PDB-8s3u: LysTt72, a lytic endopeptidase from Thermus thermophilus MAT72 ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3u

タイトル

LysTt72, a lytic endopeptidase from Thermus thermophilus MAT72 phage vB_Tt72

要素

Lytic endopeptidase
gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg

キーワード

VIRAL PROTEIN / Endopeptidase / Metalloprotein / Thermostability / Bacteriophage

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Thermus phage Tt72 (ファージ)

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Rypniewski, W. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure, enzymatic and thermodynamic properties of the Thermus thermophilus phage Tt72 lytic endopeptidase with unique structural signatures of thermal adaptation.
著者: Dorawa, S. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M. / Kaczorowska, A.K. / Ciuchcinski, K. / Godlewska, A. / Plotka, M. / Hreggvidsson, G.O. / Dziewit, L. / Kaczorowski, T. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3u.cif.gz	91.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3u.ent.gz	64.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s3u_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s3u_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	8s3u_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	8s3u_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s3mC 8s3wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/9TCUV8 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lytic endopeptidase

C: gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg

ヘテロ分子

40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.530, 60.150, 124.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lytic endopeptidase 分子量: 39745.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage Tt72 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)[pRARE] / 参照: EC: 3.4.24.32
#2: タンパク質・ペプチド	gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg 分子量: 605.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulfate, 0.1 M 6.5 imidazole/MES monohydrate (acid) at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cold nitrogen gas jet / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月8日 / 詳細: focussing mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 14096 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 13.58
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 2197 / CC_1/2: 0.848 / R_rim(I) all: 1.725 / R_sym value: 1.652 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.301→62.125 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 13.593 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.532 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2976	564	4.003 %
R_work	0.1927	13526	-
all	0.197	-	-
obs	-	14090	99.879 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.882 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.509 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.456 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.965 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→62.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2837	0	11	21	2869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.813	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.632	1.765	6150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.358	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.628	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.06	10	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.197	10	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.202	0.2	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.209	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.687	7.071	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.683	7.069	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.466	12.679	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.478	12.681	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.489	7.626	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.469	7.615	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.329	13.731	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.327	13.733	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.958	76.959	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.956	76.963	3446

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.301-2.36	0.37	41	0.406	958	0.405	1008	0.897	0.846	99.1071	0.395
2.36-2.425	0.498	40	0.376	962	0.381	1002	0.797	0.866	100	0.36
2.425-2.495	0.324	42	0.359	911	0.357	954	0.912	0.875	99.8952	0.343
2.495-2.572	0.394	54	0.333	884	0.336	938	0.885	0.895	100	0.306
2.572-2.656	0.305	28	0.255	902	0.257	930	0.91	0.943	100	0.23
2.656-2.749	0.323	33	0.211	848	0.215	881	0.914	0.966	100	0.188
2.749-2.852	0.293	33	0.191	816	0.195	850	0.956	0.974	99.8824	0.17
2.852-2.969	0.353	33	0.191	800	0.197	834	0.94	0.974	99.8801	0.169
2.969-3.1	0.365	32	0.175	757	0.182	789	0.879	0.978	100	0.154
3.1-3.251	0.311	28	0.173	729	0.18	757	0.931	0.979	100	0.156
3.251-3.427	0.245	32	0.144	706	0.149	738	0.964	0.985	100	0.127
3.427-3.634	0.285	25	0.151	670	0.155	696	0.961	0.985	99.8563	0.139
3.634-3.884	0.306	23	0.155	614	0.159	637	0.946	0.984	100	0.15
3.884-4.194	0.277	26	0.155	589	0.16	615	0.943	0.983	100	0.155
4.194-4.592	0.209	25	0.139	553	0.142	578	0.973	0.988	100	0.145
4.592-5.13	0.311	20	0.162	494	0.167	514	0.952	0.985	100	0.178
5.13-5.917	0.255	16	0.192	448	0.194	464	0.966	0.98	100	0.2
5.917-7.23	0.293	12	0.197	383	0.2	396	0.953	0.973	99.7475	0.211
7.23-10.157	0.33	15	0.18	311	0.185	326	0.947	0.98	100	0.212
10.157-62.125	0.271	6	0.267	191	0.267	197	0.952	0.958	100	0.334

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