PDB-8s0m: Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s0m

タイトル

Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01

要素

Nanobody A01
Spike protein S1
Transmembrane protease serine 2

キーワード

VIRAL PROTEIN/RECEPTOR / coronavirus receptor / VIRAL PROTEIN / PROTEASE / NANOBODY / VIRAL PROTEIN-RECEPTOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell ...
類似検索 - 分子機能

Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Vicugna pacos (アルパカ)

Human coronavirus HKU1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.55 Å

データ登録者

Duquerroy, S. / Fernandez, I. / Rey, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into TMPRSS2 maturation and HKU1 binding
著者: Fernandez, I. / Saunders, N. / Duquerroy, S. / Boland, W.H. / Arbabian, A. / Baquero, E. / Lafaye, P. / Haouz, A. / Buchrieser, J. / Schwartz, O. / Rey, F.

履歴

登録	2024年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s0m.cif.gz	666 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s0m.ent.gz	556.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s0m_validation.pdf.gz	824.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s0m_full_validation.pdf.gz	842.8 KB	表示
XML形式データ	8s0m_validation.xml.gz	56.7 KB	表示
CIF形式データ	8s0m_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s0lC 8s0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (6)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Transmembrane protease serine 2

E: Transmembrane protease serine 2

U: Nanobody A01

A: Spike protein S1

D: Spike protein S1

V: Nanobody A01

ヘテロ分子

200 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Transmembrane protease serine 2

U: Nanobody A01

A: Spike protein S1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Transmembrane protease serine 2

D: Spike protein S1

V: Nanobody A01

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
99.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.870, 201.870, 210.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BEAD

#1: タンパク質	Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10 分子量: 43678.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2
#3: タンパク質	Spike protein S1 分子量: 40835.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス) 遺伝子: S, 3 / Cell (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q0ZME7

-
抗体 , 1種, 2分子 UV

#2: 抗体	Nanobody A01 分子量: 14961.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.35 M NaH2PO4, 0.65 M K2HPO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 283 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.55→25 Å / Num. obs: 58457 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 43.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.265 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 3.55→3.64 Å / 冗長度: 41.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 4358 / CC_1/2: 0.223 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.55→24.97 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	2755	4.75 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1943	58058	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.55→24.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12567	0	94	1	12662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12973
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.788	17641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.362	4597
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1919
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.55-3.61	0.3786	107	0.3578	2573	X-RAY DIFFRACTION	92
3.61-3.68	0.3169	129	0.3346	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
3.68-3.75	0.3381	153	0.3249	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.82	0.3336	137	0.3167	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-3.91	0.3159	137	0.2812	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4	0.2913	157	0.2482	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.1	0.2795	139	0.2382	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.21	0.2471	151	0.2123	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.33	0.2177	138	0.1948	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.47	0.2185	141	0.1733	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-4.63	0.1898	135	0.1756	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-4.81	0.2336	134	0.1546	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-5.03	0.1852	133	0.1584	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-5.29	0.2086	131	0.1618	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-5.62	0.2237	122	0.1825	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
5.62-6.05	0.2078	166	0.1803	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-6.65	0.2372	134	0.2128	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
6.65-7.58	0.2308	155	0.2009	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
7.59-9.46	0.1832	135	0.1724	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
9.47-24.97	0.2	121	0.1798	2760	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7053	0.5548	-1.6563	0.9015	-0.3849	1.5847	0.2616	-1.2132	0.2412	0.8803	-0.0058	-0.2988	0.3683	0.3971	0.0014	2.5062	-0.2249	-0.0921	2.7975	0.179	1.844	15.022	68.6936	58.9383
2	3.7801	0.2652	-1.2753	3.2136	0.1898	3.0337	0.2409	-0.4859	0.2181	0.3829	0.0018	0.1572	0.2468	-0.5639	0.0022	1.6692	-0.1659	0.0746	2.141	-0.1043	1.6041	4.1781	81.19	36.3398
3	0.3	0.3243	0.116	0.2622	-0.032	0.3823	0.431	0.9393	-0.3904	-0.9005	-0.1584	0.0623	0.9698	0.746	-0.0017	3.4537	0.367	-0.1161	2.3368	-0.1548	2.2942	28.3558	148.6246	-19.756
4	4.0007	0.9035	0.739	3.5623	-0.874	2.309	0.3681	0.1334	-0.5696	-1.1095	-0.2674	0.4806	-0.0627	0.3506	0.0023	2.6894	0.292	-0.4429	1.6748	0.1676	2.0364	18.0787	158.8213	3.6082
5	3.4759	0.2608	0.5091	1.5028	-0.4149	0.5485	-0.0605	-0.4896	-0.0542	0.3298	0.2712	-0.1934	0.4911	0.2378	0.0001	1.9921	0.1623	-0.366	2.2868	-0.3242	1.9323	37.918	81.4644	44.8794
6	0.98	-0.7699	0.2458	0.5764	-0.1218	0.5231	0.5708	-0.1371	-0.6741	-1.0765	-0.3191	0.5298	0.8998	-0.5179	-0	3.3297	0.4628	-0.6944	2.12	-0.0377	3.2772	18.1885	125.245	-4.6499
7	2.8441	-0.8389	-1.3663	2.5877	1.3334	3.1936	0.3663	0.2309	0.4003	-0.3013	0.1527	-0.6905	0.0284	0.2061	-0.0017	1.7247	0.1638	0.074	1.8942	-0.0016	1.7932	39.7355	75.1659	-0.8486
8	0.3967	-0.3907	0.0825	0.6782	0.186	0.2391	1.5343	-0.7903	-0.8058	0.3767	-0.4972	-0.8687	1.5229	0.2654	-0.0096	3.412	-0.2569	0.3321	2.4984	-0.0734	2.2647	41.1545	39.4737	-31.667
9	3.6727	-1.6105	1.7387	3.1781	-0.6316	2.1981	-0.1025	-0.1926	-0.3257	0.2946	0.4724	0.8014	-0.0274	-0.1108	0	1.9732	0.2042	-0.1349	1.8056	0.4228	2.0956	31.9971	125.1185	40.4722
10	0.3429	0.1348	0.2875	0.0398	0.1101	0.2335	-0.0212	0.7537	0.6709	0.3649	0.4746	-0.5016	-0.1896	2.2422	-0.0009	2.5129	-0.1666	0.0357	3.0225	0.3079	2.4772	70.6648	121.6576	74.0765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 128 through 251 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 260 through 492 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 148 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 258 through 492 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'U'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'V'
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 10 through 303)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 304 through 366)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 10 through 301 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 305 through 366 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BEAD

-
抗体 , 1種, 2分子 UV

-
糖 , 2種, 5分子

-
非ポリマー , 2種, 3分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 4分子 BEAD

-抗体 , 1種, 2分子 UV

-糖 , 2種, 5分子

-非ポリマー , 2種, 3分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BEAD

-
抗体 , 1種, 2分子 UV

-
糖 , 2種, 5分子

-
非ポリマー , 2種, 3分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)