PDB-8s3b: Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3b

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase 2 in complex with 3-(1H-Tetrazol-5-yl)benzoic acid and NAD

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutamic acid / NAD cofactor / nitrogen metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Legume-type glutamate dehydrogenase: Structure, activity, and inhibition studies.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Link, A. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3b.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s38C 8s39C 8s3aC 8s3cC 8s3dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/KHDIXI / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/KHDIXI

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

G: Glutamate dehydrogenase

H: Glutamate dehydrogenase

I: Glutamate dehydrogenase

J: Glutamate dehydrogenase

K: Glutamate dehydrogenase

L: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

552 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

H: Glutamate dehydrogenase

I: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

G: Glutamate dehydrogenase

J: Glutamate dehydrogenase

K: Glutamate dehydrogenase

L: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.809, 109.861, 156.366
Angle α, β, γ (deg.)	78.998, 78.482, 72.219
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_9	ens_1	(chain "I" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_10	ens_1	(chain "J" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_11	ens_1	(chain "K" and (resid 6 through 8 or resid 10...
d_12	ens_1	(chain "L" and (resid 6 through 8 or resid 10...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ALA	ASN	A	5 - 7
d_1	2	ens_1	ASN	SER	A	9 - 14
d_1	3	ens_1	ILE	PRO	A	16 - 72
d_1	4	ens_1	VAL	ASP	A	74 - 77
d_1	5	ens_1	VAL	ALA	A	79 - 83
d_1	6	ens_1	LEU	PRO	A	86 - 109
d_1	7	ens_1	ASP	ASP	A	111 - 142
d_1	8	ens_1	GLY	ARG	A	144 - 181
d_1	9	ens_1	ALA	GLY	A	183 - 230
d_1	10	ens_1	VAL	PRO	A	232 - 245
d_1	11	ens_1	GLY	LEU	A	247 - 254
d_1	12	ens_1	HIS	LEU	A	256 - 263
d_1	13	ens_1	ASP	HIS	A	265 - 280
d_1	14	ens_1	CYS	LYS	A	282 - 296
d_1	15	ens_1	ALA	ASN	A	299 - 300
d_1	16	ens_1	VAL	VAL	A	302
d_1	17	ens_1	ALA	ALA	A	304
d_1	18	ens_1	PHE	ASP	A	306 - 320
d_1	19	ens_1	ILE	SER	A	322 - 324
d_1	20	ens_1	LYS	GLU	A	326 - 359
d_1	21	ens_1	LYS	THR	A	361 - 371
d_1	22	ens_1	ALA	CYS	A	373 - 381
d_1	23	ens_1	THR	ALA	A	383 - 401
d_1	24	ens_1	ALA	ALA	A	403 - 411
d_1	25	ens_1	NAD	NAD	B
d_2	1	ens_1	ALA	ASN	J	5 - 7
d_2	2	ens_1	ASN	SER	J	9 - 14
d_2	3	ens_1	ILE	PRO	J	16 - 72
d_2	4	ens_1	VAL	ASP	J	74 - 77
d_2	5	ens_1	VAL	ALA	J	79 - 83
d_2	6	ens_1	LEU	PRO	J	85 - 108
d_2	7	ens_1	ASP	ASP	J	110 - 141
d_2	8	ens_1	GLY	ARG	J	143 - 180
d_2	9	ens_1	ALA	GLY	J	182 - 229
d_2	10	ens_1	VAL	PRO	J	231 - 244
