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万見
- PDB-8s1r: Crystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a SLiM internal ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s1r
タイトルCrystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a SLiM internal ligand
要素
  • F-box only protein 41
  • SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex / Inhibitor / SHANK1 PDZ / Internal ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / vocalization behavior / habituation ...somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / vocalization behavior / habituation / protein localization to synapse / ankyrin repeat binding / regulation of AMPA receptor activity / dendritic spine morphogenesis / Neurexins and neuroligins / positive regulation of dendritic spine development / social behavior / adult behavior / associative learning / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / long-term memory / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / SH3 domain binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / protein-containing complex assembly / scaffold protein binding / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / PDZ domain 6 / F-box-like domain superfamily / F-box-like / PDZ domain / F-box domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. ...: / : / PDZ domain 6 / F-box-like domain superfamily / F-box-like / PDZ domain / F-box domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / F-box only protein 41 / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.979 Å
データ登録者Li, Y. / Trinh, C.H. / Wilson, A.J.
資金援助 中国, 英国, 3件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council202008210289 中国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V003577/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/N013573/1 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024
タイトル: Biophysical and structural analyses of the interaction between the SHANK1 PDZ domain and an internal SLiM.
著者: Li, Y. / Trinh, C.H. / Acevedo-Jake, A. / Gimenez, D. / Warriner, S.L. / Wilson, A.J.
履歴
登録2024年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
BBB: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
CCC: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
DDD: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
EaE: F-box only protein 41
FaF: F-box only protein 41
GaG: F-box only protein 41
HaH: F-box only protein 41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,46512
ポリマ－53,2898
非ポリマー1764
水2,072115
1
AAA: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
EaE: F-box only protein 41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3663
ポリマ－13,3222
非ポリマー441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6750 Å2
手法PISA
2
BBB: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
FaF: F-box only protein 41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3663
ポリマ－13,3222
非ポリマー441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
3
CCC: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
GaG: F-box only protein 41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3663
ポリマ－13,3222
非ポリマー441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6800 Å2
手法PISA
4
DDD: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
HaH: F-box only protein 41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3663
ポリマ－13,3222
非ポリマー441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.101, 149.101, 64.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11EaE-201-

HOH

21EaE-207-

HOH

31EaE-209-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTRIP


分子量: 12341.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHANK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y566
#2: タンパク質・ペプチド
F-box only protein 41


分子量: 980.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TF61
#3: 化合物
ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8000, 0.018 M magnesium chloride, 0.018 M calcium chloride, 0.1 M tris pH 7.5, 0.1 M bicine pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.979→129.125 Å / Num. obs: 57199 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.979→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 1.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2827 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS3.11データ削減
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
REFMAC5.8.0258精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.979→129.125 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.431 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 3012 5.268 %
Rwork0.2158 54166 -
all0.217 --
obs-57178 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.681 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.787 Å20.393 Å20 Å2
2--0.787 Å20 Å2
3----2.553 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.979→129.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3596 0 12 115 3723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.6524957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2361.5788131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6815460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74522.246187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31315642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0861523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1650.23131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1530.21721
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.21778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1050.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2390.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4264.7591869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4264.7581868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1797.112319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1787.1112320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9495.2991805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9495.2991805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2737.7782639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2737.7782639
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.82254.5613686
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.82654.553675
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc workWRfactor Rwork
1.979-2.0310.3352130.31239950.31342080.7210.7150.299
2.031-2.0870.2832120.338400.29940520.7570.7490.288
2.087-2.1470.2962070.28737860.28739930.7810.7820.268
2.147-2.2130.2582150.26236560.26238710.8540.8430.239
2.213-2.2860.2832100.24735520.24937620.8720.8730.219
2.286-2.3660.2922290.2533970.25336260.8560.8720.221
2.366-2.4550.3041710.2433320.24435030.8760.8880.21
2.455-2.5550.2461790.23731810.23733600.9010.9070.207
2.555-2.6690.2871720.22430760.22732480.8910.9110.193
2.669-2.7990.231640.22229510.22231150.9290.930.195
2.799-2.950.2821560.2327480.23329040.8920.9180.202
2.95-3.1290.2531360.23926830.23928190.910.9180.216
3.129-3.3450.241380.23424910.23426290.9370.9250.216
3.345-3.6130.231230.21223270.21324500.9350.9490.201
3.613-3.9580.2061210.19521580.19522790.9480.950.187
3.958-4.4240.178950.16719590.16720540.9640.9660.167
4.424-5.1080.172740.15817450.15918190.970.9710.163
5.108-6.2530.222890.19514690.19615580.9610.9650.192
6.253-8.8330.215560.20911550.20912110.9350.9440.215
8.833-129.1250.21520.2116640.2117160.9580.9540.251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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