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万見
- PDB-8s0k: A fragment-based inhibitor of SHP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s0k
タイトルA fragment-based inhibitor of SHP2
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein tyrosine phophatase / SH2 domain / autoinhibition / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / cerebellar cortex formation / positive regulation of hormone secretion / Interleukin-37 signaling / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / hormone metabolic process / Signaling by Leptin / MET activates PTPN11 / negative regulation of chondrocyte differentiation / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / face morphogenesis / Costimulation by the CD28 family / triglyceride metabolic process / ERBB signaling pathway / Signal regulatory protein family interactions / organ growth / platelet formation / megakaryocyte development / negative regulation of type I interferon production / peptide hormone receptor binding / Platelet sensitization by LDL / CTLA4 inhibitory signaling / PI-3K cascade:FGFR2 / Interleukin-20 family signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR4 / Prolactin receptor signaling / MAPK3 (ERK1) activation / PI-3K cascade:FGFR1 / PECAM1 interactions / regulation of cell adhesion mediated by integrin / MAPK1 (ERK2) activation / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Bergmann glial cell differentiation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / inner ear development / phosphoprotein phosphatase activity / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / PI3K Cascade / RET signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of protein-containing complex assembly / ephrin receptor signaling pathway / PD-1 signaling / GAB1 signalosome / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / negative regulation of insulin secretion / Regulation of IFNG signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / cell adhesion molecule binding / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR4 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / GPVI-mediated activation cascade / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / FLT3 Signaling / T cell costimulation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / phosphotyrosine residue binding / protein dephosphorylation / positive regulation of interferon-beta production / hormone-mediated signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / protein-tyrosine-phosphatase / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / protein tyrosine phosphatase activity / DNA damage checkpoint signaling / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / insulin receptor binding / Negative regulation of FGFR1 signaling / Spry regulation of FGF signaling / brain development / epidermal growth factor receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Cleasby, A. / Price, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Fragment-Based Discovery of Allosteric Inhibitors of SH2 Domain-Containing Protein Tyrosine Phosphatase-2 (SHP2).
著者: Day, J.E.H. / Berdini, V. / Castro, J. / Chessari, G. / Davies, T.G. / Day, P.J. / St Denis, J.D. / Fujiwara, H. / Fukaya, S. / Hamlett, C.C.F. / Hearn, K. / Hiscock, S.D. / Holvey, R.S. / ...著者: Day, J.E.H. / Berdini, V. / Castro, J. / Chessari, G. / Davies, T.G. / Day, P.J. / St Denis, J.D. / Fujiwara, H. / Fukaya, S. / Hamlett, C.C.F. / Hearn, K. / Hiscock, S.D. / Holvey, R.S. / Ito, S. / Kandola, N. / Kodama, Y. / Liebeschuetz, J.W. / Martins, V. / Matsuo, K. / Mortenson, P.N. / Muench, S. / Nakatsuru, Y. / Ochiiwa, H. / Palmer, N. / Peakman, T. / Price, A. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Shah, A. / Shibata, Y. / Smyth, T. / Twigg, D.G. / Wallis, N.G. / Williams, G. / Wilsher, N.E. / Woodhead, A. / Shimamura, T. / Johnson, C.N.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,5504
ポリマ－123,8002
非ポリマー7512
水13,349741
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 62.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2752
ポリマ－61,9001
非ポリマー3751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 62.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2752
ポリマ－61,9001
非ポリマー3751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.068, 212.580, 55.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP- ...Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP-2 / Shp2 / SH-PTP3


分子量: 61899.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-A1H4S / 3-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]-5-methyl-6-(piperazin-1-ylmethyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine


分子量: 375.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20Cl2N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5M K formate 15% PEG 3350 0.1M pH=8 Bis-Tris propane/HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→106.29 Å / Num. obs: 90635 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3288 / Rrim(I) all: 0.347 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.84→106.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.816 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22788 4552 5 %RANDOM
Rwork0.18131 ---
obs0.18368 85831 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.139 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20 Å2-1.01 Å2
2---0.34 Å2-0 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.84→106.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8146 0 50 741 8937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0158397
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.75111336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4731.72817447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50951008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69320.557413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76215.0221360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3481566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.029440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5284.6494035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5284.6514036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3295.5584362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3245.5584360
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.84825.8069000
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.80725.5678939
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.886 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 287 -
Rwork0.336 5601 -
obs--86.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7629-1.2384-0.37013.11130.13540.769-0.0323-0.12950.17640.22390.12710.3011-0.17250.0243-0.09480.06070.0050.04340.0109-0.00620.11.50051.24613.4158
21.43781.04980.20752.64520.36640.7933-0.11610.098-0.1246-0.19680.11140.210.1564-0.01370.00470.0901-0.0078-0.00130.01310.00210.06262.155658.10089.3082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 528
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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