PDB-8s16: c-KIT kinase domain in complex with imatinib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s16

タイトル

c-KIT kinase domain in complex with imatinib

要素

Mast/stem cell growth factor receptor Kit

キーワード

TRANSFERASE / stem cell factor receptor / GIST / KIT / inhibitor / imatinib / resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / stem cell factor receptor activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Kit signaling pathway / tongue development / : / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / positive regulation of dendritic cell cytokine production / mast cell chemotaxis / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell differentiation / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / immature B cell differentiation / germ cell migration / erythropoietin-mediated signaling pathway / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of KIT signaling / megakaryocyte development / growth factor binding / mast cell degranulation / stem cell population maintenance / pigmentation / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / T cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / spermatid development / ectopic germ cell programmed cell death / response to cadmium ion / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / ovarian follicle development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / acrosomal vesicle / SH2 domain binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / B cell differentiation / epithelial cell proliferation / erythrocyte differentiation / cell chemotaxis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / stem cell differentiation / Signaling by SCF-KIT / receptor protein-tyrosine kinase / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / male gonad development / fibrillar center / cytokine-mediated signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / protease binding / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Teuber, A. / Mueller, M.P. / Rauh, D.

資金援助

ドイツ, European Union, 5件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	RA 1055/3-2	ドイツ
European Regional Development Fund	EFRE-800400	European Union
German Federal Ministry for Education and Research	01ZX2201B	ドイツ
Other government	NW21-062C
Other private	Ex-2021-0033

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: c-KIT kinase domain in complex with imatinib
著者: Teuber, A. / Niggenaber, J. / Kleinboelting, S.B. / Landel, I. / Warmuth, J. / Busick, D. / Bauer, S. / Rauh, D.

履歴

登録	2024年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s16.cif.gz	315.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s16.ent.gz	211.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s16_validation.pdf.gz	878.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s16_full_validation.pdf.gz	876 KB	表示
XML形式データ	8s16_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	8s16_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/8s16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/8s16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (5) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (5)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

