PDB-8s3b: Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3b

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase 2 in complex with 3-(1H-Tetrazol-5-yl)benzoic acid and NAD

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutamic acid / NAD cofactor / nitrogen metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Legume-type glutamate dehydrogenase: Structure, activity, and inhibition studies.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Link, A. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3b.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8s3b_validation.pdf.gz	11 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s3b_full_validation.pdf.gz	11 MB	表示
XML形式データ	8s3b_validation.xml.gz	208.5 KB	表示
CIF形式データ	8s3b_validation.cif.gz	261.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8s38C 8s39C 8s3aC 8s3cC 8s3dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/KHDIXI / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/KHDIXI

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

G: Glutamate dehydrogenase

H: Glutamate dehydrogenase

I: Glutamate dehydrogenase

J: Glutamate dehydrogenase

K: Glutamate dehydrogenase

L: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

552 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

H: Glutamate dehydrogenase

I: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

G: Glutamate dehydrogenase

J: Glutamate dehydrogenase

K: Glutamate dehydrogenase

L: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.809, 109.861, 156.366
Angle α, β, γ (deg.)	78.998, 78.482, 72.219
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_9	ens_1	(chain "I" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_10	ens_1	(chain "J" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_11	ens_1	(chain "K" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_12	ens_1	(chain "L" and (resid 6 through 8 or resid 10...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
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d_2	17	ens_1	ALA	ALA	J	303
d_2	18	ens_1	PHE	ASP	J	305 - 319
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d_3	10	ens_1	VAL	PRO	T	231 - 244
d_3	11	ens_1	GLY	LEU	T	246 - 253
d_3	12	ens_1	HIS	LEU	T	255 - 262
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d_3	15	ens_1	ALA	ASN	T	298 - 299
d_3	16	ens_1	VAL	VAL	T	301
d_3	17	ens_1	ALA	ALA	T	303
d_3	18	ens_1	PHE	ASP	T	305 - 319
d_3	19	ens_1	ILE	SER	T	321 - 323
d_3	20	ens_1	LYS	GLU	T	325 - 358
d_3	21	ens_1	LYS	THR	T	360 - 370
d_3	22	ens_1	ALA	CYS	T	372 - 380
d_3	23	ens_1	THR	ALA	T	382 - 400
d_3	24	ens_1	ALA	ALA	T	402 - 410
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d_4	11	ens_1	GLY	LEU	D	248 - 255
d_4	12	ens_1	HIS	LEU	D	257 - 264
d_4	13	ens_1	ASP	HIS	D	266 - 281
d_4	14	ens_1	CYS	LYS	D	283 - 297
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d_7	22	ens_1	ALA	CYS	H	373 - 381
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d_7	25	ens_1	NAD	NAD	H
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d_8	2	ens_1	ASN	SER	I	9 - 14
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d_8	4	ens_1	VAL	ASP	I	74 - 77
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d_8	6	ens_1	LEU	PRO	I	85 - 108
d_8	7	ens_1	ASP	ASP	I	110 - 141
d_8	8	ens_1	GLY	ARG	I	143 - 180
d_8	9	ens_1	ALA	GLY	I	182 - 229
d_8	10	ens_1	VAL	PRO	I	231 - 244
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d_8	16	ens_1	VAL	VAL	I	301
d_8	17	ens_1	ALA	ALA	I	303
d_8	18	ens_1	PHE	ASP	I	305 - 319
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d_10	24	ens_1	ALA	ALA	L	401 - 409
d_10	25	ens_1	NAD	NAD	L
d_11	1	ens_1	ALA	ASN	N	3 - 5
d_11	2	ens_1	ASN	SER	N	7 - 12
d_11	3	ens_1	ILE	PRO	N	14 - 70
d_11	4	ens_1	VAL	ASP	N	72 - 75
d_11	5	ens_1	VAL	ALA	N	77 - 81
d_11	6	ens_1	LEU	PRO	N	83 - 106
d_11	7	ens_1	ASP	ASP	N	108 - 139
d_11	8	ens_1	GLY	ARG	N	141 - 178
d_11	9	ens_1	ALA	GLY	N	180 - 227
d_11	10	ens_1	VAL	PRO	N	229 - 242
d_11	11	ens_1	GLY	LEU	N	244 - 251
d_11	12	ens_1	HIS	LEU	N	253 - 260
d_11	13	ens_1	ASP	HIS	N	262 - 277
d_11	14	ens_1	CYS	LYS	N	279 - 293
d_11	15	ens_1	ALA	ASN	N	296 - 297
d_11	16	ens_1	VAL	VAL	N	299
d_11	17	ens_1	ALA	ALA	N	301
d_11	18	ens_1	PHE	ASP	N	303 - 317
d_11	19	ens_1	ILE	SER	N	319 - 321
d_11	20	ens_1	LYS	GLU	N	323 - 356
d_11	21	ens_1	LYS	THR	N	358 - 368
d_11	22	ens_1	ALA	CYS	N	370 - 378
d_11	23	ens_1	THR	ALA	N	380 - 398
d_11	24	ens_1	ALA	ALA	N	400 - 408
d_11	25	ens_1	NAD	NAD	N
d_12	1	ens_1	ALA	ASN	M	4 - 6
d_12	2	ens_1	ASN	SER	M	8 - 13
d_12	3	ens_1	ILE	PRO	M	15 - 71
d_12	4	ens_1	VAL	ASP	M	73 - 76
d_12	5	ens_1	VAL	ALA	M	78 - 82
d_12	6	ens_1	LEU	PRO	M	84 - 107
d_12	7	ens_1	ASP	ASP	M	109 - 140
d_12	8	ens_1	GLY	ARG	M	142 - 179
d_12	9	ens_1	ALA	GLY	M	181 - 228
d_12	10	ens_1	VAL	PRO	M	230 - 243
d_12	11	ens_1	GLY	LEU	M	245 - 252
d_12	12	ens_1	HIS	LEU	M	254 - 261
d_12	13	ens_1	ASP	HIS	M	263 - 278
d_12	14	ens_1	CYS	LYS	M	280 - 294
d_12	15	ens_1	ALA	ASN	M	297 - 298
d_12	16	ens_1	VAL	VAL	M	300
d_12	17	ens_1	ALA	ALA	M	302
d_12	18	ens_1	PHE	ASP	M	304 - 318
d_12	19	ens_1	ILE	SER	M	320 - 322
d_12	20	ens_1	LYS	GLU	M	324 - 357
d_12	21	ens_1	LYS	THR	M	359 - 369
d_12	22	ens_1	ALA	CYS	M	371 - 379
d_12	23	ens_1	THR	ALA	M	381 - 399
d_12	24	ens_1	ALA	ALA	M	401 - 409
d_12	25	ens_1	NAD	NAD	M

