PDB-8s2f: Crystal structure of Borrelia burgdorferi paralogous family 12 ou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s2f

タイトル

Crystal structure of Borrelia burgdorferi paralogous family 12 outer surface protein BBH37

要素

Lipoprotein, putative

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / paralogous protein / PFam12

機能・相同性

Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein, putative

機能・相同性情報

生物種

Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Brangulis, K.

資金援助

Latvia, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Borrelia burgdorferi outer surface protein BBH37
著者: Brangulis, K.

履歴

登録	2024年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s2f.cif.gz	85.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s2f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s2pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lipoprotein, putative

BBB: Lipoprotein, putative

42.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.710, 90.920, 115.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipoprotein, putative 分子量: 21136.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first 4 residues (GAMG) are remnants from the expression tag. 由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア) 遺伝子: BB_H37 / プラスミド: pETm-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O50692
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6 20% PEG 4000 20% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→90.92 Å / Num. obs: 11500 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 1471 / CC_1/2: 0.962 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→71.382 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.86 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.442 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3099	596	5.205 %
R_work	0.2213	10854	-
all	0.226	-	-
obs	-	11450	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.645 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.017 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.009 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.026 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→71.382 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2888	0	0	29	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.016	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.639	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.264	1.596	6718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.872	5	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.619	23.636	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.65	15	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.429	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.065	0.2	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.147	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.186	4.483	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.174	4.481	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.059	6.721	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.06	6.723	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.902	5.115	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.901	5.115	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.504	7.431	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.503	7.433	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.029	53.851	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.029	53.879	3297

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.414	38	0.297	764	0.303	802	0.764	0.792	100	0.272
2.77-2.846	0.415	51	0.292	764	0.3	815	0.785	0.822	100	0.262
2.846-2.928	0.373	34	0.266	748	0.27	782	0.736	0.862	100	0.241
2.928-3.018	0.363	43	0.252	718	0.258	761	0.826	0.862	100	0.225
3.018-3.117	0.366	51	0.221	704	0.229	755	0.815	0.902	100	0.205
3.117-3.226	0.308	39	0.22	667	0.225	707	0.883	0.91	99.8586	0.208
3.226-3.348	0.335	38	0.221	649	0.227	687	0.867	0.91	100	0.206
3.348-3.484	0.341	23	0.204	659	0.208	682	0.865	0.922	100	0.194
3.484-3.639	0.237	31	0.223	613	0.223	645	0.912	0.906	99.845	0.214
3.639-3.816	0.335	28	0.242	602	0.247	631	0.866	0.891	99.8415	0.225
3.816-4.021	0.323	27	0.227	542	0.232	569	0.875	0.9	100	0.22
4.021-4.265	0.263	31	0.211	542	0.214	573	0.904	0.913	100	0.202
4.265-4.558	0.285	32	0.186	500	0.193	532	0.899	0.936	100	0.186
4.558-4.921	0.202	26	0.191	467	0.192	493	0.936	0.939	100	0.188
4.921-5.388	0.272	20	0.202	452	0.205	472	0.894	0.935	100	0.2
5.388-6.02	0.46	25	0.254	388	0.265	413	0.861	0.895	100	0.244
6.02-6.943	0.353	25	0.28	352	0.286	378	0.89	0.891	99.7355	0.278
6.943-8.484	0.283	18	0.206	307	0.211	325	0.932	0.943	100	0.217
8.484-11.914	0.193	10	0.138	257	0.14	267	0.949	0.974	100	0.162
11.914-71.382	0.263	6	0.222	158	0.224	166	0.974	0.949	98.7952	0.29

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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