PDB-8s39: Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s39

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase 2 in complex with isophthalic acid and NAD

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase / nitrogen metabolism / inhibitor / NAD / isophthalic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Legume-type glutamate dehydrogenase: Structure, activity, and inhibition studies.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Link, A. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s39.cif.gz	518.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s39.ent.gz	404.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s39	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8s38C 8s3aC 8s3bC 8s3cC 8s3dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/VR77XI / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/VR77XI

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.728, 162.769, 216.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁
Space group name Hall	I2b2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z+1/2 #3: -x+1/2,y,-z #4: -x,-y+1/2,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #7: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-807- NA
2	1	A-1830- HOH
3	1	A-1850- HOH
4	1	A-1855- HOH

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 44894.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SNA derive from vector 由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 11433210, MTR_5g013470, MtrunA17_Chr5g0399821 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7JYL4

-
非ポリマー , 8種, 538分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-8G0 / benzene-1,3-dicarboxylic acid / イソフタル酸分子量: 166.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate 5.0 20 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→81.83 Å / Num. obs: 112829 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.85 % / B_iso Wilson estimate: 42.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.66
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 8.45 % / R_merge(I) obs: 1.461 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 17959 / CC_1/2: 0.585 / R_rim(I) all: 1.556 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→81.38 Å / SU ML: 0.2468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.0745
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2124	1128	1 %
R_work	0.1626	111684	-
obs	0.1631	112812	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→81.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9518	0	65	517	10100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	9792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0469	13259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0588	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6023	3649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.09	0.316	139	0.2834	13713	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.09-2.2	0.2754	140	0.2291	13847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.34	0.2533	140	0.2078	13880	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.34-2.52	0.2424	140	0.1874	13915	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.52-2.77	0.2431	141	0.181	13903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.18	0.2053	141	0.1814	13970	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.18-4	0.1813	142	0.1525	14067	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4-81.38	0.2036	145	0.1314	14389	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.64779952717	4.7059021149	-3.48103547498	5.00585578386	-4.5521532122	4.33683070756	0.560489150343	-0.861868054058	-0.543490255008	0.885806618218	-0.240628406894	-0.162752831406	-0.162457691498	0.0386540322749	-0.463323958244	0.540791725386	-0.0162510822578	-0.0632248438173	0.489468570592	0.121268618555	0.496692902237	53.2442051607	99.8536985597	175.939436875
2	1.40053199525	-1.09177082141	0.344033278607	3.64615720602	-0.154724691486	0.661374362047	-0.0846380587728	-0.215940192145	0.041455825738	0.218413130821	0.0555408089527	0.151149485207	-0.0510336044495	-0.0676829554698	0.0287283448054	0.305952609311	-0.00077520312036	0.0192006775256	0.368873690164	0.00390526696649	0.298021029691	36.4237750651	117.583063353	165.824000947
3	1.28406252936	0.517575677085	-0.199922853006	6.42425112739	-0.20507018562	1.05318340389	0.100564035717	-0.163905710713	-0.0496689575393	-0.0150967973868	-0.0398698051727	0.292636608848	0.00175166970298	0.0736753884133	-0.0654063087684	0.291916748022	0.0152506823829	-0.0286032735876	0.370119364192	-0.0127779427139	0.352085105426	28.389507906	114.588995223	154.263739849
4	3.75938806662	-0.161201102559	0.329937418911	2.71461363401	-0.0390814366521	3.54672516503	0.077554228003	-0.537759781791	-0.0436387105328	0.278602015497	-0.0168386432946	0.402756319419	-0.1117067411	-0.557644011365	-0.0606037223347	0.413700792992	0.00519460895947	0.0923846116491	0.509026533472	0.0709262263343	0.449776775143	18.2189450348	92.0453908345	176.874444561
5	1.45492351517	-0.282864669708	0.899644222982	1.56885857208	-2.36465758167	6.3470354559	0.0984940349177	-0.221241360778	-0.140483541296	0.158640128026	-0.032359895549	0.0808571030254	-0.0556160726305	0.158515418864	0.200930382422	0.388138363358	-0.00590605293786	0.045141960693	0.372814621477	0.0192515356063	0.43702787851	32.375545845	96.8019892937	168.286025798