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.800089237914, 0.597480526509, -0.0536118626501), (0.597016481914, 0.801805747293, 0.026055017387), (0.0585536651025, -0.0111608266233, -0.998221871255)	124.187235097, -16.9349997109, 145.952796894
2	given	(0.433852609752, -0.46843858538, 0.769634461766), (-0.465557986257, -0.84789556234, -0.253631379754), (0.771380369496, -0.248270834152, -0.585947027013)	-8.00267549833, 156.611722962, 108.891779201
3	given	(-0.99996445992, 0.00791532977438, -0.00290283500498), (-0.00614080455869, -0.919729526705, -0.392504634656), (-0.00577662668651, -0.392472859267, 0.919745445937)	201.494864841, 128.999669552, 26.7074729336
4	given	(-0.428433269028, 0.113407229393, 0.896428320788), (0.465485781884, 0.878017384612, 0.111393263639), (-0.774446848308, 0.464999217893, -0.428961311198)	39.2241709123, -53.7450888776, 216.169071118
5	given	(-0.669119238105, -0.112732606036, -0.734554834396), (-0.0924145461723, -0.968132931674, 0.232762063628), (-0.737386599318, 0.223629126334, 0.637378237)	218.031963585, 107.820924464, 34.4646142928
6	given	(0.667021218176, 0.393659460317, -0.632546380755), (0.0985694391142, 0.79492044527, 0.598653114386), (0.73848951257, -0.461664071588, 0.491426011552)	49.5724261977, -29.8316838016, -67.9338046193
7	given	(-0.453989472257, 0.467189168425, -0.758701416887), (0.1463928867, 0.879049030828, 0.453698053912), (0.878898561726, 0.0949056494985, -0.467472176594)	210.237276669, -59.694158154, 69.6163592586
8	given	(0.428924642911, -0.126243225, -0.89447543222), (-0.134828892031, -0.988041951658, 0.0747948637095), (-0.893221596569, 0.0885197712668, -0.44081677545)	162.18486092, 93.0547292508, 246.205966646
9	given	(0.788525815612, -0.533623748906, -0.305733107002), (-0.610087292434, -0.741439922939, -0.279392799267), (-0.077592098333, 0.406832318377, -0.910201588111)	41.5344039763, 206.953461525, 131.745138663
10	given	(0.387224672995, 0.133448910329, 0.912276515622), (-0.126556546266, 0.987796943253, -0.0907779681287), (-0.913258174462, -0.0803030960332, 0.399388181531)	-82.4036009423, 61.0353797752, 92.1271029825
11	given	(-0.364639782142, -0.476803761776, 0.799809978705), (0.107177113623, -0.874732512287, -0.472605647727), (0.924959942697, -0.0866094954622, 0.370064723665)	33.2706123428, 161.863730765, -90.1829271519

