PDB-8s3a: Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3a

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase 2 in complex with 2,6-pyridinedicarboxylic acid and NAD

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / complex with inhibitor / glutamate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Legume-type glutamate dehydrogenase: Structure, activity, and inhibition studies.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Link, A. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3a.cif.gz	1007.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3a.ent.gz	800.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8s38C 8s39C 8s3bC 8s3cC 8s3dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/VNETNA / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/VNETNA

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.794, 157.031, 94.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.591, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 44894.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 11433210, MTR_5g013470, MtrunA17_Chr5g0399821 / 発現宿主: Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) / 参照: UniProt: G7JYL4

-
非ポリマー , 9種, 1134分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸分子量: 167.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1092 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.12 Ethylene glycols, 100mM imidazole/MES pH 6.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46.52 Å / Num. obs: 207412 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.73 % / B_iso Wilson estimate: 30.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 11.36
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / R_merge(I) obs: 1.013 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 33295 / CC_1/2: 0.792 / R_rim(I) all: 1.1 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→46.52 Å / SU ML: 0.2123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	1997	0.96 %
R_work	0.1567	205312	-
obs	0.1571	207309	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18881	0	290	1092	20263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	19585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.042	26521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2944
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	3449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.9575	7278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3262	140	0.274	14448	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.9-1.95	0.2632	143	0.2475	14578	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.95-2.01	0.2889	142	0.222	14683	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.01-2.07	0.2706	141	0.2	14634	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.07-2.14	0.2285	143	0.1851	14636	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.14-2.23	0.199	142	0.1683	14692	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.23-2.33	0.1853	143	0.1578	14630	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.33-2.45	0.2049	143	0.1532	14666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.45-2.61	0.1781	142	0.1571	14657	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.61-2.81	0.2115	144	0.1548	14711	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.81-3.09	0.2148	143	0.1629	14675	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.09-3.54	0.2165	143	0.1597	14744	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.54-4.46	0.1663	143	0.1308	14766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-46.52	0.1743	145	0.1375	14792	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.13151077798	1.47093315812	-0.392882898585	1.91981227858	-0.27530670999	1.40123027276	-0.129135693945	0.121043451024	-0.248107435866	-0.134889419061	0.0565785088161	-0.141858453489	0.369737118249	0.00215757090854	0.06251961101	0.268157849162	0.00802326792886	0.0114312213015	0.255581478249	-0.00336833360836	0.196128270838	16.5691603009	56.8888959055	29.6162704438
2	1.34250479011	0.148470131101	0.298686873313	1.27631311179	-0.520543210233	1.20072830684	0.0575491604597	-0.12049163469	-0.30302739447	0.00850285813074	-0.0969293746045	-0.192520331243	0.250745095025	-0.0131413452978	0.0321114134548	0.281056006811	-0.0592870786902	0.0153669001399	0.257587153455	0.0168974980289	0.261506768286	13.0048070108	43.2675310967	49.1906114079
3	1.50134414603	-0.890462338507	0.146941960854	1.28953292808	-0.462568730331	1.72863693394	-0.0221536250117	-0.11092367548	0.17993250854	0.0803645880107	0.0457848323744	-0.140391338216	-0.333409980648	0.102188107374	-0.0193487469383	0.275651381302	-0.0441594462415	0.00479368473818	0.289929244271	-0.0114262519394	0.243872044094	20.1605780551	96.9130942731	23.2446679737
4	1.74055695197	-0.20773194604	-0.638743632783	1.70826994208	0.348761460506	2.08759556327	0.156744436689	-0.0081282304584	0.593999431693	-0.328763744693	0.17072653629	-0.604121386261	-0.959332715004	0.615822254241	-0.128619536727	0.670802849601	-0.229146817278	0.121187240998	0.502895252949	-0.0472117459468	0.550556903905	25.3608357064	113.384321176	6.12753389149
5	0.461245499587	-0.140810771392	-0.360983480791	1.65884534789	0.58203673041	1.75610308909	-0.0140671652566	0.0717251102735	-0.00544911129853	-0.101286804727	-0.0449693265835	0.257368950506	-0.0195552686864	-0.521984065296	0.081528434042	0.211634388485	-0.0752638164555	-0.0432913478881	0.527098491743	-0.00320986692352	0.286992222877	-21.0694193091	71.4728784689	28.6916684545
6	1.17363455223	0.17426626645	-0.173147738143	1.08123121638	-0.10856861672	0.737073878069	-0.00517082399216	-0.0792551710087	-0.173052769731	0.119612803652	-0.00611558535445	0.331903787806	0.1329286643	-0.423313264247	0.0123280371211	0.284439079813	-0.101802455106	0.00429071543795	0.564857153437	-0.0143793902663	0.341762868236	-29.2981675305	63.3417049859	49.6064625029
7	0.940140516975	0.336582262824	-0.207933186979	1.5678399359	0.19643907355	1.5646101373	-0.022123651983	0.0765237901791	0.0464556295297	-0.0460688015839	0.0561126817715	0.141568553184	-0.0083680337648	-0.448828165586	0.0096635712532	0.255723480416	0.0515713435288	-0.0382017545156	0.463444255612	0.0298031207624	0.277765153524	-15.5463660173	89.5298659259	12.9114787345
8	1.62524550373	0.47320415604	-1.19096902629	2.39875761551	-1.56929884772	2.46533788707	0.0558948745626	0.83079278171	0.494200927816	-0.43060091051	0.671632457756	0.640709933516	-0.181341098423	-1.29844103062	0.069939539646	0.362527169552	0.153699092522	-0.0937243999889	1.02087627723	0.388976474233	0.437442265354	-18.2592346699	97.2611086517	-10.4792916931
9	1.77773678534	0.254351516516	-0.516188442912	0.577151301108	0.0266880896871	1.50787803395	-0.00192395963459	-0.0361292336337	-0.216341502583	-0.0170062915218	-0.0646574357081	-0.0438468134112	0.316139915616	0.00824312597398	0.0639681340343	0.319216923172	-0.018976992807	-0.00812085764564	0.262270048585	-0.00230264456283	0.219267892102	12.9373869875	62.1314299277	7.5263908363
10	0.720704178263	-0.107492764977	-1.1943768576	0.399537061523	0.303711491498	2.16761585052	-0.0462137454013	0.0715591099031	-0.00301655839213	-0.0447371997185	0.0190003997103	0.00904692864944	0.181226259544	-0.182464932458	0.0346542150276	0.286565634743	-0.0150350040407	-0.0164089323194	0.317880729715	0.00404178253833	0.247484807388	12.4995005368	68.5283897849	-13.5165657825
11	4.20685685507	0.18425514643	1.30117738078	1.77685302468	-0.0704374690793	3.13878330038	-0.058571581072	0.194879210419	-0.397097254646	-0.14108870859	0.0942792434423	-0.00686356558629	0.664060987167	-0.227421867437	-0.0603415214441	0.529093757894	-0.0712376210005	0.0553261988316	0.318030306077	-0.0497488662686	0.293014905212	14.4942241659	52.9073543733	-19.2268180569
12	3.14995562795	-3.11669574424	-2.76554390546	4.61528633318	2.92829557404	3.18728509363	-0.171096709796	-0.00966872151141	0.00611961908786	0.11968621713	0.116298805696	-0.119566119867	0.284896407137	0.0645974640304	0.049995297298	0.257602231115	-0.0142516708177	-0.0238791902104	0.267588477514	-0.00748182461869	0.198147202689	19.3239346293	68.0761730951	-6.15191722805
13	4.22570837409	-5.16764860621	2.07376719076	6.43052561186	-2.14871208646	2.37388587024	0.00997333171089	0.373384646067	0.743619301497	-0.0910519212205	-0.138191062367	-0.393993493003	-0.0281455960413	0.197139455742	0.0843921537366	0.316748299708	-0.0141779258174	0.00915292369055	0.339459938771	-0.0159260975074	0.200083369666	23.4079074664	77.7232220439	-10.158784534
14	0.553716246613	-0.00420230244174	1.65358009914	4.78786188095	4.25685731954	8.69684870033	-0.0458658779187	-0.0619611544084	0.00262248733467	-0.190139024692	0.0279069193605	0.0210911979479	-0.153761059477	0.264995144341	-0.0245375432897	0.235983476174	-0.00965783842331	0.0134585844427	0.394028491114	0.0290206310756	0.29283265494	31.3309694501	72.578074686	4.71758209336
15	1.50384672956	-0.511207328716	0.193641641551	0.887361400855	-0.176083542166	1.82023657664	0.0352944046966	0.0139092743562	0.192511217747	0.0178107555916	-0.0641096831099	-0.0764870682563	-0.220859570923	0.113214168657	0.0374654794617	0.25134760516	-0.0191800155102	0.00282781981573	0.243054342867	-0.0101154697263	0.228981409318	10.5586093013	94.3160034139	45.1925686125
16	0.565570700761	-0.173832189869	-0.0299616328846	0.553919590097	-0.0414041758052	1.52885674867	-0.0169195926862	-0.0882412739664	0.0436897004115	0.122648177177	0.0249004053911	-0.0284986875857	-0.21838352386	-0.0225315458379	-0.00805836226259	0.277126684393	-0.0142567585698	-0.00864176531316	0.277336264066	-0.000977268793449	0.241227574106	6.20896843186	90.4461077124	62.1127982802

