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万見
- PDB-8s38: Crystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s38
タイトルCrystal structure of Medicago truncatula glutamate dehydrogenase 2 in complex with citrate and NAD
要素Glutamate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / glutamic acid / NAD cofactor / nitrogen metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate dehydrogenase / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase ...Glutamate dehydrogenase / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Glutamate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Legume-type glutamate dehydrogenase: Structure, activity, and inhibition studies.
著者: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Link, A. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate dehydrogenase
B: Glutamate dehydrogenase
C: Glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,77847
ポリマ－134,6823
非ポリマー4,09644
水14,862825
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15820 Å2
ΔGint48 kcal/mol
Surface area46540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)95.368, 163.100, 219.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-509-

NA

21A-830-

HOH

31B-793-

HOH

41B-801-

HOH

51B-808-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glutamate dehydrogenase


分子量: 44894.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 11433210, MTR_5g013470, MtrunA17_Chr5g0399821 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7JYL4

-
非ポリマー , 8種, 869分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.33 % / 解説: rod
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM MgCl2 , 100 mM Na-citrate pH 5.0, 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 292 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→99 Å / Num. obs: 135999 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 34.74 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 6.73 % / Rmerge(I) obs: 0.899 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 21745 / CC1/2: 0.73 / Rrim(I) all: 0.974 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→59.64 Å / SU ML: 0.2114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.4301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1873 1360 1 %1360
Rwork0.1579 134639 --
obs0.1582 135999 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→59.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9405 0 262 825 10492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01059928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.029113404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06031477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.92153677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.960.30061360.261313263X-RAY DIFFRACTION98.95
1.96-2.040.23331350.215113354X-RAY DIFFRACTION99.91
2.04-2.130.22131350.19313358X-RAY DIFFRACTION99.99
2.13-2.240.21541350.174713362X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.380.19291350.158213407X-RAY DIFFRACTION99.86
2.38-2.560.19181360.157813419X-RAY DIFFRACTION99.94
2.56-2.820.19711360.15813478X-RAY DIFFRACTION99.99
2.82-3.230.16861360.155813499X-RAY DIFFRACTION99.98
3.23-4.070.17441380.141213574X-RAY DIFFRACTION100
4.07-59.640.17721400.1513925X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49550497114-0.6781066888460.3839935570271.95724962101-0.2785975872950.579406542026-0.011789535221-0.1592873854680.009701406456810.186026738537-0.05217060538520.003499969190230.00396125460192-0.04275067984770.06341596630140.253102646604-0.003165076305490.02815201244160.265866585295-0.009278302680910.23063854066537.4833327094114.661215287166.135108736
21.546564250190.490123638263-0.1795724092051.15523879077-0.3942964253711.240909769090.0637799677001-0.307200300982-0.1396425788270.264430972657-0.03769186088980.240017012495-0.0173117103665-0.211583925822-0.02940519494820.3216691846960.02051371569710.06701831974780.2757952469050.004615621593930.31963488601427.978199092993.4085436683173.288794932
31.836249296020.086845930227-1.130654406160.607996176091-0.04509503885251.523688509710.08330035356380.2001234666580.037091576695-0.125288121798-0.06790881741270.114349756961-0.0631860236294-0.182260189706-0.0377021676690.2705887455420.0669312915249-0.05976572555350.26777763813-0.02562038891870.25284025666127.5522816247119.738936357129.70742437
42.12687288074-0.09605107400220.2704944291891.173669905470.4788231470671.6861854548-0.001283276191510.474922552578-0.262147369537-0.15474038067-0.07353973269940.1486192355630.197763885816-0.2503103565030.06486114290910.276649850839-0.02471864233630.01163174052190.329096913447-0.0450314753910.26968890491710.2455131811103.601211766128.112118452
50.566304042650.1153080125190.5833952320830.9317911460360.104663659251.62270130341-0.003824309077730.117568971129-0.00879022116463-0.174858744288-0.086895240753-0.1374041206160.1187946266950.2216299730790.06617665496490.2854933373330.08234109383690.03611972714520.2836281487430.04063135076810.31184498608160.9887273012101.968761796138.651996895
60.751420551071-0.3138012064250.2222951209791.93039929985-0.9105788073440.8512788890320.1078063833810.0502804732936-0.264901489957-0.453831211606-0.325250387699-0.3472902448860.5012940530110.3895582040230.1456804693830.53329951460.1345469109980.07747182743440.4341876102970.0696751294010.45478774508158.219010922782.3678196063134.287885492
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 183 )AA5 - 1831 - 188
22chain 'A' and (resid 184 through 411 )AA184 - 411189 - 419
33chain 'B' and (resid -2 through 183 )BL-2 - 1831 - 187
44chain 'B' and (resid 184 through 411 )BL184 - 411188 - 424
55chain 'C' and (resid -1 through 183 )CU-1 - 1831 - 191
66chain 'C' and (resid 184 through 411 )CU184 - 411192 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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