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 44894.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: 11433210, MTR_5g013470, MtrunA17_Chr5g0399821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -GOLD / 参照: UniProt: G7JYL4

-
非ポリマー , 10種, 1287分子

#2: 化合物	ChemComp-A1H40 / 3-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)benzoic acid 分子量: 190.159 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 60mM Divalents (MgCl2, CaCl2) 0.1M Tris (base)/;Bicine pH 8.5 20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000, 10% etylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→75.86 Å / Num. obs: 230242 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 1.99 % / B_iso Wilson estimate: 33.63 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.93 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 11515 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.43 / % possible all: 62.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→65.69 Å / SU ML: 0.2755 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 21.4253
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	1151	0.5 %
R_work	0.1685	229013	-
obs	0.1686	230164	84.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→65.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38008	0	350	1208	39566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	39127
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	52994
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0617	5879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	6882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.1841	14534

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.369600332508
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.421230121326
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.463070540616
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.490592434333
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.390427016765
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.506317424266
ens_1	d_8	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.574101485672
ens_1	d_9	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.502662833801
ens_1	d_10	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.68628245394
ens_1	d_11	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.534758978147
ens_1	d_12	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.659431875802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.4	0.3169	57	0.2431	11167	X-RAY DIFFRACTION	32.8
2.4-2.53	0.2786	120	0.2365	24208	X-RAY DIFFRACTION	71.01
2.53-2.69	0.2519	157	0.2189	31051	X-RAY DIFFRACTION	91.01
2.69-2.89	0.2329	165	0.2018	32833	X-RAY DIFFRACTION	96.48
2.89-3.18	0.2251	165	0.1911	32825	X-RAY DIFFRACTION	96.37
3.18-3.65	0.2016	163	0.1679	32253	X-RAY DIFFRACTION	94.57
3.65-4.59	0.1322	159	0.1347	32021	X-RAY DIFFRACTION	93.95
4.59-65.69	0.1606	165	0.1449	32655	X-RAY DIFFRACTION	95.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.51420091196	-0.184616164222	0.403640452401	1.56725751126	0.0855503889685	0.800097781467	0.113988530052	0.249939154585	-0.0239780398265	-0.221855716728	-0.123654241003	-0.0243040800679	0.0844786165492	0.0450729614769	0.0108282835689	0.208838857032	-0.0105433298754	0.052616236893	0.203494200195	-0.028186099837	0.203026966789	102.864596057	37.4985860345	86.2881824643
2	1.30495525883	-0.740163836574	0.149483990628	2.3061768874	0.80516030334	1.56225717303	0.25733032544	0.295040998071	-0.405764094894	-0.555409329369	-0.285236064586	0.370413427957	0.126169170327	-0.035388874305	-0.0236498998095	0.442468673963	0.0296089858891	-0.0493515791921	0.254160391666	-0.142263982091	0.388871688206	98.8935862974	14.7029889999	76.6883427484
3	2.43985831627	-1.21702290305	-0.000600354088651	0.637036288136	-0.59189754314	4.56786303682	0.245962956899	0.146267520722	-0.5127122247	-0.477237713025	-0.103859093983	0.330538121051	-0.0914899815732	-0.0381573774985	-0.18404156638	0.241300718601	-0.0562440584613	-0.0434198184717	0.260983577679	-0.0793331258388	0.390546406966	81.5332692728	31.7150641426	84.2923867309
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25	1.46052174638	-0.710867876088	-0.393911059404	2.63394551127	0.51184992768	1.06142986289	0.0915137989301	0.375399869392	-0.556167219493	-0.407276147507	-0.40168029972	1.43546229275	0.249602394504	-0.68652941805	-0.01461704366	0.447732648039	-0.120362719323	-0.221626306161	0.704584499769	-0.231289585089	0.967607876375	28.0739592026	58.0756491725	33.1645953034
26	1.24377272284	0.0161742140716	-0.43188541785	1.29918936083	-0.529767544052	2.59987941791	-0.0129661015476	-0.0401889857598	0.134662094276	-0.181152207689	0.0149463447603	0.285128978941	-0.325517389795	-0.249632102411	-0.00518104734627	0.31054878947	0.0614533030447	-0.0434001606249	0.251720586609	-0.0536431751819	0.345968213192	48.3683132717	100.238258517	34.6141036107
27	2.23710337104	0.189265523457	0.905778876959	2.44865329575	0.761645009913	1.8709374708	-0.273053827485	-0.174668598787	1.03952426555	-0.655577784195	-0.23197873339	0.75024762041	-1.00232728105	-0.485665497066	0.040590886851	0.858384523673	0.19332539811	-0.236746008198	0.409467508995	-0.0991272700044	0.881891282212	51.3404444408	122.09766855	25.4752473631

