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- PDB-8s0m: Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s0m
タイトルCrystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01
要素
  • Nanobody A01
  • Spike protein S1
  • Transmembrane protease serine 2
キーワードVIRAL PROTEIN/RECEPTOR / coronavirus receptor / VIRAL PROTEIN / PROTEASE / NANOBODY / VIRAL PROTEIN-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / symbiont-mediated induction of syncytium formation / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell ...transmembrane protease serine 2 / symbiont-mediated induction of syncytium formation / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transmembrane protease serine 2 / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Duquerroy, S. / Fernandez, I. / Rey, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural basis of TMPRSS2 zymogen activation and recognition by the HKU1 seasonal coronavirus.
著者: Fernandez, I. / Saunders, N. / Duquerroy, S. / Bolland, W.H. / Arbabian, A. / Baquero, E. / Blanc, C. / Lafaye, P. / Haouz, A. / Buchrieser, J. / Schwartz, O. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: TMPRSS2 is a functional receptor for human coronavirus HKU1
著者: Saunders, N. / Fernandez, I. / Planchais, C. / Michel, V. / Rajah, M.M. / Baquero Salazar, E. / Postal, J. / Porrot, F. / Guivel-Benhassine, F. / Blanc, C. / Chauveau-Le Friec, G. / Martin, A. ...著者: Saunders, N. / Fernandez, I. / Planchais, C. / Michel, V. / Rajah, M.M. / Baquero Salazar, E. / Postal, J. / Porrot, F. / Guivel-Benhassine, F. / Blanc, C. / Chauveau-Le Friec, G. / Martin, A. / Grzelak, L. / Oktavia, R.M. / Meola, A. / Ahouzi, O. / Hoover-Watson, H. / Prot, M. / Delaune, D. / Cornelissen, M. / Deijs, M. / Meriaux, V. / Mouquet, H. / Simon-Loriere, E. / van der Hoek, L. / Lafaye, P. / Rey, F. / Buchrieser, J. / Schwartz, O.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Transmembrane protease serine 2
E: Transmembrane protease serine 2
U: Nanobody A01
A: Spike protein S1
D: Spike protein S1
V: Nanobody A01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,45013
ポリマ－198,9516
非ポリマー1,4997
水181
1
B: Transmembrane protease serine 2
U: Nanobody A01
A: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6588
ポリマ－99,4753
非ポリマー1,1835
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Transmembrane protease serine 2
D: Spike protein S1
V: Nanobody A01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7925
ポリマ－99,4753
非ポリマー3162
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)201.870, 201.870, 210.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BEAD

#1: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10


分子量: 43678.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 40835.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス)
遺伝子: S, 3 / Cell (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q0ZME7

-
抗体 , 1種, 2分子 UV

#2: 抗体 Nanobody A01


分子量: 14961.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.35 M NaH2PO4, 0.65 M K2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→25 Å / Num. obs: 58457 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 43.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 3.55→3.64 Å / 冗長度: 41.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 4358 / CC1/2: 0.223 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.55→24.97 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 2755 4.75 %
Rwork0.1929 --
obs0.1943 58058 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→24.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12567 0 94 1 12662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78817641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3624597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551919
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.55-3.610.37861070.35782573X-RAY DIFFRACTION92
3.61-3.680.31691290.33462737X-RAY DIFFRACTION98
3.68-3.750.33811530.32492745X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.820.33361370.31672781X-RAY DIFFRACTION100
3.82-3.910.31591370.28122752X-RAY DIFFRACTION100
3.91-40.29131570.24822771X-RAY DIFFRACTION100
4-4.10.27951390.23822780X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.210.24711510.21232784X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.330.21771380.19482745X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.470.21851410.17332782X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.630.18981350.17562796X-RAY DIFFRACTION100
4.63-4.810.23361340.15462781X-RAY DIFFRACTION100
4.81-5.030.18521330.15842789X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.290.20861310.16182796X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.620.22371220.18252795X-RAY DIFFRACTION100
5.62-6.050.20781660.18032749X-RAY DIFFRACTION100
6.05-6.650.23721340.21282792X-RAY DIFFRACTION100
6.65-7.580.23081550.20092786X-RAY DIFFRACTION100
7.59-9.460.18321350.17242809X-RAY DIFFRACTION100
9.47-24.970.21210.17982760X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70530.5548-1.65630.9015-0.38491.58470.2616-1.21320.24120.8803-0.0058-0.29880.36830.39710.00142.5062-0.2249-0.09212.79750.1791.84415.02268.693658.9383
23.78010.2652-1.27533.21360.18983.03370.2409-0.48590.21810.38290.00180.15720.2468-0.56390.00221.6692-0.16590.07462.141-0.10431.60414.178181.1936.3398
30.30.32430.1160.2622-0.0320.38230.4310.9393-0.3904-0.9005-0.15840.06230.96980.746-0.00173.45370.367-0.11612.3368-0.15482.294228.3558148.6246-19.756
44.00070.90350.7393.5623-0.8742.3090.36810.1334-0.5696-1.1095-0.26740.4806-0.06270.35060.00232.68940.292-0.44291.67480.16762.036418.0787158.82133.6082
53.47590.26080.50911.5028-0.41490.5485-0.0605-0.4896-0.05420.32980.2712-0.19340.49110.23780.00011.99210.1623-0.3662.2868-0.32421.932337.91881.464444.8794
60.98-0.76990.24580.5764-0.12180.52310.5708-0.1371-0.6741-1.0765-0.31910.52980.8998-0.5179-03.32970.4628-0.69442.12-0.03773.277218.1885125.245-4.6499
72.8441-0.8389-1.36632.58771.33343.19360.36630.23090.4003-0.30130.1527-0.69050.02840.2061-0.00171.72470.16380.0741.8942-0.00161.793239.735575.1659-0.8486
80.3967-0.39070.08250.67820.1860.23911.5343-0.7903-0.80580.3767-0.4972-0.86871.52290.2654-0.00963.412-0.25690.33212.4984-0.07342.264741.154539.4737-31.667
93.6727-1.61051.73873.1781-0.63162.1981-0.1025-0.1926-0.32570.29460.47240.8014-0.0274-0.110801.97320.2042-0.13491.80560.42282.095631.9971125.118540.4722
100.34290.13480.28750.03980.11010.2335-0.02120.75370.67090.36490.4746-0.5016-0.18962.2422-0.00092.5129-0.16660.03573.02250.30792.477270.6648121.657674.0765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 128 through 251 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 260 through 492 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 148 through 251 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 258 through 492 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'U'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'V'
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 10 through 303)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 304 through 366)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 10 through 301 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 305 through 366 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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