PDB-8s0g: Crystal structure of Renilla reniformis luciferase-GFP BRET complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s0g

タイトル

Crystal structure of Renilla reniformis luciferase-GFP BRET complex

要素

Coelenterazine h 2-monooxygenase
Green fluorescent protein

キーワード

HYDROLASE / bioluminescence / luciferase / green fluorescent protein / BRET (bioluminescence resonance energy transfer) complex / coelenteramide emitter

機能・相同性

機能・相同性情報

Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / carboxy-lyase activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Renilla reniformis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.378 Å

データ登録者

Marek, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Renilla luciferase variant RLuc8 complexed with Renilla GFP (macromolecular BRET complex)
著者: Marek, M.

履歴

登録	2024年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s0g.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s0g.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s0g_validation.pdf.gz	839.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s0g_full_validation.pdf.gz	891.4 KB	表示
XML形式データ	8s0g_validation.xml.gz	131.7 KB	表示
CIF形式データ	8s0g_validation.cif.gz	168 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#42 - 2003年6月
緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein)
類似性 (5)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

B: Green fluorescent protein

C: Coelenterazine h 2-monooxygenase

D: Coelenterazine h 2-monooxygenase

E: Green fluorescent protein

F: Green fluorescent protein

G: Coelenterazine h 2-monooxygenase

H: Coelenterazine h 2-monooxygenase

I: Green fluorescent protein

J: Green fluorescent protein

K: Coelenterazine h 2-monooxygenase

L: Coelenterazine h 2-monooxygenase

ヘテロ分子

378 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Green fluorescent protein

B: Green fluorescent protein

C: Coelenterazine h 2-monooxygenase

D: Coelenterazine h 2-monooxygenase

登録者が定義した集合体
126 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Green fluorescent protein

F: Green fluorescent protein

G: Coelenterazine h 2-monooxygenase

H: Coelenterazine h 2-monooxygenase

登録者が定義した集合体
126 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Green fluorescent protein

J: Green fluorescent protein

K: Coelenterazine h 2-monooxygenase

L: Coelenterazine h 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
126 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.875, 96.875, 361.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 26017.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q963I9
#2: タンパク質	Coelenterazine h 2-monooxygenase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase / Renilla-type luciferase 分子量: 36992.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase
#3: 化合物	ChemComp-CEI / N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE / COELENTERAMIDE 分子量: 411.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium tartrate, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.378→48.437 Å / Num. obs: 152020 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.378→2.46 Å / Num. unique obs: 15053 / CC_1/2: 0.482

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.378→48.437 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2813	7219	4.76 %
R_work	0.2198	-	-
obs	0.2227	151773	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.378→48.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25902	0	157	371	26430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	26801
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.684	36231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.342	16796
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	3867
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3782-2.4052	0.4162	199	0.3726	4625	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4052-2.4335	0.3918	257	0.3443	4816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4335-2.4631	0.3976	294	0.3331	4766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4631-2.4943	0.3681	253	0.3256	4812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4943-2.5271	0.3919	238	0.3321	4800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5271-2.5618	0.4212	199	0.3271	4918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.5984	0.3807	197	0.3208	4819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5984-2.6371	0.4146	300	0.326	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6371-2.6783	0.4193	224	0.3242	4835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6783-2.7223	0.3967	190	0.2964	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7223-2.7692	0.3366	240	0.2842	4917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7692-2.8195	0.406	275	0.2908	4732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8195-2.8738	0.3747	199	0.2968	4867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8738-2.9324	0.3529	243	0.2902	4909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9324-2.9962	0.3358	228	0.2715	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9962-3.0659	0.3269	256	0.2661	4791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0659-3.1425	0.3122	230	0.255	4880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1425-3.2275	0.3169	240	0.253	4893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2275-3.3224	0.3102	248	0.233	4760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3224-3.4296	0.3081	218	0.2245	4869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4296-3.5522	0.3021	266	0.2239	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5522-3.6943	0.3069	281	0.2201	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6943-3.8624	0.2486	250	0.1932	4841	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8624-4.0659	0.2502	212	0.1761	4867	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0659-4.3205	0.2448	279	0.1693	4732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3205-4.6539	0.1971	266	0.1585	4833	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6539-5.1218	0.2149	221	0.1554	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1218-5.8618	0.222	272	0.1743	4770	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8618-7.381	0.2492	199	0.1964	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
7.381-48.437	0.2041	245	0.1781	4759	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.8244 Å / Origin y: 27.5361 Å / Origin z: -23.4952 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3247 Å²	0.0186 Å²	-0.0006 Å²	-	0.2495 Å²	0.0117 Å²	-	-	0.2382 Å²
L	0.0907 °²	0.0145 °²	-0.0138 °²	-	0.04 °²	-0.0461 °²	-	-	0.1477 °²
S	-0.0199 Å °	0.0028 Å °	0.0061 Å °	0.0103 Å °	-0.0145 Å °	-0.0009 Å °	-0.0225 Å °	-0.0176 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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