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- PDB-8s2y: Crystal structure of alcohol oxidase PaAox1 from Picea abies -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s2y
タイトルCrystal structure of alcohol oxidase PaAox1 from Picea abies
要素Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol oxidase / FAD / flavin adenine dinucleotide / CAZyme
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Picea abies (ドイツトウヒ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Kruhler, N. / Haataja, T. / Sandgren, M.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland331853 フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A glycerol oxidase from Norway spruce (Picea abies L. Karst.) expands biochemical and structural attributes of the GMC oxidoreductase superfamily
著者: Paasela, T. / Kruhler, N. / Zhao, H. / Sun, M. / Haataja, T. / Karppi, J. / Vaattovaara, A. / Master, E. / Sandgren, M. / Karkonen, A. / Tenkanen, M.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein
B: Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,05820
ポリマ－143,8482
非ポリマー4,21118
水13,763764
1
A: Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,10611
ポリマ－71,9241
非ポリマー2,18210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9539
ポリマ－71,9241
非ポリマー2,0298
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.099, 99.273, 87.959
Angle α, β, γ (deg.)90, 100.249, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 29 - 546 / Label seq-ID: 118 - 635

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein


分子量: 71923.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: There are unobserved regions. / 由来: (組換発現) Picea abies (ドイツトウヒ) / 発現宿主: Komagataella phaffii (菌類) / 株 (発現宿主): X33

-
糖 , 2種, 10分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 772分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % / 解説: Needle crystal
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M CaCl2 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→65.24 Å / Num. obs: 123313 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/av σ(I): 1.06 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / Num. unique obs: 13965 / CC1/2: 0.33 / Rrim(I) all: 1.802 / % possible all: 61.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→65.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.179 / WRfactor Rwork: 0.159 / SU B: 3.034 / SU ML: 0.091 / Average fsc free: 0.9422 / Average fsc work: 0.9475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 6243 5.078 %
Rwork0.1851 116690 -
all0.186 --
obs-122933 94.285 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.001 Å2-0 Å20.001 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→65.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7437 0 271 764 8472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0127982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.8210875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0415971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.084565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.084101203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.31810370
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.25417
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1620.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1250.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6352.5343869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6924.5284830
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1733.1024113
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2745.4946040
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.49128.17312538
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0870.0515943
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.08660.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.08660.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.64-1.6830.4242960.41857040.41896500.7490.74962.17620.42
1.683-1.7290.3853350.39467200.39493480.8040.79675.47070.39
1.729-1.7790.3684080.36175750.36190960.8990.90387.76390.353
1.779-1.8330.3124390.30780390.30788380.9230.92795.92670.289
1.833-1.8940.2884150.25781900.25986060.9440.95399.98840.231
1.894-1.960.2594230.23178550.23382810.9520.96499.96380.203
1.96-2.0340.2484270.20675880.20880160.960.97299.98750.179
2.034-2.1170.2374020.19572770.19776790.9660.9761000.168
2.117-2.2110.2113520.17970620.1874140.9720.981000.155
2.211-2.3190.2093640.16867010.1770660.9720.98399.98580.147
2.319-2.4440.2063500.16963830.17167330.9740.9831000.145
2.444-2.5920.2013170.16260640.16463810.9760.9841000.14
2.592-2.770.1983170.16656710.16859880.9760.9831000.145
2.77-2.9920.2122890.17452760.17655650.9740.9811000.154
2.992-3.2770.1842590.16848990.16851590.9780.98399.98060.152
3.277-3.6630.1932280.16444490.16546770.9780.9851000.152
3.663-4.2270.1552110.13638790.13740900.9860.991000.128
4.227-5.1710.1451810.12633270.12735080.9890.9921000.122
5.171-7.2910.2091600.18725490.18827090.9820.9841000.179
7.291-65.240.184700.20814750.20715450.9860.9751000.212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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