d_2	11	ens_1	GLY	LEU	J	246 - 253
d_2	12	ens_1	HIS	LEU	J	255 - 262
d_2	13	ens_1	ASP	HIS	J	264 - 279
d_2	14	ens_1	CYS	LYS	J	281 - 295
d_2	15	ens_1	ALA	ASN	J	298 - 299
d_2	16	ens_1	VAL	VAL	J	301
d_2	17	ens_1	ALA	ALA	J	303
d_2	18	ens_1	PHE	ASP	J	305 - 319
d_2	19	ens_1	ILE	SER	J	321 - 323
d_2	20	ens_1	LYS	GLU	J	325 - 358
d_2	21	ens_1	LYS	THR	J	360 - 370
d_2	22	ens_1	ALA	CYS	J	372 - 380
d_2	23	ens_1	THR	ALA	J	382 - 400
d_2	24	ens_1	ALA	ALA	J	402 - 410
d_2	25	ens_1	NAD	NAD	K
d_3	1	ens_1	ALA	ASN	T	5 - 7
d_3	2	ens_1	ASN	SER	T	9 - 14
d_3	3	ens_1	ILE	PRO	T	16 - 72
d_3	4	ens_1	VAL	ASP	T	74 - 77
d_3	5	ens_1	VAL	ALA	T	79 - 83
d_3	6	ens_1	LEU	PRO	T	85 - 108
d_3	7	ens_1	ASP	ASP	T	110 - 141
d_3	8	ens_1	GLY	ARG	T	143 - 180
d_3	9	ens_1	ALA	GLY	T	182 - 229
d_3	10	ens_1	VAL	PRO	T	231 - 244
d_3	11	ens_1	GLY	LEU	T	246 - 253
d_3	12	ens_1	HIS	LEU	T	255 - 262
d_3	13	ens_1	ASP	HIS	T	264 - 279
d_3	14	ens_1	CYS	LYS	T	281 - 295
d_3	15	ens_1	ALA	ASN	T	298 - 299
d_3	16	ens_1	VAL	VAL	T	301
d_3	17	ens_1	ALA	ALA	T	303
d_3	18	ens_1	PHE	ASP	T	305 - 319
d_3	19	ens_1	ILE	SER	T	321 - 323
d_3	20	ens_1	LYS	GLU	T	325 - 358
d_3	21	ens_1	LYS	THR	T	360 - 370
d_3	22	ens_1	ALA	CYS	T	372 - 380
d_3	23	ens_1	THR	ALA	T	382 - 400
d_3	24	ens_1	ALA	ALA	T	402 - 410
d_3	25	ens_1	NAD	NAD	U
d_4	1	ens_1	ALA	ASN	D	7 - 9
d_4	2	ens_1	ASN	SER	D	11 - 16
d_4	3	ens_1	ILE	PRO	D	18 - 74
d_4	4	ens_1	VAL	ASP	D	76 - 79
d_4	5	ens_1	VAL	ALA	D	81 - 85
d_4	6	ens_1	LEU	PRO	D	87 - 110
d_4	7	ens_1	ASP	ASP	D	112 - 143
d_4	8	ens_1	GLY	ARG	D	145 - 182
d_4	9	ens_1	ALA	GLY	D	184 - 231
d_4	10	ens_1	VAL	PRO	D	233 - 246
d_4	11	ens_1	GLY	LEU	D	248 - 255
d_4	12	ens_1	HIS	LEU	D	257 - 264
d_4	13	ens_1	ASP	HIS	D	266 - 281
d_4	14	ens_1	CYS	LYS	D	283 - 297
d_4	15	ens_1	ALA	ASN	D	300 - 301
d_4	16	ens_1	VAL	VAL	D	303
d_4	17	ens_1	ALA	ALA	D	305
d_4	18	ens_1	PHE	ASP	D	307 - 321
d_4	19	ens_1	ILE	SER	D	323 - 325
d_4	20	ens_1	LYS	GLU	D	327 - 360
d_4	21	ens_1	LYS	THR	D	362 - 372
d_4	22	ens_1	ALA	CYS	D	374 - 382
d_4	23	ens_1	THR	ALA	D	384 - 402
d_4	24	ens_1	ALA	ALA	D	404 - 412
d_4	25	ens_1	NAD	NAD	E
d_5	1	ens_1	ALA	ASN	F	4 - 6
d_5	2	ens_1	ASN	SER	F	8 - 13
d_5	3	ens_1	ILE	PRO	F	15 - 71
d_5	4	ens_1	VAL	ASP	F	73 - 76
d_5	5	ens_1	VAL	ALA	F	78 - 82
d_5	6	ens_1	LEU	PRO	F	84 - 107
d_5	7	ens_1	ASP	ASP	F	109 - 140
d_5	8	ens_1	GLY	ARG	F	142 - 179
d_5	9	ens_1	ALA	GLY	F	181 - 228
d_5	10	ens_1	VAL	PRO	F	230 - 243
d_5	11	ens_1	GLY	LEU	F	245 - 252
d_5	12	ens_1	HIS	LEU	F	254 - 261
d_5	13	ens_1	ASP	HIS	F	263 - 278
d_5	14	ens_1	CYS	LYS	F	280 - 294
d_5	15	ens_1	ALA	ASN	F	297 - 298
d_5	16	ens_1	VAL	VAL	F	300
d_5	17	ens_1	ALA	ALA	F	302
d_5	18	ens_1	PHE	ASP	F	304 - 318
d_5	19	ens_1	ILE	SER	F	320 - 322
d_5	20	ens_1	LYS	GLU	F	324 - 357
d_5	21	ens_1	LYS	THR	F	359 - 369
d_5	22	ens_1	ALA	CYS	F	371 - 379
d_5	23	ens_1	THR	ALA	F	381 - 399
d_5	24	ens_1	ALA	ALA	F	401 - 409
