PDB-8s2p: Crystal structure of Borrelia burgdorferi paralogous family 12 ou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s2p

タイトル

Crystal structure of Borrelia burgdorferi paralogous family 12 outer surface protein BBH37 (space group p21)

要素

Lipoprotein, putative

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / paralogous protein / PFam12

機能・相同性

Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein, putative

機能・相同性情報

生物種

Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Brangulis, K.

資金援助

Latvia, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Borrelia burgdorferi outer surface protein BBH37
著者: Brangulis, K.

履歴

登録	2024年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s2p.cif.gz	87 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s2p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s2fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lipoprotein, putative

BBB: Lipoprotein, putative

45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.090, 75.570, 113.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipoprotein, putative 分子量: 22648.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first 4 residues (GAMG) are remnants from the expression tag. 由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア) 遺伝子: BB_H37 / プラスミド: pETm-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O50692
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01 M MnCl2 0.1 M sodium citrate pH 5.6 2.5 M 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→62.924 Å / Num. obs: 18923 / % possible obs: 73.5 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2791 / CC_1/2: 0.659

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→62.924 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.316 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3096	946	5.001 %
R_work	0.2478	17971	-
all	0.251	-	-
obs	-	18917	73.123 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.761 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.009 Å²	-0 Å²	-0.022 Å²
2-	-	-0.006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→62.924 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3008	0	0	26	3034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.016	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.686	1.641	4047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.289	1.597	7000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.128	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.564	23.873	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.714	15	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.018	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	748
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.227	0.2	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.166	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.857	3.391	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.853	3.39	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.047	5.071	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.047	5.073	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.606	3.891	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.603	3.891	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.422	5.651	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.422	5.652	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.027	40.454	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.026	40.465	3419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.302	75	0.273	1301	X-RAY DIFFRACTION	71.8538
2.257-2.319	0.3	67	0.275	1347	X-RAY DIFFRACTION	75.7771
2.319-2.386	0.36	59	0.261	1309	X-RAY DIFFRACTION	77.4193
2.386-2.46	0.33	71	0.242	1283	X-RAY DIFFRACTION	76.5837
2.46-2.54	0.289	62	0.248	1221	X-RAY DIFFRACTION	73.6933
2.54-2.629	0.306	65	0.255	1125	X-RAY DIFFRACTION	73.8672
2.629-2.729	0.309	42	0.237	1125	X-RAY DIFFRACTION	72.1707
2.729-2.84	0.341	65	0.237	1006	X-RAY DIFFRACTION	72.2672
2.84-2.966	0.293	62	0.231	1021	X-RAY DIFFRACTION	73.1757
2.966-3.111	0.365	63	0.247	962	X-RAY DIFFRACTION	73.9005
3.111-3.279	0.285	66	0.265	923	X-RAY DIFFRACTION	73.806
3.279-3.478	0.421	42	0.279	859	X-RAY DIFFRACTION	71.6216
3.478-3.718	0.305	24	0.268	812	X-RAY DIFFRACTION	69.3201
3.718-4.015	0.285	35	0.224	781	X-RAY DIFFRACTION	74.3847
4.015-4.398	0.265	34	0.22	737	X-RAY DIFFRACTION	74.206
4.398-4.916	0.284	34	0.237	623	X-RAY DIFFRACTION	71.1809
4.916-5.675	0.27	31	0.294	501	X-RAY DIFFRACTION	65.598
5.675-6.945	0.383	20	0.264	481	X-RAY DIFFRACTION	72.2944
6.945-9.804	0.181	17	0.169	366	X-RAY DIFFRACTION	68.1495
9.804-62.924	0.52	12	0.274	188	X-RAY DIFFRACTION	65.3595

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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