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- PDB-8s0n: Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s0n
タイトルCrystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07
要素
  • Transmembrane protease serine 2
  • nanobody A07
キーワードPROTEASE/NANOBODY INHIBITOR / PROTEASE / NANOBODY / INHIBITOR / ZYMOGEN / PROTEIN BINDING / PROTEASE-NANOBODY INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protease serine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Duquerroy, S. / Fernandez, I. / Rey, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into TMPRSS2 maturation and HKU1 binding
著者: Fernandez, I. / Saunders, N. / Duquerroy, S. / Boland, W.H. / Arbabian, A. / Baquero, E. / Lafaye, P. / Haouz, A. / Buchrieser, J. / Schwartz, O. / Rey, F.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: TMPRSS2 is a functional receptor for human coronavirus HKU1
著者: Saunders, N. / Fernandez, I. / Planchais, C. / Michel, V. / Rajah, M.M. / Baquero Salazar, E. / Postal, J. / Porrot, F. / Guivel-Benhassine, F. / Blanc, C. / Chauveau-Le Friec, G. / Martin, A. ...著者: Saunders, N. / Fernandez, I. / Planchais, C. / Michel, V. / Rajah, M.M. / Baquero Salazar, E. / Postal, J. / Porrot, F. / Guivel-Benhassine, F. / Blanc, C. / Chauveau-Le Friec, G. / Martin, A. / Grzelak, L. / Oktavia, R.M. / Meola, A. / Ahouzi, O. / Hoover-Watson, H. / Prot, M. / Delaune, D. / Cornelissen, M. / Deijs, M. / Meriaux, V. / Mouquet, H. / Simon-Loriere, E. / van der Hoek, L. / Lafaye, P. / Rey, F. / Buchrieser, J. / Schwartz, O.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protease serine 2
B: nanobody A07
D: nanobody A07
C: Transmembrane protease serine 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9084
ポリマ－119,9084
非ポリマー00
水3,765209
1
A: Transmembrane protease serine 2
B: nanobody A07


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9542
ポリマ－59,9542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: nanobody A07
C: Transmembrane protease serine 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9542
ポリマ－59,9542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.869, 54.458, 165.822
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.393, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-647-

HOH

21C-629-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 148 through 211 or resid 224...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 148 through 211 or resid 223...
d_1ens_2(chain "B" and resid 2 through 130)
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1CYSCYSLYSLYSAA148 - 21144 - 107
d_12ens_1LYSLYSLEULEUAA224 - 373120 - 269
d_13ens_1PROPROASPASPAA375 - 491271 - 387
d_21ens_1CYSCYSLYSLYSCD148 - 21144 - 107
d_22ens_1LYSLYSLYSLYSCD223119
d_23ens_1LEULEULEULEUCD225 - 373121 - 269
d_24ens_1PROPROASPASPCD375 - 491271 - 387
d_11ens_2GLYGLYSERSERBB2 - 13015 - 143
d_21ens_2GLYGLYSERSERDC2 - 13015 - 143

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.801083851095, 0.0318298066048, 0.597705217416), (0.0370083431584, -0.999308416178, 0.00361550728095), (0.597406935054, 0.0192237552974, -0.801707802869)-26.5943169996, 31.4957693174, 78.3698554471
2given(0.789475898176, -0.00640227750856, 0.613748170704), (-0.00120756844041, -0.999959863273, -0.00887770363004), (0.613780374383, 0.00626759012576, -0.789451942385)-26.095137716, 31.5174700836, 78.2372922933

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10


分子量: 43922.445 Da / 分子数: 2 / 変異: S441A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2
#2: 抗体 nanobody A07


分子量: 16031.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 %w/v PEG 3000, 0.1 M imidazole (pH 8.0), 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 50880 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 40.89 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.259 / Net I/av σ(I): 6.598 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.236 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2545 / CC1/2: 0.316 / Rpim(I) all: 0.912 / Rrim(I) all: 2.417 / % possible all: 39.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDS0.6.6.0データ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOv3.350データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→24.42 Å / SU ML: 0.332 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.9624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 2556 5.03 %
Rwork0.2109 48268 -
obs0.2126 50824 82.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7036 0 0 209 7245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00377223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84069821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05691041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.73912567
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.617237415411
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.354945634533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.3759650.32391170X-RAY DIFFRACTION36.56
2.34-2.390.3358660.30831390X-RAY DIFFRACTION43.08
2.39-2.440.3345940.30211661X-RAY DIFFRACTION51.83
2.44-2.50.3778950.31551796X-RAY DIFFRACTION55.73
2.5-2.560.30371180.2892063X-RAY DIFFRACTION64.53
2.56-2.630.30951400.29582248X-RAY DIFFRACTION70.61
2.63-2.710.3261250.29592610X-RAY DIFFRACTION80.11
2.71-2.80.34281480.28562851X-RAY DIFFRACTION88.6
2.8-2.90.31811720.29233138X-RAY DIFFRACTION97.44
2.9-3.010.38331600.27263246X-RAY DIFFRACTION99.71
3.01-3.150.31091790.24353215X-RAY DIFFRACTION99.41
3.15-3.320.24881870.22333183X-RAY DIFFRACTION99.38
3.32-3.520.23391610.2153236X-RAY DIFFRACTION99.44
3.52-3.790.21661620.18543233X-RAY DIFFRACTION99.62
3.79-4.170.1921670.17273282X-RAY DIFFRACTION99.65
4.17-4.770.17411620.14593284X-RAY DIFFRACTION99.74
4.77-60.20311600.17463322X-RAY DIFFRACTION99.89
6-24.420.22391950.19023340X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.84926183934-0.199090430823-0.8669388905031.667767421990.3547811703652.82445485242-0.08577079450540.244259875344-0.08804058655370.1048517100920.04461771159750.342899441939-0.255065664296-0.6705136869790.001924858575410.2181139118140.09114762346910.01232586579810.3716759218980.04391310414920.333725497546-19.267729940918.632601292218.2186356152
22.00069520131.06878144156-0.2827913380953.23671362544-0.4394160884381.41001334202-0.0371068859587-0.102374746766-0.1348632090830.325342232434-0.0357360400306-0.3954321220030.1816810585250.2588921150820.03977793908530.2782479802650.123200690711-0.04120420870690.258455829177-0.003423770405250.3918686352426.8786477252644.111501850319.3547983095
31.37140506908-0.4293051815210.3798671665532.6817107743-0.2712028664931.94696167580.163173815957-0.0603594985850.03663486331550.404791313458-0.0901050381156-0.452803323965-0.1397096205120.4104902348370.006006899249270.923336107554-0.0305488527328-0.02289417012910.3739585745350.01677599983330.479091235918-9.11592811092-12.694204884867.4072295863
41.65803351569-0.0298237646463-0.6192240635161.681505989030.3397377899843.65617193084-0.2324445630550.215344728815-0.1073090824560.164882126420.1432847284080.319666562631-0.0738981145776-0.8020230477460.05172559179770.6600626204850.02358043153960.1374025646770.4032991395960.04149892929820.372954869582-30.62488067612.218021310652.5304257724
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 148 through 492)AA148 - 4921 - 324
22(chain 'B' and resid 2 through 131)BB2 - 1311 - 130
33(chain 'D' and resid 2 through 130)DC2 - 1301 - 129
44(chain 'C' and resid 148 through 491)CD148 - 4911 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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