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 161 )	A	A	2 - 161	1 - 161
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 384 )	A	A	162 - 384	162 - 384
3	3	chain 'A' and (resid 385 through 411 )	A	A	385 - 411	385 - 411
4	4	chain 'B' and (resid 2 through 161 )	B	J	2 - 161	1 - 160
5	5	chain 'B' and (resid 162 through 411 )	B	J	162 - 411	161 - 410
6	6	chain 'C' and (resid 2 through 183 )	C	T	2 - 183	1 - 182
7	7	chain 'C' and (resid 184 through 411 )	C	T	184 - 411	183 - 410
8	8	chain 'D' and (resid 0 through 42 )	D	AB	0 - 42	1 - 43
9	9	chain 'D' and (resid 43 through 183 )	D	AB	43 - 183	44 - 184
10	10	chain 'D' and (resid 184 through 338 )	D	AB	184 - 338	185 - 339
11	11	chain 'D' and (resid 339 through 411 )	D	AB	339 - 411	340 - 412
12	12	chain 'E' and (resid 3 through 161 )	E	F	3 - 161	1 - 159
13	13	chain 'E' and (resid 162 through 411 )	E	F	162 - 411	160 - 409
14	14	chain 'F' and (resid 2 through 161 )	F	G	2 - 161	1 - 160
15	15	chain 'F' and (resid 162 through 411 )	F	G	162 - 411	161 - 410
16	16	chain 'G' and (resid 2 through 183 )	G	H	2 - 183	1 - 183
17	17	chain 'G' and (resid 184 through 411 )	G	H	184 - 411	184 - 411
18	18	chain 'H' and (resid 2 through 161 )	H	I	2 - 161	1 - 160
19	19	chain 'H' and (resid 162 through 411 )	H	I	162 - 411	161 - 411
20	20	chain 'I' and (resid 3 through 183 )	I	K	3 - 183	1 - 181
21	21	chain 'I' and (resid 184 through 411 )	I	K	184 - 411	182 - 409
22	22	chain 'J' and (resid 3 through 183 )	J	L	3 - 183	1 - 181
23	23	chain 'J' and (resid 184 through 411 )	J	L	184 - 411	182 - 409
24	24	chain 'K' and (resid 4 through 161 )	K	N	4 - 161	1 - 158
25	25	chain 'K' and (resid 162 through 411 )	K	N	162 - 411	159 - 408
26	26	chain 'L' and (resid 3 through 183 )	L	M	3 - 183	1 - 181
27	27	chain 'L' and (resid 184 through 411 )	L	M	184 - 411	182 - 409

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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