d_5	25	ens_1	NAD	NAD	F
d_6	1	ens_1	ALA	ASN	G	5 - 7
d_6	2	ens_1	ASN	SER	G	9 - 14
d_6	3	ens_1	ILE	PRO	G	16 - 72
d_6	4	ens_1	VAL	ASP	G	74 - 77
d_6	5	ens_1	VAL	ALA	G	79 - 83
d_6	6	ens_1	LEU	PRO	G	85 - 108
d_6	7	ens_1	ASP	ASP	G	110 - 141
d_6	8	ens_1	GLY	ARG	G	143 - 180
d_6	9	ens_1	ALA	GLY	G	182 - 229
d_6	10	ens_1	VAL	PRO	G	231 - 244
d_6	11	ens_1	GLY	LEU	G	246 - 253
d_6	12	ens_1	HIS	LEU	G	255 - 262
d_6	13	ens_1	ASP	HIS	G	264 - 279
d_6	14	ens_1	CYS	LYS	G	281 - 295
d_6	15	ens_1	ALA	ASN	G	298 - 299
d_6	16	ens_1	VAL	VAL	G	301
d_6	17	ens_1	ALA	ALA	G	303
d_6	18	ens_1	PHE	ASP	G	305 - 319
d_6	19	ens_1	ILE	SER	G	321 - 323
d_6	20	ens_1	LYS	GLU	G	325 - 358
d_6	21	ens_1	LYS	THR	G	360 - 370
d_6	22	ens_1	ALA	CYS	G	372 - 380
d_6	23	ens_1	THR	ALA	G	382 - 400
d_6	24	ens_1	ALA	ALA	G	402 - 410
d_6	25	ens_1	NAD	NAD	G
d_7	1	ens_1	ALA	ASN	H	5 - 7
d_7	2	ens_1	ASN	SER	H	9 - 14
d_7	3	ens_1	ILE	PRO	H	16 - 72
d_7	4	ens_1	VAL	ASP	H	74 - 77
d_7	5	ens_1	VAL	ALA	H	79 - 83
d_7	6	ens_1	LEU	PRO	H	86 - 109
d_7	7	ens_1	ASP	ASP	H	111 - 142
d_7	8	ens_1	GLY	ARG	H	144 - 181
d_7	9	ens_1	ALA	GLY	H	183 - 230
d_7	10	ens_1	VAL	PRO	H	232 - 245
d_7	11	ens_1	GLY	LEU	H	247 - 254
d_7	12	ens_1	HIS	LEU	H	256 - 263
d_7	13	ens_1	ASP	HIS	H	265 - 280
d_7	14	ens_1	CYS	LYS	H	282 - 296
d_7	15	ens_1	ALA	ASN	H	299 - 300
d_7	16	ens_1	VAL	VAL	H	302
d_7	17	ens_1	ALA	ALA	H	304
d_7	18	ens_1	PHE	ASP	H	306 - 320
d_7	19	ens_1	ILE	SER	H	322 - 324
d_7	20	ens_1	LYS	GLU	H	326 - 359
d_7	21	ens_1	LYS	THR	H	361 - 371
d_7	22	ens_1	ALA	CYS	H	373 - 381
d_7	23	ens_1	THR	ALA	H	383 - 401
d_7	24	ens_1	ALA	ALA	H	403 - 411
d_7	25	ens_1	NAD	NAD	H
d_8	1	ens_1	ALA	ASN	I	5 - 7
d_8	2	ens_1	ASN	SER	I	9 - 14
d_8	3	ens_1	ILE	PRO	I	16 - 72
d_8	4	ens_1	VAL	ASP	I	74 - 77
d_8	5	ens_1	VAL	ALA	I	79 - 83
d_8	6	ens_1	LEU	PRO	I	85 - 108
d_8	7	ens_1	ASP	ASP	I	110 - 141
d_8	8	ens_1	GLY	ARG	I	143 - 180
d_8	9	ens_1	ALA	GLY	I	182 - 229
d_8	10	ens_1	VAL	PRO	I	231 - 244
d_8	11	ens_1	GLY	LEU	I	246 - 253
d_8	12	ens_1	HIS	LEU	I	255 - 262
d_8	13	ens_1	ASP	HIS	I	264 - 279
d_8	14	ens_1	CYS	LYS	I	281 - 295
d_8	15	ens_1	ALA	ASN	I	298 - 299
d_8	16	ens_1	VAL	VAL	I	301
d_8	17	ens_1	ALA	ALA	I	303
d_8	18	ens_1	PHE	ASP	I	305 - 319
d_8	19	ens_1	ILE	SER	I	321 - 323
d_8	20	ens_1	LYS	GLU	I	325 - 358
d_8	21	ens_1	LYS	THR	I	360 - 370
d_8	22	ens_1	ALA	CYS	I	372 - 380
d_8	23	ens_1	THR	ALA	I	382 - 400
d_8	24	ens_1	ALA	ALA	I	403 - 411
d_8	25	ens_1	NAD	NAD	I
d_9	1	ens_1	ALA	ASN	K	4 - 6
d_9	2	ens_1	ASN	SER	K	8 - 13
d_9	3	ens_1	ILE	PRO	K	15 - 71
d_9	4	ens_1	VAL	ASP	K	73 - 76
d_9	5	ens_1	VAL	ALA	K	78 - 82
d_9	6	ens_1	LEU	PRO	K	84 - 107
d_9	7	ens_1	ASP	ASP	K	109 - 140
d_9	8	ens_1	GLY	ARG	K	142 - 179
d_9	9	ens_1	ALA	GLY	K	181 - 228
d_9	10	ens_1	VAL	PRO	K	230 - 243
d_9	11	ens_1	GLY	LEU	K	245 - 252
d_9	12	ens_1	HIS	LEU	K	254 - 261
d_9	13	ens_1	ASP	HIS	K	263 - 278
