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- PDB-8s0u: Structure of the LytM domain of PrgK from E. faecalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s0u
タイトルStructure of the LytM domain of PrgK from E. faecalis
要素PrgK
キーワードHYDROLASE / peptidoglycan hydrolases / LytM family / degenerate / regulatory
機能・相同性Phage tail lysozyme / Phage tail lysozyme / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / membrane / PrgK
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sun, W.-S. / Berntsson, R.P.-A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
Swedish Research Council2023-02423 スウェーデン
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Breaking barriers: pCF10 type 4 secretion system relies on a self-regulating muramidase to modulate the cell wall.
著者: Sun, W.-.S. / Torrens, G. / Ter Beek, J. / Cava, F. / Berntsson, R.P.-.A.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgK
B: PrgK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7022
ポリマ－60,7022
非ポリマー00
水12,484693
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area25500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.320, 53.690, 56.350
Angle α, β, γ (deg.)63.300, 70.370, 70.160
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: タンパク質 PrgK


分子量: 30350.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: OG1RF pCF10 / 遺伝子: prgK / プラスミド: p7XNH3 / 詳細 (発現宿主): T7 promoter; N-terminal His tag
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5G3P4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate, pH 4.6, 30 % w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→49.13 Å / Num. obs: 76646 / % possible obs: 93.35 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 16.27 Å2 / CC1/2: 0.911 / CC star: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.08493 / Rrim(I) all: 0.1201 / Net I/σ(I): 6.98
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / Rmerge(I) obs: 0.2961 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 7437 / CC1/2: 0.797 / CC star: 0.942 / Rrim(I) all: 0.4187 / % possible all: 90.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→49.13 Å / SU ML: 0.156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.0897
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 3773 2.61 %
Rwork0.1767 140875 -
obs0.1775 76646 93.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4236 0 0 693 4929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01214365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08965916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0845653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0174757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3483566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.3271600.26675078X-RAY DIFFRACTION85.95
1.52-1.540.2341400.25625120X-RAY DIFFRACTION86.2
1.54-1.560.28141190.24325054X-RAY DIFFRACTION84.94
1.56-1.580.28481390.23634876X-RAY DIFFRACTION83.03
1.58-1.610.29481300.22974887X-RAY DIFFRACTION81.92
1.61-1.630.24871250.21075099X-RAY DIFFRACTION86.43
1.63-1.660.2441400.20265221X-RAY DIFFRACTION87.71
1.66-1.690.20211370.19765089X-RAY DIFFRACTION86.15
1.69-1.720.25051190.18665106X-RAY DIFFRACTION85.8
1.72-1.750.21771560.18645122X-RAY DIFFRACTION86.3
1.75-1.790.24481300.18275161X-RAY DIFFRACTION87.43
1.79-1.820.21641290.18145162X-RAY DIFFRACTION87.43
1.82-1.870.21611600.18775178X-RAY DIFFRACTION87.02
1.87-1.910.23121300.18725112X-RAY DIFFRACTION86.36
1.91-1.970.18111400.16535053X-RAY DIFFRACTION86.12
1.97-2.020.1771250.16234987X-RAY DIFFRACTION84.64
2.02-2.090.1741450.165035X-RAY DIFFRACTION84.04
2.09-2.160.19391260.16364649X-RAY DIFFRACTION79
2.16-2.250.24821210.15774922X-RAY DIFFRACTION82.4
2.25-2.350.23891500.18095213X-RAY DIFFRACTION88.21
2.35-2.480.17451370.17715517X-RAY DIFFRACTION93.89
2.48-2.630.18561550.17985728X-RAY DIFFRACTION96.25
2.63-2.830.24331530.17325794X-RAY DIFFRACTION97.17
2.83-3.120.1881630.18125720X-RAY DIFFRACTION96.92
3.12-3.570.19131410.16345701X-RAY DIFFRACTION96.09
3.57-4.50.2091490.16165578X-RAY DIFFRACTION94.41
4.5-49.130.18541540.17145713X-RAY DIFFRACTION96.5
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.96482453218 Å / Origin y: -13.7921827857 Å / Origin z: -1.98404020609 Å
111213212223313233
T0.0842030549428 Å2-0.0111010903576 Å20.00959879858028 Å2-0.128120427572 Å20.00752790945118 Å2--0.0992155700613 Å2
L0.291516500892 °2-0.13894165229 °2-0.0153061752223 °2-0.858077694436 °20.0124386448887 °2--0.227395811715 °2
S-0.00259639929856 Å °0.00281782289421 Å °0.00166277527665 Å °-0.017657108207 Å °0.00125954810088 Å °-0.022676741135 Å °-0.00640518545527 Å °-0.0283977366551 Å °0.00215656707177 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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