PDB-8s3m: LysTt72, a lytic endopeptidase from Thermus thermophilus MAT72 ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3m

タイトル

LysTt72, a lytic endopeptidase from Thermus thermophilus MAT72 phage vB_Tt72

要素

Lytic endopeptidase
gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg

キーワード

VIRAL PROTEIN / Endopeptidase / Metalloprotein / Thermostability / Bacteriophage

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Thermus phage Tt72 (ファージ)

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.198 Å

データ登録者

Rypniewski, W. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure, enzymatic and thermodynamic properties of the Thermus thermophilus phage Tt72 lytic endopeptidase with unique structural signatures of thermal adaptation.
著者: Dorawa, S. / Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M. / Kaczorowska, A.K. / Ciuchcinski, K. / Godlewska, A. / Plotka, M. / Hreggvidsson, G.O. / Dziewit, L. / Kaczorowski, T. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3m.cif.gz	91.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3m.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s3m_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s3m_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	8s3m_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	8s3m_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s3uC 8s3wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/2W87AF / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lytic endopeptidase

C: gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg

ヘテロ分子

40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.133, 60.985, 125.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lytic endopeptidase 分子量: 39745.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage Tt72 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)[pRARE] / 参照: EC: 3.4.24.32
#2: タンパク質・ペプチド	gamma-D-Glu-m-A2pm-L-Lys-L-Arg 分子量: 605.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulfate, 0.1 M 6.5 imidazole/MES monohydrate (acid) at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cold nitrogen gas jet / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月28日 / 詳細: focussing mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.198→15 Å / Num. obs: 17755 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.994 / R_rim(I) all: 0.264 / R_sym value: 0.243 / Net I/av σ(I): 8.36 / Net I/σ(I): 8.36
反射シェル	解像度: 2.198→2.33 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 2775 / CC_1/2: 0.726 / R_rim(I) all: 1.602 / R_sym value: 1.478 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.198→14.956 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.165 / SU B: 9.401 / SU ML: 0.219 / Average fsc free: 0.9401 / Average fsc work: 0.9554 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2598	930	5.238 %	Random
R_work	0.1874	16825	-	-
all	0.191	-	-	-
obs	-	17755	99.223 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.192 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.167 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.198→14.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2796	0	53	65	2914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2923
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.641	1.813	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.571	1.765	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.771	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.36	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.887	10	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.779	10	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.142	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.717	3.982	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.717	3.981	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.648	7.143	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.652	7.145	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.41	4.438	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.389	4.431	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.849	7.948	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.847	7.95	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.64	40.377	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.641	40.389	3337

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.198-2.254	0.268	61	0.347	1156	0.343	1263	0.909	0.87	96.3579	0.326
2.254-2.314	0.341	58	0.306	1176	0.308	1234	0.908	0.904	100	0.288
2.314-2.379	0.317	59	0.296	1134	0.297	1193	0.927	0.918	100	0.275
2.379-2.451	0.378	53	0.25	1141	0.255	1194	0.89	0.938	100	0.228
2.451-2.529	0.327	63	0.233	1065	0.238	1128	0.937	0.951	100	0.209
2.529-2.615	0.273	65	0.231	1062	0.233	1129	0.95	0.956	99.8229	0.201
2.615-2.711	0.293	59	0.236	994	0.24	1054	0.924	0.956	99.9051	0.209
2.711-2.817	0.262	57	0.201	979	0.205	1037	0.95	0.97	99.9036	0.174
2.817-2.938	0.293	54	0.195	942	0.2	996	0.94	0.974	100	0.169
2.938-3.075	0.323	57	0.184	888	0.192	945	0.932	0.975	100	0.166
3.075-3.234	0.362	43	0.206	884	0.213	927	0.932	0.971	100	0.181
3.234-3.42	0.265	47	0.192	826	0.196	874	0.952	0.978	99.8856	0.174
3.42-3.643	0.194	50	0.156	756	0.158	809	0.977	0.987	99.6292	0.145
3.643-3.915	0.211	38	0.153	737	0.156	777	0.972	0.986	99.7426	0.142
3.915-4.26	0.177	38	0.129	674	0.132	713	0.978	0.99	99.8597	0.121
4.26-4.715	0.191	44	0.124	626	0.128	670	0.979	0.99	100	0.119
4.715-5.357	0.261	24	0.146	568	0.152	595	0.977	0.987	99.4958	0.142
5.357-6.36	0.438	23	0.185	507	0.194	532	0.911	0.981	99.6241	0.175
6.36-8.277	0.208	24	0.165	400	0.168	429	0.958	0.984	98.8345	0.166
8.277-14.956	0.18	13	0.149	310	0.15	323	0.983	0.986	100	0.161

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