d_9	14	ens_1	CYS	LYS	K	280 - 294
d_9	15	ens_1	ALA	ASN	K	297 - 298
d_9	16	ens_1	VAL	VAL	K	300
d_9	17	ens_1	ALA	ALA	K	302
d_9	18	ens_1	PHE	ASP	K	304 - 318
d_9	19	ens_1	ILE	SER	K	320 - 322
d_9	20	ens_1	LYS	GLU	K	324 - 357
d_9	21	ens_1	LYS	THR	K	359 - 369
d_9	22	ens_1	ALA	CYS	K	371 - 379
d_9	23	ens_1	THR	ALA	K	381 - 399
d_9	24	ens_1	ALA	ALA	K	401 - 409
d_9	25	ens_1	NAD	NAD	K
d_10	1	ens_1	ALA	ASN	L	4 - 6
d_10	2	ens_1	ASN	SER	L	8 - 13
d_10	3	ens_1	ILE	PRO	L	15 - 71
d_10	4	ens_1	VAL	ASP	L	73 - 76
d_10	5	ens_1	VAL	ALA	L	78 - 82
d_10	6	ens_1	LEU	PRO	L	84 - 107
d_10	7	ens_1	ASP	ASP	L	109 - 140
d_10	8	ens_1	GLY	ARG	L	142 - 179
d_10	9	ens_1	ALA	GLY	L	181 - 228
d_10	10	ens_1	VAL	PRO	L	230 - 243
d_10	11	ens_1	GLY	LEU	L	245 - 252
d_10	12	ens_1	HIS	LEU	L	254 - 261
d_10	13	ens_1	ASP	HIS	L	263 - 278
d_10	14	ens_1	CYS	LYS	L	280 - 294
d_10	15	ens_1	ALA	ASN	L	297 - 298
d_10	16	ens_1	VAL	VAL	L	300
d_10	17	ens_1	ALA	ALA	L	302
d_10	18	ens_1	PHE	ASP	L	304 - 318
d_10	19	ens_1	ILE	SER	L	320 - 322
d_10	20	ens_1	LYS	GLU	L	324 - 357
d_10	21	ens_1	LYS	THR	L	359 - 369
d_10	22	ens_1	ALA	CYS	L	371 - 379
d_10	23	ens_1	THR	ALA	L	381 - 399
d_10	24	ens_1	ALA	ALA	L	401 - 409
d_10	25	ens_1	NAD	NAD	L
d_11	1	ens_1	ALA	ASN	N	3 - 5
d_11	2	ens_1	ASN	SER	N	7 - 12
d_11	3	ens_1	ILE	PRO	N	14 - 70
d_11	4	ens_1	VAL	ASP	N	72 - 75
d_11	5	ens_1	VAL	ALA	N	77 - 81
d_11	6	ens_1	LEU	PRO	N	83 - 106
d_11	7	ens_1	ASP	ASP	N	108 - 139
d_11	8	ens_1	GLY	ARG	N	141 - 178
d_11	9	ens_1	ALA	GLY	N	180 - 227
d_11	10	ens_1	VAL	PRO	N	229 - 242
d_11	11	ens_1	GLY	LEU	N	244 - 251
d_11	12	ens_1	HIS	LEU	N	253 - 260
d_11	13	ens_1	ASP	HIS	N	262 - 277
d_11	14	ens_1	CYS	LYS	N	279 - 293
d_11	15	ens_1	ALA	ASN	N	296 - 297
d_11	16	ens_1	VAL	VAL	N	299
d_11	17	ens_1	ALA	ALA	N	301
d_11	18	ens_1	PHE	ASP	N	303 - 317
d_11	19	ens_1	ILE	SER	N	319 - 321
d_11	20	ens_1	LYS	GLU	N	323 - 356
d_11	21	ens_1	LYS	THR	N	358 - 368
d_11	22	ens_1	ALA	CYS	N	370 - 378
d_11	23	ens_1	THR	ALA	N	380 - 398
d_11	24	ens_1	ALA	ALA	N	400 - 408
d_11	25	ens_1	NAD	NAD	N
d_12	1	ens_1	ALA	ASN	M	4 - 6
d_12	2	ens_1	ASN	SER	M	8 - 13
d_12	3	ens_1	ILE	PRO	M	15 - 71
d_12	4	ens_1	VAL	ASP	M	73 - 76
d_12	5	ens_1	VAL	ALA	M	78 - 82
d_12	6	ens_1	LEU	PRO	M	84 - 107
d_12	7	ens_1	ASP	ASP	M	109 - 140
d_12	8	ens_1	GLY	ARG	M	142 - 179
d_12	9	ens_1	ALA	GLY	M	181 - 228
d_12	10	ens_1	VAL	PRO	M	230 - 243
d_12	11	ens_1	GLY	LEU	M	245 - 252
d_12	12	ens_1	HIS	LEU	M	254 - 261
d_12	13	ens_1	ASP	HIS	M	263 - 278
d_12	14	ens_1	CYS	LYS	M	280 - 294
d_12	15	ens_1	ALA	ASN	M	297 - 298
d_12	16	ens_1	VAL	VAL	M	300
d_12	17	ens_1	ALA	ALA	M	302
d_12	18	ens_1	PHE	ASP	M	304 - 318
d_12	19	ens_1	ILE	SER	M	320 - 322
d_12	20	ens_1	LYS	GLU	M	324 - 357
d_12	21	ens_1	LYS	THR	M	359 - 369
d_12	22	ens_1	ALA	CYS	M	371 - 379
d_12	23	ens_1	THR	ALA	M	381 - 399
d_12	24	ens_1	ALA	ALA	M	401 - 409
d_12	25	ens_1	NAD	NAD	M