ヘテロ分子

75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.230, 90.140, 90.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog 分子量: 37194.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB 分子量: 493.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₁N₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: protein concentration: 6 mg/mL, 18% PEG3350, 100 mM Na3-citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00006 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00006 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.43 Å / Num. obs: 61778 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.62 % / B_iso Wilson estimate: 37.05 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 4674 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	1.20.1_4487	データ抽出
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→40.38 Å / SU ML: 0.2574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	3088	5 %
R_work	0.176	58669	-
obs	0.1775	61757	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4675	0	77	420	5172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	4925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7999	6677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0528	710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0851	1809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.88	0.448	138	0.4084	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.88-1.91	0.3424	139	0.3341	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.91-1.94	0.3223	137	0.2768	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.2933	139	0.2325	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.98-2.02	0.2363	139	0.2085	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2626	139	0.2092	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.1	0.2576	139	0.2161	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.1-2.15	0.2208	138	0.2155	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.2	0.2334	141	0.1803	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.2-2.26	0.223	137	0.1823	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.33	0.265	142	0.1772	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.41	0.2143	138	0.181	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.49	0.2292	140	0.1792	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.49-2.59	0.2076	140	0.1868	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.71	0.234	139	0.1927	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.85	0.2621	141	0.1908	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.03	0.2367	142	0.1939	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.26	0.1917	140	0.1842	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.59	0.1836	142	0.1655	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-4.11	0.1808	143	0.1432	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-5.18	0.1651	144	0.1361	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-40.38	0.1788	151	0.1693	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.50168647808	0.779100508747	-0.934739418499	2.60257246494	-0.0430998571512	2.79959213086	0.091789553604	-0.164248868517	0.190228089142	0.233536872154	-0.0584394316788	0.185388184458	-0.00464214371968	-0.0482114676615	-0.0389893553388	0.293364716018	0.0380338734838	-0.0199933815054	0.274731941988	-0.00993514653694	0.25038816925	-32.7304808506	16.5202955625	-2.31866995195
2	2.37879444623	0.377365677541	-0.0195972644519	3.65970541606	-0.0932601880808	3.6873895022	-0.0683615811192	-0.095831097666	0.095693669982	0.0900911104039	-0.0138794779647	0.256958498264	-0.0574372136267	-0.382527382898	0.0932581194687	0.231239086679	0.0317859385816	0.0240728847018	0.270408346344	-0.0149742926702	0.221567217844	-35.4573217818	12.4874982248	-1.84547991416
3	3.54814205296	-0.140942010407	-1.58158491114	3.04423060917	-0.296831351421	9.13403415955	0.0620166328728	-0.086042666205	0.370795632757	0.0630429976246	-0.0659755826514	0.13984861472	-0.672266218101	-0.184056463434	-0.0217603897957	0.255401166002	0.0350281676102	-0.013340589091	0.307026478209	-0.0118629321892	0.346869110248	-36.3934847782	17.0313945369	-7.2310215287
4	2.48050990808	-1.32631606817	-1.89445233483	6.49658261355	5.15294157644	7.86225732237	-0.108525811474	0.245575114702	-0.467766858482	-0.18237885404	-0.371030993702	0.547273539612	0.58717762619	-0.560233968889	0.457364201652	0.350283964484	-0.0468755039998	0.0110967276946	0.263064186907	0.0165190837965	0.349708661807	-35.9025437643	-0.564937538186	-17.0287683732
5	0.779272472055	0.831834889025	1.53351644065	2.279017259	0.967865780665	3.36136138572	0.105558956504	1.17751610618	-0.395526730646	0.118012796482	-0.0918850530788	1.6213224863	0.989122123357	-1.79422155321	0.18735478582	0.560284783246	-0.141006150661	-0.101965905213	0.827746170034	-0.18294604305	0.741936020021	-41.4751043589	-5.93378575062	-32.6141537012
6	1.60794835256	0.743191602004	-0.190858949358	3.30337993653	0.790679701253	3.18584828454	-0.0345005855064	0.166001141545	0.0526574101504	-0.139652435878	-0.0517106004018	0.273117554261	-0.0150369953822	-0.195948738621	0.108208042503	0.236484722934	0.0422182367383	-0.0123211658876	0.290018377521	-0.0053513657593	0.27929943513	-29.7174680905	9.70523347566	-21.2679429333
7	3.21287490212	-0.342128897453	-2.10887770439	4.03910828593	0.198514495626	3.57890987618	-0.222221178159	-0.517848888998	-0.478570292208	0.483466934756	0.079798565044	-0.121561873603	0.428895267884	0.542266715995	0.134974728736	0.35521473454	0.0734190904414	-0.0252333284626	0.368419644702	0.0315848301455	0.283258109259	-19.2044782496	0.724417390968	-8.39752525501
8	1.77290889679	0.48084036298	-0.128993526526	2.87071758246	0.663896284519	3.25793248434	-0.0250051217959	0.0027580872601	-0.220467438874	-0.151499377238	0.0544227338473	-0.357543511623	0.201039394011	0.412044724299	-0.0394857204477	0.258562467522	0.065903979052	0.0300190043116	0.322476360672	-0.00420328801252	0.324043582468	-14.6353893088	2.65690362683	-23.8851286965
9	8.86003994349	2.20893835424	3.21495161802	8.3875598094	2.58446340737	1.96974743293	-0.268286814668	0.837737311802	0.366323746094	-1.07664335102	-0.0207694637075	0.677603832443	-0.881822829326	-0.182445900543	0.280664376437	0.431512362389	0.0501569144247	-0.0210660256036	0.406919048472	0.0452347922233	0.291548626501	-27.2654966793	12.4869265494	-35.0798216906
10	2.49188758351	1.52719488019	1.34117007882	3.79812020622	1.14557502797	6.00875506585	-0.24166828795	-0.0602909931941	0.686086404183	-0.70008393743	0.0545322794268	-0.351661364948	-0.964540086821	-0.214548874422	0.204450152037	0.822384999509	0.0491665631071	0.130079812038	0.350099490107	-0.00827177335819	0.707244462135	-55.8812726443	19.893089662	-23.1014328347
11	6.28983879761	1.57115247548	4.15022399667	2.78733219688	1.84314114791	7.69451765498	-0.645834770712	0.192097931219	0.345864618378	-0.62156242606	0.322217059282	-0.771045774949	-1.10648353182	0.235323764814	0.311076645864	0.633562378624	-0.00228186509017	0.0838933702015	0.266944939891	0.00402480229284	0.717482974173	-52.838074725	17.3053414806	-23.0747630439
12	4.61750884448	1.44142840896	-1.07931468958	7.28078407652	-0.261865275332	7.68677178389	-0.201393990957	0.369859660707	0.723975661425	-0.639656982202	0.217720210583	0.542700809545	-0.828485084751	-0.974992577826	0.00731851025562	0.519066662517	0.0832406605253	-0.0296448847669	0.430529534672	0.013048443621	0.587831065226	-68.7888009449	17.0839648671	-22.8111802358
13	4.20799280791	1.9769229283	-0.638395559358	2.09193581626	-0.589368086018	3.9803769853	0.250711993661	-0.149873588223	0.499275159851	0.447675878515	-0.261841839904	-0.430931738767	-0.528080518392	0.125336030746	-0.0272420829805	0.625184054384	0.05269030754	-0.0655414335006	0.329723136716	-0.0557013483192	0.529783128518	-60.0891022584	15.8020083837	-16.4391696277
14	3.40917599858	-0.483274187028	-0.174092784826	7.9168822799	0.018249053198	2.51484367317	0.0689973551581	-0.178145432988	-0.220542933107	0.0334157088077	0.00799085376992	-1.70448502616	0.0536737343755	0.458957146558	-0.0195563804711	0.316035552734	-0.0136522707559	-0.0337112165624	0.367495215915	0.0252479225795	0.653481519234	-51.7443760917	-4.24769320273	-19.2150877565
15	2.61942825023	1.65778395255	0.223366375942	6.43678281136	0.687192067472	3.9530565521	0.0713525126345	-0.00283799820434	0.189261748018	0.110501761993	-0.00184732754514	0.0267234983062	-0.343060891421	-0.187027066241	-0.0469361887944	0.220260130454	0.0298118072298	0.00840105121373	0.215202634346	0.0121988611682	0.253788635863	-66.8042839057	-3.42109663697	-22.1804310413
16	3.82830641211	1.12741995459	1.13489107172	8.5306608598	-1.02331398726	9.17803701859	0.0288763738905	0.38690066164	0.0464831736657	-0.674930104179	0.0328183725104	0.417047983345	0.510310888196	-0.528664297808	-0.115225399297	0.262177871634	-0.0426497142266	0.000732314471151	0.286597555837	-0.00278597059318	0.274108348436	-71.9512705972	-17.5149752855	-26.2447232512
17	3.80367672554	-0.101643046298	0.105316685859	7.24965001472	0.0278074046456	5.07266970127	0.08631797671	-0.648936611912	0.0862631091678	1.34793146552	-0.0311322849124	0.131221167998	-0.0711123726425	-0.312585837957	-0.036756541887	0.476173989751	-0.0342723713888	0.0497437435205	0.341784064128	-0.0162141646969	0.244412009334	-71.4122506989	-11.8256432811	-9.87643706285

