PDB-8s3g: Atomic structure of truncated worm GdH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3g

タイトル

Atomic structure of truncated worm GdH

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / GdH Enzyme worm Xray

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Heligmosomoides polygyrus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Mourao, A. / Sattler, M. / Geerlof, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic structure of truncated worm GdH
著者: Mourao, A. / Sattler, M. / Geerlof, A.

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3g.cif.gz	249.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3g.ent.gz	161.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s3g_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s3g_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	8s3g_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	8s3g_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate dehydrogenase

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
178 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate dehydrogenase

登録者が定義した集合体
178 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.245, 151.245, 146.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 59208.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Heligmosomoides polygyrus (無脊椎動物) 遺伝子: HPBE_LOCUS9300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A183FP08
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M acetic acid ph 5.5 20% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→97.51 Å / Num. obs: 167056 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 39.78 Å² / CC_1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 2.29→2.32 Å / Num. unique obs: 5279 / CC_1/2: 0.428

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→97.51 Å / SU ML: 0.3289 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.048
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	4219	4.89 %
R_work	0.224	82109	-
obs	0.2252	86328	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→97.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7734	0	0	174	7908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	7919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	10716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1168
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.1357	2924

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.32	0.3492	150	0.3343	2549	X-RAY DIFFRACTION	93.75
2.32-2.34	0.3341	147	0.3324	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.34-2.37	0.3005	124	0.2999	2697	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.37-2.4	0.3279	147	0.2949	2727	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.4-2.43	0.3088	155	0.2776	2680	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.43-2.47	0.2997	138	0.2822	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.47-2.5	0.3267	122	0.2814	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.5-2.54	0.3119	158	0.2608	2667	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.54-2.58	0.2892	167	0.2525	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.58-2.62	0.3078	129	0.2573	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.62-2.67	0.3389	130	0.2566	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.67-2.72	0.2851	153	0.2525	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.72-2.77	0.2955	126	0.2627	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.77-2.82	0.3225	130	0.254	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.82-2.89	0.3143	136	0.2751	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.89-2.95	0.2925	119	0.2801	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.95-3.03	0.2968	127	0.2589	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.03-3.11	0.3384	153	0.2538	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.11-3.2	0.2632	134	0.2409	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.2-3.3	0.2695	143	0.2359	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.3-3.42	0.2398	130	0.2318	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.42-3.56	0.2559	139	0.221	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.56-3.72	0.2288	149	0.2213	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.72-3.92	0.2028	134	0.1962	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.92-4.16	0.2123	158	0.1852	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.16-4.48	0.1851	135	0.1836	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.48-4.94	0.22	139	0.1769	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.94-5.65	0.2179	146	0.2053	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.73
5.65-7.12	0.2204	169	0.226	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.87
7.12-97.51	0.1763	132	0.1688	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.39

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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