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.800089237914, 0.597480526509, -0.0536118626501), (0.597016481914, 0.801805747293, 0.026055017387), (0.0585536651025, -0.0111608266233, -0.998221871255)	124.187235097, -16.9349997109, 145.952796894
2	given	(0.433852609752, -0.46843858538, 0.769634461766), (-0.465557986257, -0.84789556234, -0.253631379754), (0.771380369496, -0.248270834152, -0.585947027013)	-8.00267549833, 156.611722962, 108.891779201
3	given	(-0.99996445992, 0.00791532977438, -0.00290283500498), (-0.00614080455869, -0.919729526705, -0.392504634656), (-0.00577662668651, -0.392472859267, 0.919745445937)	201.494864841, 128.999669552, 26.7074729336
4	given	(-0.428433269028, 0.113407229393, 0.896428320788), (0.465485781884, 0.878017384612, 0.111393263639), (-0.774446848308, 0.464999217893, -0.428961311198)	39.2241709123, -53.7450888776, 216.169071118
5	given	(-0.669119238105, -0.112732606036, -0.734554834396), (-0.0924145461723, -0.968132931674, 0.232762063628), (-0.737386599318, 0.223629126334, 0.637378237)	218.031963585, 107.820924464, 34.4646142928
6	given	(0.667021218176, 0.393659460317, -0.632546380755), (0.0985694391142, 0.79492044527, 0.598653114386), (0.73848951257, -0.461664071588, 0.491426011552)	49.5724261977, -29.8316838016, -67.9338046193
7	given	(-0.453989472257, 0.467189168425, -0.758701416887), (0.1463928867, 0.879049030828, 0.453698053912), (0.878898561726, 0.0949056494985, -0.467472176594)	210.237276669, -59.694158154, 69.6163592586
8	given	(0.428924642911, -0.126243225, -0.89447543222), (-0.134828892031, -0.988041951658, 0.0747948637095), (-0.893221596569, 0.0885197712668, -0.44081677545)	162.18486092, 93.0547292508, 246.205966646
9	given	(0.788525815612, -0.533623748906, -0.305733107002), (-0.610087292434, -0.741439922939, -0.279392799267), (-0.077592098333, 0.406832318377, -0.910201588111)	41.5344039763, 206.953461525, 131.745138663
10	given	(0.387224672995, 0.133448910329, 0.912276515622), (-0.126556546266, 0.987796943253, -0.0907779681287), (-0.913258174462, -0.0803030960332, 0.399388181531)	-82.4036009423, 61.0353797752, 92.1271029825
11	given	(-0.364639782142, -0.476803761776, 0.799809978705), (0.107177113623, -0.874732512287, -0.472605647727), (0.924959942697, -0.0866094954622, 0.370064723665)	33.2706123428, 161.863730765, -90.1829271519

