+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s0o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A fragment-based inhibitor of SHP2 | ||||||
要素 | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / protein tyrosine phophatase / SH2 domain (SH2ドメイン) / autoinhibition / allostery (アロステリック効果) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of hormone secretion ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of hormone secretion / cerebellar cortex formation / multicellular organismal reproductive process / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / hormone metabolic process / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / negative regulation of chondrocyte differentiation / MET activates PTPN11 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / face morphogenesis / ERBB signaling pathway / Costimulation by the CD28 family / Signal regulatory protein family interactions / peptide hormone receptor binding / negative regulation of type I interferon production / platelet formation / megakaryocyte development / organ growth / triglyceride metabolic process / CTLA4 inhibitory signaling / Platelet sensitization by LDL / Interleukin-20 family signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / Prolactin receptor signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / PECAM1 interactions / phosphoprotein phosphatase activity / Bergmann glial cell differentiation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / inner ear development / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / RET signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / Regulation of IFNA/IFNB signaling / PD-1 signaling / negative regulation of insulin secretion / regulation of protein-containing complex assembly / ephrin receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / GPVI-mediated activation cascade / cell adhesion molecule binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Tie2 Signaling / T cell costimulation / FLT3 Signaling / positive regulation of interferon-beta production / hormone-mediated signaling pathway / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of mitotic cell cycle / Downstream signal transduction / 軸索誘導 / protein dephosphorylation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / protein tyrosine kinase binding / プロテインチロシンホスファターゼ / DNA damage checkpoint signaling / protein tyrosine phosphatase activity / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of glucose import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Spry regulation of FGF signaling / brain development / insulin receptor binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.834 Å | ||||||
データ登録者 | Cleasby, A. / Price, A. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Fragment-Based Discovery of Allosteric Inhibitors of SH2 Domain-Containing Protein Tyrosine Phosphatase-2 (SHP2). 著者: Day, J.E.H. / Berdini, V. / Castro, J. / Chessari, G. / Davies, T.G. / Day, P.J. / St Denis, J.D. / Fujiwara, H. / Fukaya, S. / Hamlett, C.C.F. / Hearn, K. / Hiscock, S.D. / Holvey, R.S. / ...著者: Day, J.E.H. / Berdini, V. / Castro, J. / Chessari, G. / Davies, T.G. / Day, P.J. / St Denis, J.D. / Fujiwara, H. / Fukaya, S. / Hamlett, C.C.F. / Hearn, K. / Hiscock, S.D. / Holvey, R.S. / Ito, S. / Kandola, N. / Kodama, Y. / Liebeschuetz, J.W. / Martins, V. / Matsuo, K. / Mortenson, P.N. / Muench, S. / Nakatsuru, Y. / Ochiiwa, H. / Palmer, N. / Peakman, T. / Price, A. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Shah, A. / Shibata, Y. / Smyth, T. / Twigg, D.G. / Wallis, N.G. / Williams, G. / Wilsher, N.E. / Woodhead, A. / Shimamura, T. / Johnson, C.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8s0o.cif.gz | 433 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8s0o.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8s0o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0o | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8rzwC 8rzyC 8s01C 8s04C 8s06C 8s07C 8s0hC 8s0iC 8s0jC 8s0kC 8s0pC 8s0qC 8s0sC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61899.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q06124, プロテインチロシンホスファターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子量: 460.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25ClN8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.5M K formate 15% PEG 3350 0.1M pH=8 Bis-Tris propane/HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→106.56 Å / Num. obs: 91485 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3 % / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.89 Å / 冗長度: 2.47 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6714 / Rrim(I) all: 0.422 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.834→106.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.136 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.768 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.834→106.56 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.834→1.85 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|