6	4.63786284085	-5.34636313004	3.00600745626	6.7865305105	-4.6157571341	4.03779427098	0.0851913787738	-0.0784072290722	-0.318478241186	-0.0239133131646	0.0291819676979	0.0688146150199	0.119477270463	-0.0657366338475	-0.622670039529	0.366147533616	-0.000972725420611	0.0214202715204	0.324092682603	0.0250288031528	0.415942439352	34.6707039212	89.1644909873	161.808960196
7	9.06034148678	6.56047391501	-7.30433372956	5.46712889243	-5.75483071194	7.92141554829	0.211389622351	-0.159614762489	-0.139085654534	0.121728151994	-0.0906137688005	-0.0299708890684	-0.0209756877419	0.196634400363	-0.0492054585515	0.399896260288	0.0345614372561	-0.0237767089788	0.388796373282	0.0554744632503	0.38585448898	49.8566892979	96.3220222528	167.216316315
8	1.00369165036	-0.0200375063018	-0.525132758548	0.457804913059	-0.0105323868977	0.686809863501	0.0503076130877	0.0823293009046	0.0392368642744	-0.0552694340825	-0.0613750639133	0.0647242774795	-0.0680014665729	-0.11695743415	-0.0108851331299	0.370121386705	0.0361936738312	-0.0312406449175	0.40833513968	-0.0134827692575	0.379992939616	27.7004223292	119.349938423	128.494543001
9	1.13726207796	0.241597880391	0.567848403572	1.09348435136	0.584125095849	1.16994409207	-0.028736487876	0.114873467464	-0.0187971860675	-0.107488625587	0.00644839118223	0.0915076383846	0.0759584061813	-0.0734799381255	0.0417462426232	0.345012217168	-0.0147722341698	-0.00429880263733	0.335390921557	0.0397295859676	0.342507699229	9.80055244595	103.289942096	127.242045407
10	1.84653714666	0.460410484706	1.75788349505	0.92218849784	0.897895958444	4.19143865497	-0.0704032840461	0.111991516136	-0.0312330397396	-0.14431783001	-0.00661207560871	-0.13445498152	-0.0549987131538	0.205116682947	0.0621648204456	0.310656734671	0.0462609188388	0.0520212671012	0.320598932097	0.0496818149456	0.366938018511	64.0150716964	102.143223348	129.78066054
11	1.79360195368	1.08568051426	1.73021308646	0.838073045844	1.33207414797	3.88835080641	0.102481361286	0.12106542025	-0.0786538969923	-0.00838723912355	-0.0326268005879	-0.159131436169	0.140556526351	0.241379196998	-0.161840594464	0.364126358288	0.0634497090356	-0.00768714021394	0.334036088653	0.0570905630649	0.380705790587	60.988610475	97.6615232619	133.982158237
12	5.25582716046	1.53086358063	1.26193128385	2.31197496239	0.786490364822	1.85315813457	0.0437874519546	-0.200669538611	0.19777894013	0.0754905131782	-0.122304866616	0.0137541173379	0.0642667850561	-0.0313863975982	0.0897071936899	0.28460153108	0.0368800339797	0.021101698585	0.302850689409	0.0249699606802	0.286888548714	57.050569858	102.869458299	147.299734077
13	2.1931775744	-0.0511682135598	0.255115885981	1.25212471647	-0.415081827899	3.0475580824	0.0481241077485	-0.0503964039211	-0.338090697052	-0.0627516152482	-0.144214677952	-0.283383175609	0.450590367387	0.233719918702	0.0755105860342	0.434822025818	0.0650731672112	0.0301713432099	0.335034378718	0.0524103354962	0.46751187809	64.8089101899	75.3287587754	137.2752424
14	7.36411513206	-5.76912924507	-5.49721779394	5.69777112535	4.77190615223	4.74387762486	0.1224564343	0.123261922854	-0.0454064060976	-0.151920389003	-0.0965879296094	-0.100210428793	0.0700516065649	0.100251470316	-0.0168914860716	0.318916016291	0.0455444185971	-0.0108092659914	0.292548186415	0.0587911079174	0.313398537904	54.7250599122	88.3985456147	132.088418794
15	3.02799462239	-1.81797599731	0.585230016193	7.11423475131	4.29672195222	3.69717601667	-0.145264114646	-0.0322599028998	-0.208565450283	-0.0149796196613	-0.133821679348	0.428257016704	0.413216894471	-0.162795273646	0.327136583927	0.290865734871	0.0146750202587	-0.0421245242939	0.324323013332	-0.00310934577664	0.426105546967	44.4899175616	84.4794034572	129.496795904
16	8.52252018803	-6.55694614156	-0.480841655753	8.87576296357	-0.676279214997	1.60366857228	-0.0573813206178	0.0957357689587	-0.0800813363222	-0.350222769627	0.026413456488	0.0680664810497	0.0706197255536	0.00605250285381	0.0982142518946	0.329033182058	0.0347531278013	-0.0163574532974	0.364539638794	-0.0150861883598	0.205778763694	50.1161508422	97.4849607253	118.856455107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 147 through 183 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 184 through 308 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 309 through 358 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 359 through 384 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 385 through 411 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 184 through 411 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -1 through 76 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 77 through 113 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 114 through 183 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 184 through 308 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 309 through 358 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 359 through 384 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 385 through 411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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