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- PDB-8s2n: Xenorhabdus bovienii Rhs toxin TreTu complex with TrxA and TriTu ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s2n
タイトルXenorhabdus bovienii Rhs toxin TreTu complex with TrxA and TriTu immunity protein
要素
  • Complete genome segment 11/17
  • Immunity Protein TriX
  • Thioredoxin 1
キーワードTOXIN / ADP-ribosyltransferase / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Scabin-like / Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core ...: / Scabin-like / Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / : / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein / Complete genome segment 11/17 / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Jurenas, D. / Terradot, L.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)F4526.23 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Thioredoxin 1 moonlights as a chaperone for an interbacterial ADP-ribosyltransferase toxin.
著者: Dumont, B. / Terradot, L. / Cascales, E. / Van Melderen, L. / Jurenas, D.
履歴
登録2024年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunity Protein TriX
B: Complete genome segment 11/17
C: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2737
ポリマ－43,8593
非ポリマー4144
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.600, 74.600, 190.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Immunity Protein TriX


分子量: 16638.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
遺伝子: XBJ1_1304 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3UXR2
#2: タンパク質 Complete genome segment 11/17


分子量: 15317.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
遺伝子: XBJ1_1305 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3UXR3
#3: タンパク質 Thioredoxin 1 / Trx-1


