PDB-8s3w: LysTt72, a lytic endopeptidase from Thermus thermophilus MAT72 ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3w

タイトル

LysTt72, a lytic endopeptidase from Thermus thermophilus MAT72 phage vB_Tt72

要素

Lytic endopeptidase
gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg

キーワード

VIRAL PROTEIN / Endopeptidase / Metalloprotein / Thermostability / Bacteriophage

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Thermus phage Tt72 (ファージ)

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.394 Å

データ登録者

Rypniewski, W. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: LysTt72, a lytic endopeptidase from Thermus thermophilus MAT72 phage vB_Tt72
著者: Rypniewski, W. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M.

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3w.cif.gz	91 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3w.ent.gz	64.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s3mC 8s3uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/IPEQFH / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lytic endopeptidase

C: gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg

ヘテロ分子

40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.270, 60.870, 124.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lytic endopeptidase 分子量: 39745.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage Tt72 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)[pRARE] / 参照: EC: 3.4.24.32
#2: タンパク質・ペプチド	gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg 分子量: 605.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulfate, 0.1 M 6.5 imidazole/MES monohydrate (acid) at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cold nitrogen gas jet / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月28日 / 詳細: focussing mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→99 Å / Num. obs: 13865 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.194 / R_sym value: 0.186 / Net I/σ(I): 9.94
反射シェル	解像度: 2.39→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 1947 / CC_1/2: 0.863 / R_rim(I) all: 1.849 / R_sym value: 1.774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.394→62.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 14.86 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.599 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2811	664	4.789 %
R_work	0.1857	13201	-
all	0.19	-	-
obs	-	13865	99.791 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.747 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.491 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.238 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.394→62.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2838	0	11	40	2889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.813	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.57	1.765	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.167	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.346	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.459	10	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.833	10	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.201	0.2	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.668	6.177	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.652	6.177	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.235	11.085	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.236	11.086	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.297	6.731	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.289	6.719	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.322	12.135	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.32	12.139	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.061	62.215	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.059	62.228	3405

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.394-2.456	0.477	57	0.393	967	0.398	1031	0.798	0.844	99.3211	0.383
2.456-2.523	0.404	38	0.355	923	0.357	961	0.837	0.887	100	0.347
2.523-2.596	0.477	46	0.313	916	0.321	962	0.825	0.911	100	0.298
2.596-2.676	0.313	44	0.285	875	0.286	919	0.901	0.929	100	0.269
2.676-2.764	0.362	39	0.258	873	0.262	913	0.903	0.941	99.8905	0.239
2.764-2.861	0.324	37	0.218	812	0.223	850	0.923	0.959	99.8824	0.197
2.861-2.968	0.342	35	0.194	810	0.2	845	0.946	0.971	100	0.174
2.968-3.089	0.341	34	0.176	774	0.182	809	0.914	0.977	99.8764	0.156
3.089-3.226	0.345	41	0.174	753	0.181	794	0.92	0.977	100	0.151
3.226-3.383	0.311	38	0.181	714	0.187	752	0.941	0.977	100	0.161
3.383-3.566	0.277	31	0.166	679	0.171	710	0.957	0.983	100	0.154
3.566-3.781	0.263	41	0.175	633	0.18	674	0.956	0.982	100	0.162
3.781-4.041	0.209	29	0.143	619	0.146	650	0.964	0.987	99.6923	0.134
4.041-4.364	0.19	29	0.132	567	0.134	596	0.976	0.989	100	0.129
4.364-4.778	0.215	38	0.147	499	0.152	553	0.973	0.985	97.1067	0.147
4.778-5.338	0.348	24	0.163	489	0.17	513	0.948	0.983	100	0.172
5.338-6.156	0.365	20	0.191	433	0.197	453	0.947	0.98	100	0.195
6.156-7.521	0.239	21	0.164	377	0.168	398	0.953	0.981	100	0.177
7.521-10.56	0.18	13	0.151	299	0.153	312	0.987	0.985	100	0.178
10.56-62.34	0.319	9	0.239	190	0.243	199	0.953	0.959	100	0.321

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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