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 161 )	A	A	2 - 161	1 - 160
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 411 )	A	A	162 - 411	161 - 410
3	3	chain 'B' and (resid 3 through 183 )	B	K	3 - 183	1 - 184
4	4	chain 'B' and (resid 184 through 411 )	B	K	184 - 411	185 - 412
5	5	chain 'C' and (resid 2 through 161 )	C	P	2 - 161	1 - 160
6	6	chain 'C' and (resid 162 through 411 )	C	P	162 - 411	161 - 410
7	7	chain 'D' and (resid 7 through 183 )	D	T	7 - 183	1 - 177
8	8	chain 'D' and (resid 184 through 411 )	D	T	184 - 411	178 - 408
9	9	chain 'E' and (resid 0 through 161 )	E	Y	0 - 161	1 - 165
10	10	chain 'E' and (resid 162 through 228 )	E	Y	162 - 228	166 - 232
11	11	chain 'E' and (resid 229 through 308 )	E	Y	229 - 308	233 - 312
12	12	chain 'E' and (resid 309 through 358 )	E	Y	309 - 358	313 - 362
13	13	chain 'E' and (resid 359 through 384 )	E	Y	359 - 384	363 - 388
14	14	chain 'E' and (resid 385 through 411 )	E	Y	385 - 411	389 - 415
15	15	chain 'F' and (resid -1 through 146 )	F	F	-1 - 146	1 - 154
16	16	chain 'F' and (resid 147 through 411 )	F	F	147 - 411	155 - 419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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