979	0.9661	-0.1302	2.5512	1.4098	0.9523	0.2153	0.451	0.1615	-1.0967	0.1734	0.1492	-0.9694	0.5161	-0.2038	0.8508	-0.0369	0.0456	0.4131	-0.0045	0.3172	-16.355	8.716	-24.669
5	1.1231	0.3658	-0.252	6.6284	-0.8518	3.153	0.3778	-0.1011	0.1937	0.0294	-0.2806	-0.5308	-0.2913	0.2739	0.0024	0.7148	-0.0421	0.0139	0.4127	-0.032	0.4186	-14.486	12.189	-15.965
6	1.9045	0.9031	0.6773	3.5162	-3.9325	6.1475	0.672	0.0698	0.5059	1.0348	-0.1548	0.2766	-2.0789	0.2619	-0.1554	0.9787	-0.0735	0.0927	0.5228	-0.1088	0.517	-16.555	15.877	-9.282
7	9.2123	2.0642	3.0714	4.1421	0.0314	5.6502	0.341	-0.8034	0.3643	0.3286	-0.3468	-0.1636	-0.2461	-0.1934	0.1278	1.0416	-0.0591	0.049	0.48	-0.0317	0.5257	-25.265	9.503	-2.723
8	3.6142	-0.8505	-0.0166	6.1576	-0.3927	5.8152	-0.0942	0.0522	0.0746	-0.1858	-0.1053	-0.2184	0.1919	-0.1347	0.1823	0.502	-0.0444	0.0166	0.3208	0.0021	0.4025	-18.007	-20.468	-17.415
9	3.137	-3.0126	2.7792	8.107	-0.7035	6.3318	-0.0358	-0.0857	0.2151	1.1098	0.2397	-0.6582	0.2962	0.322	-0.1391	0.6983	-0.035	-0.1121	0.4288	0.0069	0.4912	-12.348	-33.221	-6.992
10	7.858	-0.0278	-0.9668	5.4259	-0.7515	6.1462	0.0725	0.1436	-0.7123	-0.2989	0.0097	-0.7983	0.6756	0.2267	-0.0726	0.5634	0.0375	-0.0154	0.3579	0.0559	0.4305	-11.458	-30.198	-15.791
11	6.4503	-2.4172	2.6164	5.3539	-3.7556	8.4208	0.7234	0.493	0.0497	-0.814	-0.36	-0.0535	0.9057	-0.0703	-0.2971	0.7687	0.0152	0.0583	0.4004	-0.017	0.4756	-14.332	-34.07	-24.489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:25 )	A	5 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 26:62 )	A	26 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 63:83 )	A	63 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 84:93 )	A	84 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 94:132 )	A	94 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 133:141 )	A	133 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 142:155 )	A	142 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 5:83 )	B	5 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 84:113 )	B	84 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 114:132 )	B	114 - 132
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 133:156 )	B	133 - 156

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)