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 44894.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: 11433210, MTR_5g013470, MtrunA17_Chr5g0399821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -GOLD / 参照: UniProt: G7JYL4

-
非ポリマー , 10種, 1287分子

#2: 化合物	ChemComp-A1H40 / 3-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)benzoic acid 分子量: 190.159 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 60mM Divalents (MgCl2, CaCl2) 0.1M Tris (base)/;Bicine pH 8.5 20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000, 10% etylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→75.86 Å / Num. obs: 230242 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 1.99 % / B_iso Wilson estimate: 33.63 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.93 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 11515 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.43 / % possible all: 62.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→65.69 Å / SU ML: 0.2755 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 21.4253
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	1151	0.5 %
R_work	0.1685	229013	-
obs	0.1686	230164	84.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→65.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38008	0	350	1208	39566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	39127
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	52994
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0617	5879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	6882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.1841	14534

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.369600332508
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.421230121326
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.463070540616
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.490592434333
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.390427016765
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.506317424266
ens_1	d_8	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.574101485672
ens_1	d_9	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.502662833801
ens_1	d_10	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.68628245394
ens_1	d_11	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.534758978147
ens_1	d_12	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.659431875802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.4	0.3169	57	0.2431	11167	X-RAY DIFFRACTION	32.8
2.4-2.53	0.2786	120	0.2365	24208	X-RAY DIFFRACTION	71.01
2.53-2.69	0.2519	157	0.2189	31051	X-RAY DIFFRACTION	91.01
2.69-2.89	0.2329	165	0.2018	32833	X-RAY DIFFRACTION	96.48
2.89-3.18	0.2251	165	0.1911	32825	X-RAY DIFFRACTION	96.37
3.18-3.65	0.2016	163	0.1679	32253	X-RAY DIFFRACTION	94.57
3.65-4.59	0.1322	159	0.1347	32021	X-RAY DIFFRACTION	93.95
4.59-65.69	0.1606	165	0.1449	32655	X-RAY DIFFRACTION	95.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.51420091196	-0.184616164222	0.403640452401	1.56725751126	0.0855503889685	0.800097781467	0.113988530052	0.249939154585	-0.0239780398265	-0.221855716728	-0.123654241003	-0.0243040800679	0.0844786165492	0.0450729614769	0.0108282835689	0.208838857032	-0.0105433298754	0.052616236893	0.203494200195	-0.028186099837	0.203026966789	102.864596057	37.4985860345	86.2881824643
2	1.30495525883	-0.740163836574	0.149483990628	2.3061768874	0.80516030334	1.56225717303	0.25733032544	0.295040998071	-0.405764094894	-0.555409329369	-0.285236064586	0.370413427957	0.126169170327	-0.035388874305	-0.0236498998095	0.442468673963	0.0296089858891	-0.0493515791921	0.254160391666	-0.142263982091	0.388871688206	98.8935862974	14.7029889999	76.6883427484
3	2.43985831627	-1.21702290305	-0.000600354088651	0.637036288136	-0.59189754314	4.56786303682	0.245962956899	0.146267520722	-0.5127122247	-0.477237713025	-0.103859093983	0.330538121051	-0.0914899815732	-0.0381573774985	-0.18404156638	0.241300718601	-0.0562440584613	-0.0434198184717	0.260983577679	-0.0793331258388	0.390546406966	81.5332692728	31.7150641426	84.2923867309
4	1.51629522542	-0.755032318161	0.386584460105	1.99650049597	-0.413709905416	0.928249886289	-0.0638075524378	-0.198925400275	0.0933008562153	0.269440083358	0.00434379758732	0.0566094985213	-0.180558548197	-0.0890598066943	0.0578560653328	0.251119934997	-0.0473643930453	0.0623963101602	0.336127108912	-0.0397021091015	0.186253712267	59.7101692072	76.7637745814	65.3746138005
5	1.36389762771	0.254919645012	-0.124214307532	0.796857937727	-0.402563410104	1.31911489707	-0.00610488198871	-0.0458335599206	-0.130849175992	0.00604439116365	0.0401286264243	0.0826640161995	0.1022971752	-0.00841894198566	-0.0300523246624	0.168389142782	-0.0254225542637	0.0441896203998	0.194991304581	-0.0137384173539	0.221043623003	52.3472046251	56.3422149503	74.0329964762
6	1.26992682521	-0.254908617279	0.38252666816	1.48336265733	-0.200973666651	1.10207885638	-0.0351268136194	-0.290802782373	0.0334735826355	0.242133206254	0.0217942358246	0.0796470426798	-0.0957767807661	-0.171528746334	0.000527667490266	0.328795059663	-0.0336045359391	0.0565374128955	0.291234090835	-0.0375744413666	0.162304117396	87.2489805917	55.7876349686	128.580550887
7	0.445168368	0.0754653367111	0.0931168375062	1.27246463865	1.10924611955	2.14016161677	-0.0576049006968	-0.108025952979	0.114706930566	0.121274141025	-0.0815581857564	0.125790994931	-0.32088677972	-0.243371252868	0.127582130025	0.445280407619	0.0349503475156	0.0111132795285	0.24964641915	-0.0425708565405	0.256601277478	84.6023848557	79.0404183874	134.421961243
8	4.12061787184	2.44026425981	-0.430661536316	2.37373787424	0.0990973580334	0.841971085611	-0.0192428333831	0.281079579818	0.368373065975	-0.300379954921	0.0960722956631	-0.0837810688289	-0.195396640207	0.136518377692	-0.0712195824922	0.249113217137	-0.0271581972526	0.0669269226998	0.265917306277	0.0449724121832	0.291842378898	109.975756868	60.4846656378	83.7698325609
9	2.69836320578	0.588566411058	0.443920042845	1.38180773996	-0.0175285462738	1.17431466423	0.00111563561103	0.0948939419839	0.086864715015	-0.0636744425096	-0.0130024243896	-0.0332775479154	-0.0746575948858	0.019376650367	0.0064860596098	0.157256573219	0.00857625948355	0.0177223942176	0.152904662689	0.00252605470788	0.162864565296	94.4666529102	61.1546900497	94.8130174185
