PDB-8s1y: ThaOS V79A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s1y

タイトル

ThaOS V79A

要素

8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

キーワード

LIGASE / Alpha-oxoamine synthase / PLP / L-penicillamine / thermophilic / synthase / biocatalyst

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine C-acetyltransferase / glycine C-acetyltransferase activity / 8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Basle, A. / Ashley, B. / Campopiano, D.J. / Marles-wright, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ThAOS V79A variant with PLP-L-penicillamine thiazolidine ligand
著者: Ashley, B. / Basle, A. / Marles-Wright, J. / Campopiano, J.D.

履歴

登録	2024年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s1y.cif.gz	333.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s1y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/8s1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/8s1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

94.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.430, 63.940, 65.970
Angle α, β, γ (deg.)	64.800, 70.290, 68.180
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 395 / Label seq-ID: 27 - 420

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / AONS/AKB ligase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8- ...AONS/AKB ligase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase / Alpha-oxoamine synthase / Glycine acetyltransferase 分子量: 46557.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: TTHA1582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SHZ8, glycine C-acetyltransferase, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1H4V / (2~{R},4~{R})-5,5-dimethyl-2-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid 分子量: 378.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₂O₇PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: (30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate, 30 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES/MOPS pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG1000 and 12.5% (w/v) PEG3350), P21 (30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium ...詳細: (30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate, 30 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES/MOPS pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG1000 and 12.5% (w/v) PEG3350), P21 (30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM HEPES/MOPS pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG1000 and 12.5% (w/v) PEG3350)

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.39 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate, 30 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES/MOPS pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG1000 and 12.5% (w/v) PEG3350), P21 (30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→43.76 Å / Num. obs: 118545 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 11721 / CC_1/2: 0.521

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
MolProbity		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→43.758 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.553 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	5892	4.97 %
R_work	0.159	112653	-
all	0.161	-	-
obs	-	118545	96.063 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.931 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.443 Å²	0.145 Å²	0.201 Å²
2-	-	0.231 Å²	0.005 Å²
3-	-	-	0.236 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.758 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6137	0	96	555	6788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	6364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.069	1.666	8624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.656	1.579	14375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.251	5	797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.686	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.48	10	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.324	10	272
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.018	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	5765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.471	2.377	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.471	2.377	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.087	4.266	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.087	4.267	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.353	2.837	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.353	2.837	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.077	4.991	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.076	4.991	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.664	28.28	7212
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.664	28.279	7213
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.091	0.05	12411

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09071	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09071	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.296	426	0.282	8214	0.283	9142	0.936	0.944	94.5089	0.272
1.539-1.581	0.273	450	0.256	7986	0.257	8892	0.949	0.955	94.8718	0.24
1.581-1.627	0.277	407	0.239	7790	0.241	8625	0.952	0.962	95.0377	0.218
1.627-1.677	0.262	370	0.209	7628	0.211	8392	0.957	0.972	95.3051	0.186
1.677-1.732	0.252	360	0.198	7450	0.2	8174	0.96	0.975	95.5469	0.171
1.732-1.792	0.228	354	0.183	7192	0.186	7879	0.967	0.979	95.7736	0.157
1.792-1.86	0.247	353	0.181	6936	0.184	7571	0.963	0.98	96.2753	0.155
1.86-1.936	0.204	350	0.168	6751	0.17	7354	0.974	0.983	96.5597	0.147
1.936-2.022	0.226	323	0.168	6387	0.171	6955	0.969	0.983	96.4774	0.149
2.022-2.12	0.21	336	0.167	6155	0.169	6738	0.973	0.983	96.3342	0.153
2.12-2.234	0.203	311	0.156	5811	0.158	6356	0.974	0.985	96.3184	0.145
2.234-2.37	0.187	311	0.145	5511	0.147	6028	0.98	0.987	96.5826	0.139
2.37-2.533	0.175	261	0.155	5222	0.156	5679	0.98	0.986	96.5487	0.153
2.533-2.735	0.192	261	0.156	4853	0.158	5271	0.979	0.986	97.0214	0.159
2.735-2.995	0.209	245	0.156	4448	0.158	4832	0.976	0.986	97.1233	0.165
2.995-3.346	0.173	247	0.161	4028	0.162	4411	0.981	0.985	96.9168	0.176
3.346-3.86	0.16	185	0.153	3604	0.154	3876	0.985	0.987	97.7554	0.175
3.86-4.719	0.141	151	0.118	3054	0.119	3271	0.988	0.992	97.9823	0.148
4.719-6.635	0.198	129	0.143	2338	0.146	2532	0.983	0.99	97.4329	0.179
6.635-43.758	0.151	62	0.141	1295	0.141	1420	0.991	0.989	95.5634	0.176

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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