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- PDB-8s3d: Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3d

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase 2 in complex with 2-amino-2-hydroxyglutarate (reaction intermediate) and NAD

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / complex with reaction intermediate / glutamate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Legume-type glutamate dehydrogenase: Structure, activity, and inhibition studies.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Link, A. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3d.cif.gz	1021.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3d.ent.gz	834.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8s38C 8s39C 8s3aC 8s3bC 8s3cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/STKHH7 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/STKHH7

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

279 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.832, 155.707, 163.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 44894.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: 11433210, MTR_5g013470, MtrunA17_Chr5g0399821 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7JYL4

-
非ポリマー , 10種, 2706分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-8GL / (2S)-2-azanyl-2-oxidanyl-pentanedioic acid / D-2-HG 分子量: 163.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#10: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Amino acids (0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DL-Alanine; 0.02M Glycine; 0.02M DL-Lysine monohydrochloride; 0.02M DL-Serine ) 0.1M Imidazole/MES monohydrate pH 6.5 20% v/v PEG ...詳細: 0.1M Amino acids (0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DL-Alanine; 0.02M Glycine; 0.02M DL-Lysine monohydrochloride; 0.02M DL-Serine ) 0.1M Imidazole/MES monohydrate pH 6.5 20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.55 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Amino acids (0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DL-Alanine; 0.02M Glycine; 0.02M DL-Lysine monohydrochloride; 0.02M DL-Serine ) 0.1M Imidazole/MES monohydrate pH 6.5 20% v/v PEG ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→65.89 Å / Num. obs: 337626 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.49 % / B_iso Wilson estimate: 20.18 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6.83
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 7.56 % / R_merge(I) obs: 1.445 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 53784 / CC_1/2: 0.532 / R_rim(I) all: 1.548 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→65.89 Å / SU ML: 0.1779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.6097
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1735	3376	1 %
R_work	0.1468	334188	-
obs	0.1471	337564	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→65.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18834	0	616	2636	22086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	20104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1525	27200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0647	3000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	3544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4799	7537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2804	137	0.2791	13494	X-RAY DIFFRACTION	97.34
1.67-1.7	0.3204	139	0.2629	13801	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.7-1.73	0.2573	139	0.2469	13733	X-RAY DIFFRACTION	99.11
1.73-1.75	0.2637	139	0.2308	13798	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.75-1.78	0.2353	140	0.2232	13805	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.78-1.82	0.2487	139	0.2148	13766	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.82-1.85	0.2345	139	0.2032	13823	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.85-1.89	0.244	140	0.1971	13815	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.89-1.93	0.2297	139	0.1887	13825	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.93-1.98	0.1992	140	0.176	13869	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.98-2.03	0.2168	140	0.1607	13817	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.03-2.08	0.1927	141	0.147	13929	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.08-2.14	0.1727	140	0.1405	13853	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.14-2.21	0.1641	140	0.1369	13925	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.21-2.29	0.1777	141	0.1319	13942	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.29-2.38	0.1915	141	0.1292	13960	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.38-2.49	0.1741	141	0.1288	13961	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.49-2.62	0.1497	141	0.1239	13957	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.62-2.78	0.1527	142	0.1242	14038	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.78-3	0.154	142	0.1271	14044	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3-3.3	0.1749	142	0.1347	14067	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.3-3.78	0.1245	143	0.1268	14120	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.78-4.76	0.1412	144	0.1136	14250	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.76-65.89	0.1591	147	0.1615	14596	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.22619071516	-0.371801555205	-0.203860899543	0.726343500965	0.0517267256607	0.359635260163	0.0651468000572	0.133312093974	0.0194154780872	-0.0651782294104	-0.0321154345347	0.0691897206904	-0.0124120547181	-0.0816770085201	-0.0324929125758	0.165599254327	-0.00102661208508	0.00206448945368	0.178273559755	0.0149216851043	0.148735624975	3.02028797581	23.1650793282	38.4323124702