10	2.35670557304	-0.28491193194	1.06971370156	3.49107056312	-0.312052429122	3.50691287414	-0.00482878169265	0.294910739373	0.671762869553	-0.565653146602	-0.099278412993	-0.0869741927995	-0.66237192156	-0.24636473467	0.0613716194846	0.564231502827	0.0692598573042	0.020986492136	0.286559965666	0.0897955642912	0.483397128518	101.702787065	89.7758897534	84.8742865331
11	1.08411313771	-0.940188697924	-0.116774748567	1.72594150437	0.0538847795916	1.43621855487	0.100795445652	-0.0507575200432	0.367234461153	-0.0383851537305	-0.0812723406792	-0.40741973333	-0.362937507076	0.162679258232	-0.0209363344712	0.230933895585	-0.0727776818427	0.00414980418043	0.200054757756	-0.0108199233849	0.324601111173	112.317688038	72.81421315	98.8417820682
12	0.901316652685	-0.296901419402	0.326698335621	2.03434808078	-0.568807829795	2.30469439165	-0.0036574437971	-0.184880373609	-0.135404341057	0.311447481733	0.0257250424799	0.270451377642	0.0953319604045	-0.369450613828	-0.0805283990557	0.240052966617	-0.0906330763654	0.0738382815782	0.293863543427	-0.00307360498425	0.240800074416	76.9404089938	36.7844327509	116.889218436
13	1.74331382431	0.54054987205	0.0677900968063	2.28028012635	1.09859337724	2.64371895078	0.11091243491	-0.107282631114	-0.398809660451	0.363213059518	-0.341664304912	0.605526148734	0.732768518494	-1.04897228828	-0.0466454556072	0.405749753106	-0.285902471006	0.144303305488	0.617079427017	-0.0164027950963	0.546577488588	69.0192769409	14.5605150116	115.50226722
14	1.94239461214	0.149386693949	0.628579058624	1.43533046986	-0.158492097457	1.13690792525	-0.00147162357395	0.136945613247	-0.0881087159818	-0.304637038996	-0.134010425059	-0.217860318979	0.033733300862	0.322787192329	0.118620561134	0.406466307488	0.00842417374721	0.0983516690009	0.316617667319	0.0576080342831	0.200555567071	81.5103485313	82.0918334827	22.0322394126
15	0.62955922598	0.0917144399564	-0.411840521898	1.64817382038	-1.30524761718	1.89180291457	-0.0770614829246	0.103817317698	0.159620949933	-0.209530619387	-0.316153982239	-0.542247055697	-0.0990440639643	0.505905377879	0.0515875471611	0.408932747147	-0.0829274909194	0.0837452485858	0.436222443191	0.150380105217	0.396193667439	94.3304652742	100.836776761	16.0945309177
16	1.42554612985	0.432835749339	1.04121850134	0.974083519327	-0.0883354663027	1.80556354814	0.0584622339423	0.130526339384	-0.181638565641	-0.259545790122	-0.0802368059239	-0.174542445134	0.289026387519	0.265106465693	-0.00933941932155	0.325512095838	0.0711186204017	0.0634437513738	0.263874997904	0.0382429671079	0.231873098372	77.4474209918	61.2939072442	34.6157179586
17	1.38171720627	-0.235931570872	0.273184309762	2.2218508605	0.0914450158119	2.70424509403	0.257333259553	-0.0542533304774	-0.516805745244	-0.266301759237	0.00348219880905	-0.249176631854	1.47935317623	0.470850719574	-0.0378434349596	0.986910271601	0.216315967484	-0.0971866493053	0.350081923005	-0.00136187206167	0.472536944787	71.8769784475	37.8415020661	32.9478142921
18	1.68626568875	-0.137382069526	-0.549119391895	1.2845770966	0.411877462787	1.95983750154	-0.0678182639048	-0.329026072022	-0.244139050013	0.249953309119	-0.038299013662	-0.224914850762	0.153953097187	0.274218703361	0.112812957751	0.319357581829	-0.0223557758531	-0.0495093425033	0.248039975529	0.0970149898668	0.305731877915	115.645561577	27.3965303333	123.147680348
19	2.26448478578	0.554344419728	0.0579494591031	1.70612460079	-0.502922129657	1.44331390392	0.0393390481539	-0.599228601978	-0.855881638647	0.18441321485	-0.152040894857	-0.50655028282	0.580065693623	0.171074359245	0.0262122143163	0.592333187459	0.0220856103089	-0.0396573964172	0.36670723816	0.225277385026	0.672669104954	115.107675189	4.45590546984	120.109044038
20	0.88151165301	-0.0921955708704	-0.31137556069	1.11512914379	-0.150267527716	1.81050251233	0.0424169981305	-0.187833099796	-0.0262341026906	0.227020768129	-0.0640338230199	-0.29494742281	0.0106483778852	0.289911280151	0.0144276187457	0.239317292583	-0.0511819709146	-0.0606515143258	0.298134312397	0.0355622820569	0.351115973043	123.767265186	50.0714009129	118.504953398
21	1.70685737372	0.375899797314	0.368025318204	1.9820227786	-0.663709261137	1.65278194162	0.0404157714939	-0.172477934923	0.207134786697	0.45233301797	-0.388438771247	-0.848291605856	-0.399049320802	0.812352600105	0.0624311806542	0.463937620014	-0.202866847777	-0.181560789724	0.66219796862	0.0718368819799	0.692933861114	133.379668428	69.9270046226	128.334815911
22	1.74651611892	-0.72304397017	0.175411288186	2.39215932285	-0.393988444162	1.09410403245	-0.0847320020484	-0.283653279447	0.197892600606	0.323759597568	-0.0485418545427	-0.125211995645	-0.298412727164	0.167974015052	0.0767123009516	0.288729499147	-0.0774071766156	-0.0350059838638	0.313274533548	-0.0186147530624	0.199279504019	77.1333633501	92.8358691582	58.8595552335
23	1.73716756684	0.101435450548	-0.801711220305	2.21389281722	0.469544114056	1.9813557006	0.0235608860477	-0.510465871927	0.744330648578	0.667154366184	0.17578824545	-0.567213054046	-0.439917804764	0.743355370729	0.187069566196	0.705542885822	-0.114715405494	-0.245825526773	0.564774901973	-0.219316802267	0.625029083226	85.5046984693	115.127677847	61.5866675123
24	1.17616728431	-0.00359423708011	-0.688865768228	1.48689814082	-0.11083992864	2.10249287206	0.016166016611	0.0852691466572	0.059276128289	-0.296105829578	-0.0294562365546	0.40561372031	0.0236236608258	-0.440168633136	0.0029869502294	0.291834218512	-0.00693846602154	-0.113181322755	0.341509226012	-0.0536073380266	0.325772990848	41.4012191339	77.2969561043	29.7263542992
25	1.46052174638	-0.710867876088	-0.393911059404	2.63394551127	0.51184992768	1.06142986289	0.0915137989301	0.375399869392	-0.556167219493	-0.407276147507	-0.40168029972	1.43546229275	0.249602394504	-0.68652941805	-0.01461704366	0.447732648039	-0.120362719323	-0.221626306161	0.704584499769	-0.231289585089	0.967607876375	28.0739592026	58.0756491725	33.1645953034
26	1.24377272284	0.0161742140716	-0.43188541785	1.29918936083	-0.529767544052	2.59987941791	-0.0129661015476	-0.0401889857598	0.134662094276	-0.181152207689	0.0149463447603	0.285128978941	-0.325517389795	-0.249632102411	-0.00518104734627	0.31054878947	0.0614533030447	-0.0434001606249	0.251720586609	-0.0536431751819	0.345968213192	48.3683132717	100.238258517	34.6141036107
27	2.23710337104	0.189265523457	0.905778876959	2.44865329575	0.761645009913	1.8709374708	-0.273053827485	-0.174668598787	1.03952426555	-0.655577784195	-0.23197873339	0.75024762041	-1.00232728105	-0.485665497066	0.040590886851	0.858384523673	0.19332539811	-0.236746008198	0.409467508995	-0.0991272700044	0.881891282212	51.3404444408	122.09766855	25.4752473631