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 566 through 600 )	A	A	566 - 600	1 - 35
2	2	chain 'A' and (resid 601 through 647 )	A	A	601 - 647	36 - 82
3	3	chain 'A' and (resid 648 through 666 )	A	A	648 - 666	83 - 101
4	4	chain 'A' and (resid 667 through 688 )	A	A	667 - 688	102 - 123
5	5	chain 'A' and (resid 689 through 765 )	A	A	689 - 765	124 - 139
6	6	chain 'A' and (resid 766 through 808 )	A	A	766 - 808	140 - 182
7	7	chain 'A' and (resid 809 through 837 )	A	A	809 - 837	183 - 211
8	8	chain 'A' and (resid 838 through 916 )	A	A	838 - 916	212 - 290
9	9	chain 'A' and (resid 917 through 932 )	A	A	917 - 932	291 - 306
10	10	chain 'B' and (resid 578 through 600 )	B	C	578 - 600	1 - 23
11	11	chain 'B' and (resid 601 through 630 )	B	C	601 - 630	24 - 53
12	12	chain 'B' and (resid 631 through 647 )	B	C	631 - 647	54 - 70
13	13	chain 'B' and (resid 648 through 666 )	B	C	648 - 666	71 - 89
14	14	chain 'B' and (resid 667 through 765 )	B	C	667 - 765	90 - 118
15	15	chain 'B' and (resid 766 through 876 )	B	C	766 - 876	119 - 229
16	16	chain 'B' and (resid 877 through 896 )	B	C	877 - 896	230 - 249
17	17	chain 'B' and (resid 897 through 931 )	B	C	897 - 931	250 - 284

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)