2	1.54134246012	-0.504043962897	-0.582519526842	1.16540899563	0.699753377379	1.44486704745	0.00328255239211	-0.0645542422671	0.144564363825	-0.016582676471	0.0697997533284	-0.0710553609864	-0.0839856485721	0.12646503005	-0.0795003767324	0.132652215806	-0.0127414791947	-0.0139365061844	0.172572655519	-0.00938157755938	0.165791297069	17.5169782405	20.8565569504	47.5543052107
3	0.800409417374	-0.383375923402	-0.343890381216	3.10620668102	0.336916598812	1.01865401389	-0.054194415858	-0.105305422143	-0.0310581118313	0.283056762291	-0.0136079572224	0.22861685511	0.0203986198823	-0.111548478406	0.0690308867287	0.1629297652	-0.00523046364848	0.0190106168135	0.182524001384	-0.0007191552913	0.130833963461	-7.47456359824	15.0204496407	60.8590998608
4	2.75964675733	0.0180388525303	0.632045219167	5.06590537935	0.569062907811	5.04504377708	-0.0135817750188	-0.162939901903	-0.285000395449	0.192157101938	-0.0185416328121	-0.0343991739376	0.205998223916	-0.0195148158334	0.0378663668235	0.167372591437	-0.0148987923054	0.026380270198	0.114445104441	0.0357960193812	0.177279542799	-3.72475184219	-0.828641230121	58.4727832037
5	3.73202879106	0.300796853411	0.375992832678	4.04000292858	-0.695454170622	3.71548416231	-0.0388200562074	0.189594886306	-0.271484019793	-0.0878660416644	0.00617092371487	0.41355402664	0.227671374378	-0.265586156469	0.0266699796311	0.112514107609	-0.0291753874408	0.00893504323092	0.150177580677	-0.0222825246713	0.200820395549	-14.4536997541	8.43462478166	48.2060625765
6	5.77042726893	1.97747427568	1.78623645804	2.18833607649	0.837235801048	1.75008385709	-0.0760640655879	-0.0888722288296	0.226383784734	-0.000941429293959	-0.00242041470752	0.0906324249554	-0.0646632446909	-0.035536638073	0.0975772985765	0.123168928007	0.0155361249891	0.0118901325208	0.0990599995484	0.0133570293355	0.122795887918	-3.35394029053	23.2549004736	51.9682794584
7	7.95305052766	-4.12851625516	5.35963522395	4.48271427758	-2.31776215076	6.27123720922	-0.148909634044	-0.461993407971	0.289605486817	0.248865207845	0.1234153995	0.00564439810109	-0.229636125405	-0.291048700285	0.0512358831352	0.161043822722	-0.0007620891539	0.0578094305195	0.175346301317	-0.0198313805578	0.164759759645	-7.22102393583	30.2697911053	59.84569518
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13	13	chain 'B' and (resid 288 through 308 )	B	L	288 - 308	302 - 322
14	14	chain 'B' and (resid 309 through 338 )	B	L	309 - 338	323 - 352
15	15	chain 'B' and (resid 339 through 358 )	B	L	339 - 358	353 - 372
16	16	chain 'B' and (resid 359 through 384 )	B	L	359 - 384	373 - 398
17	17	chain 'B' and (resid 385 through 411 )	B	L	385 - 411	399 - 425
18	18	chain 'B' and (resid 901 through 901 )	B	N	901	3
19	19	chain 'C' and (resid 0 through 113 )	C	V	0 - 113	1 - 120
20	20	chain 'C' and (resid 114 through 200 )	C	V	114 - 200	121 - 216
21	21	chain 'C' and (resid 201 through 273 )	C	V	201 - 273	217 - 295
22	22	chain 'C' and (resid 274 through 308 )	C	V	274 - 308	296 - 330
23	23	chain 'C' and (resid 309 through 358 )	C	V	309 - 358	331 - 380
24	24	chain 'C' and (resid 359 through 384 )	C	V	359 - 384	381 - 406
25	25	chain 'C' and (resid 385 through 411 )	C	V	385 - 411	407 - 436
26	26	chain 'C' and (resid 1101 through 1101 )	C	X	1101	3
27	27	chain 'D' and (resid 0 through 161 )	D	C	0 - 161	1 - 174
28	28	chain 'D' and (resid 162 through 411 )	D	D	162 - 411	175 - 427
29	29	chain 'E' and (resid 0 through 42 )	E	E	0 - 42	1 - 43
30	30	chain 'E' and (resid 43 through 113 )	E	E	43 - 113	44 - 114
31	31	chain 'E' and (resid 114 through 183 )	E	E	114 - 183	115 - 191
32	32	chain 'E' and (resid 184 through 273 )	E	E	184 - 273	194 - 292
33	33	chain 'E' and (resid 274 through 308 )	E	E	274 - 308	293 - 327
34	34	chain 'E' and (resid 309 through 358 )	E	E	309 - 358	328 - 380
35	35	chain 'E' and (resid 359 through 384 )	E	E	359 - 384	381 - 406
36	36	chain 'E' and (resid 385 through 411 )	E	E	385 - 411	407 - 436
37	37	chain 'E' and (resid 1001 through 1001 )	E	E	1001	4
38	38	chain 'F' and (resid 0 through 42 )	F	F	0 - 42	1 - 46
39	39	chain 'F' and (resid 43 through 113 )	F	F	43 - 113	47 - 117
40	40	chain 'F' and (resid 114 through 200 )	F	F	114 - 200	118 - 210
41	41	chain 'F' and (resid 201 through 249 )	F	F	201 - 249	211 - 265
42	42	chain 'F' and (resid 250 through 308 )	F	F	250 - 308	266 - 327
43	43	chain 'F' and (resid 309 through 358 )	F	F	309 - 358	328 - 377
44	44	chain 'F' and (resid 359 through 384 )	F	F	359 - 384	378 - 403
45	45	chain 'F' and (resid 385 through 411 )	F	F	385 - 411	404 - 430
46	46	chain 'I' and (resid 3303 through 3304 )	I	I	3303 - 3304	1 - 2
47	47	chain 'I' and (resid 3305 through 3305 )	I	I	3305	1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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