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 161 )	A	A	2 - 161	1 - 161
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 384 )	A	A	162 - 384	162 - 384
3	3	chain 'A' and (resid 385 through 411 )	A	A	385 - 411	385 - 411
4	4	chain 'B' and (resid 2 through 161 )	B	J	2 - 161	1 - 160
5	5	chain 'B' and (resid 162 through 411 )	B	J	162 - 411	161 - 410
6	6	chain 'C' and (resid 2 through 183 )	C	T	2 - 183	1 - 182
7	7	chain 'C' and (resid 184 through 411 )	C	T	184 - 411	183 - 410
8	8	chain 'D' and (resid 0 through 42 )	D	AB	0 - 42	1 - 43
9	9	chain 'D' and (resid 43 through 183 )	D	AB	43 - 183	44 - 184
10	10	chain 'D' and (resid 184 through 338 )	D	AB	184 - 338	185 - 339
11	11	chain 'D' and (resid 339 through 411 )	D	AB	339 - 411	340 - 412
12	12	chain 'E' and (resid 3 through 161 )	E	F	3 - 161	1 - 159
13	13	chain 'E' and (resid 162 through 411 )	E	F	162 - 411	160 - 409
14	14	chain 'F' and (resid 2 through 161 )	F	G	2 - 161	1 - 160
15	15	chain 'F' and (resid 162 through 411 )	F	G	162 - 411	161 - 410
16	16	chain 'G' and (resid 2 through 183 )	G	H	2 - 183	1 - 183
17	17	chain 'G' and (resid 184 through 411 )	G	H	184 - 411	184 - 411
18	18	chain 'H' and (resid 2 through 161 )	H	I	2 - 161	1 - 160
19	19	chain 'H' and (resid 162 through 411 )	H	I	162 - 411	161 - 411
20	20	chain 'I' and (resid 3 through 183 )	I	K	3 - 183	1 - 181
21	21	chain 'I' and (resid 184 through 411 )	I	K	184 - 411	182 - 409
22	22	chain 'J' and (resid 3 through 183 )	J	L	3 - 183	1 - 181
23	23	chain 'J' and (resid 184 through 411 )	J	L	184 - 411	182 - 409
24	24	chain 'K' and (resid 4 through 161 )	K	N	4 - 161	1 - 158
25	25	chain 'K' and (resid 162 through 411 )	K	N	162 - 411	159 - 408
26	26	chain 'L' and (resid 3 through 183 )	L	M	3 - 183	1 - 181
27	27	chain 'L' and (resid 184 through 411 )	L	M	184 - 411	182 - 409

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

-
非ポリマー , 10種, 1287分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

-非ポリマー , 10種, 1287分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

-
非ポリマー , 10種, 1287分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)