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万見
- PDB-8s0v: Crystal structure of Cryptosporidium parvum - Trypanosoma cruzi m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s0v
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium parvum - Trypanosoma cruzi mutant lysyl tRNA synthetase in complex with inhibitor
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / TRNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dawson, A. / Wyllie, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust218448/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: Antitrypanosomal quinazolines targeting lysyl-tRNA synthetase show partial efficacy in a mouse model of acute Chagas disease.
著者: Tulloch, L.B. / Tawell, H. / Taylor, A.E. / Lima, M.L. / Dawson, A. / Carvalho, S. / Wall, R.J. / Corpas-Lopez, V. / Dey, G. / Duggan, J. / Magalhaes, L.G. / Torrie, L.S. / Frame, L. / ...著者: Tulloch, L.B. / Tawell, H. / Taylor, A.E. / Lima, M.L. / Dawson, A. / Carvalho, S. / Wall, R.J. / Corpas-Lopez, V. / Dey, G. / Duggan, J. / Magalhaes, L.G. / Torrie, L.S. / Frame, L. / Robinson, D. / Patterson, S. / Tinti, M. / Weaver, G.W. / Robinson, W.J. / Cal, M. / Kaiser, M. / Maser, P. / Sjo, P. / Perry, B. / Kelly, J.M. / Francisco, A.F. / Bhambra, A.S. / Wyllie, S.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年7月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
解説: Ligand geometry
詳細: OXT atom of bound lysine was lost during deposition and has been replaced.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,02013
ポリマ－123,3952
非ポリマー1,62611
水13,583754
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.136, 116.697, 142.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 45 - 544 / Label seq-ID: 22 - 521

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 61697.266 Da / 分子数: 2 / 変異: I538L, A309S, M310V, I290L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd4_2370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR27, lysine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 765分子

#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-A1H4X / ~{N}7-cyclopentyl-5,6,8-tris(fluoranyl)-2-methyl-quinazoline-4,7-diamine


分子量: 296.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15F3N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein buffer: 25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 0.5 mM TCEP, pH 7, 30 mg/ml Reservoir: 0.2 M Li2SO4, 14-18% PEG3350, 0.1 M tris pH 7.4-7.8
PH範囲: 7.2-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→58.35 Å / Num. obs: 160925 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 19.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.033 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.212 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 62276 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.635 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→58.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.721 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 8146 5.065 %
Rwork0.184 152691 -
all0.185 --
obs-160837 99.697 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.063 Å2-0 Å20 Å2
2--0.809 Å2-0 Å2
3----0.872 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→58.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8031 0 109 754 8894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0128347
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.85711256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6471.76518249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8945991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.7525.18554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg2.469102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55101508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.22610395
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.029555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21494
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.27333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.24026
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.24377
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2470.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1530.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1790.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1322.2293973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1322.2283971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9093.9964953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9093.9964954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4662.5744374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4642.5754371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1374.5636301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1364.5636296
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.13822.8579410
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.11322.5059252
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0880.0516062
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.088310.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.088310.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.2945730.2810785X-RAY DIFFRACTION96.1239
1.642-1.6860.2785670.25310924X-RAY DIFFRACTION99.8696
1.686-1.7350.2415490.22210630X-RAY DIFFRACTION100
1.735-1.7890.2525290.21610405X-RAY DIFFRACTION99.9817
1.789-1.8470.2345330.1979972X-RAY DIFFRACTION99.981
1.847-1.9120.2235220.1919737X-RAY DIFFRACTION100
1.912-1.9840.2065380.1819324X-RAY DIFFRACTION99.9899
1.984-2.0650.2124730.1829009X-RAY DIFFRACTION100
2.065-2.1570.2334640.1828704X-RAY DIFFRACTION100
2.157-2.2620.1974280.1788289X-RAY DIFFRACTION99.9771
2.262-2.3840.1864260.1687907X-RAY DIFFRACTION100
2.384-2.5280.2074050.1697489X-RAY DIFFRACTION100
2.528-2.7030.2163970.1797036X-RAY DIFFRACTION100
2.703-2.9190.2293600.186595X-RAY DIFFRACTION100
2.919-3.1960.2033210.1866051X-RAY DIFFRACTION100
3.196-3.5720.2062960.1885510X-RAY DIFFRACTION100
3.572-4.1220.1842570.1734917X-RAY DIFFRACTION99.9807
4.122-5.0430.1812360.1544158X-RAY DIFFRACTION100
5.043-7.1050.2161540.1963320X-RAY DIFFRACTION100
7.105-58.350.1691180.1811930X-RAY DIFFRACTION99.9024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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