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- PDB-8s3c: Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8s3c | ||||||
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Title | Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase 2 (unliganded) | ||||||
![]() | Glutamate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / glutamic acid / NAD cofactor / nitrogen metabolism | ||||||
Function / homology | ![]() glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Legume-type glutamate dehydrogenase: Structure, activity, and inhibition studies. Authors: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Link, A. / Ruszkowski, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 579.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 403.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 53.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 70.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8s38C ![]() 8s39C ![]() 8s3aC ![]() 8s3bC ![]() 8s3dC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 44894.016 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 325 molecules 








#2: Chemical | ChemComp-PEG / |
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#3: Chemical | |
#4: Chemical | |
#5: Chemical | |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.12 M Ethylene glycols 0.1 M T Sodium HEPES; MOPS (acid) 7.5 20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→47.83 Å / Num. obs: 77892 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13.29 % / Biso Wilson estimate: 51.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 20.68 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.34 Å / Redundancy: 13.05 % / Rmerge(I) obs: 1.764 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 12395 / CC1/2: 0.665 / Rrim(I) all: 1.836 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→47.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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