分子量: 11902.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA25

-
非ポリマー , 3種, 70分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.02 M Sodium chloride, 0.02 M Sodium acetate pH 4.0, 33 % v/v PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→48.38 Å / Num. obs: 32092 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 26 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.628 / Mean I/σ(I) obs: 30.9 / Num. unique obs: 2227 / CC1/2: 0.885 / Rpim(I) all: 0.325 / Rrim(I) all: 1.661 / Χ2: 0.81 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHASER1.18_3845位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→48.38 Å / SU ML: 0.2609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1038
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1993 6.24 %
Rwork0.1975 29954 -
obs0.1997 31947 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 26 66 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00633011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80054063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.85911118
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.160.30271320.26942009X-RAY DIFFRACTION95.37
2.16-2.220.27911400.25292083X-RAY DIFFRACTION99.6
2.22-2.280.31341390.24872100X-RAY DIFFRACTION99.51
2.28-2.360.31021420.23272102X-RAY DIFFRACTION99.69
2.36-2.440.28661400.2192098X-RAY DIFFRACTION99.64
2.44-2.540.23511410.21982129X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.650.26441390.21412120X-RAY DIFFRACTION99.6
2.65-2.790.27461400.22092120X-RAY DIFFRACTION99.82
2.79-2.970.23991430.22912143X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.20.24921440.23612149X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.520.26141440.21042158X-RAY DIFFRACTION99.91
3.52-4.030.23091440.18422167X-RAY DIFFRACTION100
4.03-5.070.17871480.15332220X-RAY DIFFRACTION99.96
5.07-48.380.21321570.18812356X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.09912392473-0.1783198996440.7215482877118.43172937878-1.312936958884.1827043325-0.101015416028-0.457957428347-0.3654451471291.495159128960.3491928017450.2889297214720.2942698168370.604493011088-0.1884879625690.6451984637810.267201146840.0016753655360.708247467575-0.03206186195220.438751840321-55.767067896721.5589600876-31.6580106302
29.78167706624-0.32015439704-1.547322568622.627600095531.047778949878.68143772342-0.876571157717-1.36003720906-0.9517143067722.1343657380.486002647520.6484296254891.12067931171-0.4347623272920.4709555898590.7568004703540.1764155390750.229920320980.7318016790220.1475690884290.724475516405-63.723427667716.0940621898-27.0797633969
34.80071207449-0.538465793372-0.1999578301617.516708797220.8802177753283.48868073718-0.196572402262-0.359039082066-0.05238907820520.3836947767410.675111083338-0.05966300981970.3652632739010.262559729343-0.192613317720.4223293167250.108515932408-0.06821550672050.551970863919-0.09913700743030.341334067171-19.8376671304-5.06381326935-14.0139967228
41.687240252190.5792798094280.002857706713593.75189057470.8165048399143.345766436760.08633150764620.0839049081258-0.08921863786810.3274388150260.225749223704-0.3787870815470.58320974421.08825230061-0.2515476464420.4411499373790.201796176489-0.09855252064020.660565069959-0.0713478106980.457622790713-19.2102302524-11.5689698232-20.3312864767
53.41271794177-1.194173830911.85354295824.605174116431.028790775596.475742803690.152029812186-0.0656548860332-0.6340466156730.3841677056630.06220369527050.06182834324781.052325286440.44336397217-0.2746941097450.5572418024230.109067707315-0.02415243505960.4264058899810.02107985232310.502508893084-27.2862920795-20.0719505278-24.886332157
66.75041765596-5.76671144845-2.86526703476.629252488282.549925754571.545989424250.0382971744998-0.01016684509471.027790884820.1138976399740.356893654694-0.908917603447-0.2939586775780.16791133132-0.2845470302990.565377428390.0942775543192-0.06045966970870.533324344738-0.006135535216350.630587182432-29.96951824482.01364508939-36.8989697947
72.61060919042-2.47470963329-2.335879188784.594032850923.304996663515.372429334710.0245587069862-0.0121897545788-0.0476057305431-0.03343738151510.07155350468770.2518493618720.1095872344910.0988639332898-0.07793142946040.3470743935170.0480973729824-0.06294496388180.3965487079110.005349065709350.476587474959-31.9198678764-5.76799256758-33.0229401008
86.571195146431.4489280566-0.1437387747866.51507726710.7037235604674.989765950990.2600403404430.587657861272-0.0941004282777-0.833031353351-0.2472916053640.5407194145350.226718979445-0.6006577764450.006710191940630.363283942850.0923284748202-0.08480887169540.460311564731-0.03842470166680.374025390804-33.34553649-10.3926454469-42.1201905439
94.22268869182-5.382581245433.404179494189.27080481142-3.027501931063.800343455310.175053637646-0.08413653042370.494163280411-0.2000896598990.284771338739-0.089737135735-0.219498800642-0.594034933576-0.3502982939190.4728400134610.100891600658-0.01845686662070.498836878665-0.07414431129250.59102406359-39.99602797218.27594809458-31.8160390206
103.793269771811.57890108460.2575543236986.59865444879-0.2655905955995.75420473508-0.2804527315350.113144168020.0967160471639-0.4141007529210.1487512307490.06174834264740.06294673061320.2333928802720.07546945709420.4313915874460.1722151496370.01333929593780.596018071391-0.1709633021590.45319648022-57.777113419218.0634482902-47.0009364181
110.9136230876822.17261612906-0.7654481737618.519326067460.1357926098932.157701267850.2174156797150.637880636098-0.266860279765-0.5287865910410.03239563565970.730813419735-0.672365891552-0.197788262683-0.03188845043560.4127400832510.161646469995-0.04036514559480.607904495068-0.08922552059280.537351399564-57.688830154928.297749805-43.1526127541
129.09851426719-3.72999028733-3.154764695753.104250857663.096839536584.93870375205-0.451984576338-0.273454116728-0.7379110218190.9262610566780.2558075927920.09338768461311.087177450170.3772341891180.3012447115310.6595368607290.248623061645-0.06696318840350.628851922114-0.06459332397390.647085657638-51.586048291213.0671682537-39.1209172941
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155.48437613317-1.962164208420.5356829589893.49514229028-5.04026031438.44123551828-0.273558009303-0.1753551051560.3588626505441.12945794015-0.388428232532-1.25248327977-0.2918782955151.172702797030.6589554325430.5040565773820.148231567262-0.1521064021540.661276513123-0.07157007060370.622084798441-45.358621697620.5355869063-35.8072207611
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 80 through 98 )CE80 - 9877 - 95
22chain 'C' and (resid 99 through 110 )CE99 - 11096 - 107
33chain 'A' and (resid 1 through 38 )AA1 - 381 - 38
44chain 'A' and (resid 39 through 85 )AA39 - 8539 - 85
55chain 'A' and (resid 86 through 135 )AA86 - 13586 - 135
66chain 'B' and (resid 10 through 38 )BD10 - 381 - 29
77chain 'B' and (resid 39 through 82 )BD39 - 8230 - 73
88chain 'B' and (resid 83 through 111 )BD83 - 11174 - 102
99chain 'B' and (resid 112 through 139 )BD112 - 139103 - 130
1010chain 'C' and (resid 4 through 14 )CE4 - 141 - 11
1111chain 'C' and (resid 15 through 25 )CE15 - 2512 - 22
1212chain 'C' and (resid 26 through 35 )CE26 - 3523 - 32
1313chain 'C' and (resid 36 through 51 )CE36 - 5133 - 48
1414chain 'C' and (resid 52 through 68 )CE52 - 6849 - 65
1515chain 'C' and (resid 69 through 79 )CE69 - 7966 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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