PDB-8s45: CdaA-E05 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s45

タイトル

CdaA-E05 complex

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA-E05 complex
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s45.cif.gz	138.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s45.ent.gz	107.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s45_validation.pdf.gz	806.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s45_full_validation.pdf.gz	807.8 KB	表示
XML形式データ	8s45_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	8s45_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/8s45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diadenylate cyclase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.750, 64.710, 129.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-G3Y / (1~{R},2~{S},3~{S},4~{R},5~{S})-2-azanyl-4-phenylsulfanyl-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-ol 分子量: 253.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₁₅NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→39.72 Å / Num. obs: 74891 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 13.12

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.69-1.79	2.055	11891	0.521	2.35	1
1.79-1.89	1.148	9492	0.759	1.3	1
1.89-2.09	0.485	14020	0.933	0.549	1
2.09-8	0.036	38792	0.999	0.041	1
8-14	0.018	573	0.998	0.022	1
14-17	0.022	57	1	0.027	1
17-50	0.017	66	1	0.02	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.69→39.72 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 33.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	3748	5.01 %
R_work	0.1964	71061	-
obs	0.1983	74809	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.95 Å² / B_iso mean: 43.1154 Å² / B_iso min: 25.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.69→39.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2385	0	17	171	2573
B_iso mean	-	-	41.5	45.74	-
残基数	-	-	-	-	310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.69-1.71	0.6358	137	0.5552	2571	2708	97
1.71-1.73	0.5026	141	0.5335	2641	2782	99
1.73-1.76	0.5347	140	0.4846	2655	2795	99
1.76-1.78	0.5094	135	0.4287	2643	2778	99
1.78-1.81	0.4435	142	0.4065	2655	2797	99
1.81-1.84	0.3661	139	0.3623	2628	2767	99
1.84-1.87	0.3673	138	0.3311	2618	2756	99
1.87-1.9	0.3833	140	0.3186	2665	2805	99
1.9-1.93	0.2919	136	0.2865	2630	2766	99
1.93-1.97	0.3071	139	0.2645	2664	2803	99
1.97-2.01	0.2622	140	0.2501	2654	2794	99
2.01-2.06	0.3194	138	0.241	2604	2742	99
2.06-2.1	0.2418	137	0.2346	2647	2784	99
2.1-2.16	0.2654	146	0.2071	2651	2797	99
2.16-2.21	0.2688	134	0.1941	2592	2726	99
2.21-2.28	0.2234	139	0.1942	2641	2780	99
2.28-2.35	0.2537	140	0.1981	2627	2767	99
2.35-2.44	0.2542	137	0.1879	2615	2752	98
2.44-2.53	0.2088	136	0.1907	2610	2746	99
2.53-2.65	0.2902	140	0.1988	2673	2813	99
2.65-2.79	0.2582	141	0.2028	2648	2789	99
2.79-2.96	0.2021	136	0.1962	2567	2703	97
2.96-3.19	0.2664	137	0.1855	2577	2714	96
3.19-3.51	0.1855	141	0.1649	2644	2785	100
3.52-4.02	0.1602	139	0.1454	2654	2793	100
4.02-5.07	0.1533	141	0.1363	2653	2794	100
5.07-39.72	0.256	139	0.1854	2634	2773	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4828	1.0505	-2.0556	3.9323	0.5635	3.0964	0.5599	-0.1992	0.228	0.6546	-0.3988	0.315	0.1187	-0.4965	-0.0897	0.6032	-0.0875	0.027	0.3834	-0.0145	0.2556	-27.1424	-1.3508	-4.8206
2	1.0147	0.8551	-0.1592	5.4749	0.2453	2.4996	-0.0488	0.0124	0.0137	-0.0547	0.1459	-0.1759	-0.2714	-0.0865	-0.0601	0.2296	0.0056	0.0134	0.1961	-0.0099	0.1667	-19.6023	3.0393	-17.8917
3	2.1098	0.9731	2.1674	5.4333	-1.5627	6.1801	-0.0074	0.0013	0.2716	0.3441	-0.0068	-0.4562	-1.1761	0.1095	0.0108	0.4924	-0.0277	-0.0207	0.3498	-0.0437	0.3299	-15.5051	12.0378	-9.7152
4	8.9166	1.8625	3.6902	6.8505	1.4126	6.6048	0.3791	-0.7051	0.6936	0.6714	-0.3834	0.3326	-0.6112	-0.8674	0.0034	0.5435	-0.0064	0.0837	0.3929	0.0049	0.3223	-26.8088	9.0926	-2.9899
5	5.5805	-1.1865	1.688	2.6379	-0.8465	5.7655	-0.0032	0.4273	-0.0227	-0.5082	-0.03	-0.0795	0.1839	-0.15	-0.0528	0.4524	-0.0257	0.0522	0.2565	0.0002	0.2933	-17.581	-24.2798	-25.3547
6	0.5363	-1.4005	0.3207	5.4725	-0.9146	2.2915	-0.0506	-0.1513	-0.0208	0.4903	0.1257	-0.1402	0.0132	-0.2008	-0.0532	0.3626	-0.0466	-0.0283	0.2992	0.0037	0.2828	-19.2395	-23.552	-11.245
7	3.2707	-0.4259	-1.537	3.9521	-0.9147	4.1614	0.0713	-0.0658	-0.0819	0.1378	0.0147	-0.2648	0.447	0.0809	-0.047	0.4071	-0.0239	-0.0295	0.2501	0.0058	0.2686	-14.2169	-32.9282	-17.4696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )	A	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 121 )	A	26 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 141 )	A	122 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 155 )	A	142 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 34 )	B	0 - 34
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 35 through 101 )	B	35 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 102 through 154 )	B	102 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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