PDB-8s05: ArnAB complex an archaeal ortholog of the Sec23/24 core motif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s05

タイトル

ArnAB complex an archaeal ortholog of the Sec23/24 core motif

要素

(Conserved protein) x 2

キーワード

PROTEIN BINDING / Sequential Phosphorylation / Archaellum regulatory Network / Trafficking / Sulfolobus acidocaldarius / Sec23/Sec24

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Korf, L. / Steinchen, W. / Watad, M. / Bezold, F. / Vogt, M.S. / Selbach, L. / Penner, A. / Tourte, M. / Hepp, S. / Albers, S.V. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sequential conformational transition of ArnB, an archaeal ortholog with Sec23/Sec24 core motif
著者: Korf, L. / Steinchen, W. / Watad, M. / Bezold, F. / Vogt, M.S. / Selbach, L. / Penner, A. / Tourte, M. / Hepp, S. / Albers, S.V. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s05.cif.gz	481.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s05.ent.gz	399.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s05_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s05_full_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示
XML形式データ	8s05_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	8s05_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDUW2associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (3)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Conserved protein

B: Conserved protein

C: Conserved protein

D: Conserved protein

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved protein

C: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Conserved protein

D: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.100, 147.400, 62.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Conserved protein 分子量: 43672.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) 遺伝子: Saci_1211 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9H3
#2: タンパク質	Conserved protein 分子量: 24982.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) 遺伝子: Saci_1210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9H4
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 23.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.17 mol/L ammonium acetate, 0.085 mol/L sodium citrate pH 6.0, 25.5% (w/v) PEG 4000, 16.5% (v/v) glycerin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→49.14 Å / Num. obs: 27478 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.73 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.11→2.36 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1375 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.416 / R_rim(I) all: 0.659 / % possible all: 52.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS	Mar 15, 2019	データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.11→47.87 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	1364	4.97 %
R_work	0.2082	-	-
obs	0.211	27437	55.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→47.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6431	0	4	29	6464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	8835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.907	892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.18	0.2154	7	0.352	123	X-RAY DIFFRACTION	3
2.18-2.27	0.3859	19	0.3113	384	X-RAY DIFFRACTION	8
2.27-2.37	0.3244	54	0.2976	1002	X-RAY DIFFRACTION	21
2.37-2.5	0.3243	94	0.3021	1795	X-RAY DIFFRACTION	38
2.5-2.66	0.3206	115	0.3007	2346	X-RAY DIFFRACTION	50
2.66-2.86	0.3114	145	0.2872	2939	X-RAY DIFFRACTION	62
2.86-3.15	0.3409	191	0.2585	3660	X-RAY DIFFRACTION	77
3.15-3.6	0.3124	233	0.223	4502	X-RAY DIFFRACTION	95
3.61-4.54	0.2246	254	0.1717	4642	X-RAY DIFFRACTION	98
4.54-47.87	0.2272	252	0.1738	4680	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3306	0.1959	0.5046	2.308	-0.7416	0.8492	-0.2606	-0.6484	0.1345	0.9467	0.019	-0.2317	-0.5713	0.3264	-0.342	0.1883	0.0263	0.0742	0.1943	-0.0333	0.0332	-9.6015	-1.829	2.3803
2	1.5767	-0.323	0.1407	2.4247	0.4104	2.8599	0.1236	0.3524	-0.1057	-0.3295	-0.1311	0.2735	0.2119	-0.2855	-0.0044	0.1607	0.0528	-0.0056	0.173	-0.0179	0.1426	-10.7521	-16.3333	-24.3563
3	0.9861	-0.9984	-0.1895	2.4225	0.346	1.7409	-0.6499	-0.6335	-0.1128	1.2488	0.1563	0.2474	0.5571	-0.0337	-0.1108	0.2135	0.0806	-0.0002	0.2342	0.0408	0.051	-9.5191	-8.3963	4.0098
4	3.3033	-0.7539	0.602	2.4188	-0.1788	1.9108	-0.2016	0.1062	0.4088	0.2073	-0.0357	0.2268	-0.1398	0.0053	-0.0109	0.1394	0.0429	0.0201	0.2325	0.0214	0.2976	-27.2087	5.1212	-6.0533
5	1.2181	0.3899	-0.2212	2.1866	0.6813	0.3171	-0.1277	0.5203	0.6057	-0.7712	-0.3017	0.0199	-0.349	-0.4455	-0.303	0.1237	0.0804	-0.0459	0.4407	-0.0396	0.3992	-24.2352	-2.8679	-20.1191
6	0.9444	-0.6064	-0.1598	2.3568	0.1265	1.7976	-0.3156	-0.2782	-0.1303	0.3397	0.0944	0.0658	0.1037	0.4096	-0.0207	0.2795	0.0446	-0.066	0.1841	0.0086	0.0898	1.2804	-34.7614	7.6378
7	2.3279	-0.5068	-0.7171	3.1302	-1.163	1.7198	-0.0129	0.1905	0.1347	0.3865	0.2441	0.992	-0.1811	-0.3966	0.0679	0.1699	0.0226	-0.0291	0.1943	0.0223	0.28	-13.3169	-35.4606	9.8022
8	1.4707	-0.6798	-0.9278	2.7282	0.0394	1.913	0.0251	-0.0195	0.005	-0.0551	-0.0628	-0.4131	-0.1955	0.1983	0.0278	0.0824	0.062	-0.0874	0.1567	0.0861	0.1146	6.3517	-33.564	-2.3875
9	1.2145	-0.2474	0.0996	1.1682	-0.9085	1.5467	0.1892	0.3991	-0.098	-0.8645	-0.1625	-0.3524	0.4025	-0.0072	0.0579	0.5259	0.1988	0.056	0.3092	-0.0069	0.246	9.377	-53.7414	-8.2021
10	0.1971	0.0241	-0.3514	1.1144	0.3675	0.7539	0.1553	-0.1851	-0.1687	0.4646	-0.2628	-0.1847	-0.028	0.2819	-0.0008	0.2635	-0.0132	-0.054	0.2538	0.0448	0.2508	1.7247	-56.6298	7.1689
11	0.1887	0.2209	0.0495	0.2647	0.0739	0.0644	-0.5966	-0.2412	0.1911	-0.3491	-0.1762	0.6766	0.4632	-0.539	-0.0224	0.9121	0.1422	0.1756	0.8521	-0.0536	0.6427	-38.9969	3.8091	9.6012
12	0.0841	-0.0593	-0.2313	0.1063	0.2588	0.7907	-0.5412	0.6909	0.046	-0.2586	-0.0675	0.1472	0.546	-0.3987	-0.0214	0.4678	-0.015	0.0274	0.8019	0.1176	0.8895	-34.2017	0.6484	6.103
13	0.1533	0.0999	0.0017	0.1261	-0.0287	0.1008	0.3126	-0.3443	-0.4447	-0.2927	0.2172	0.3456	-0.2907	-0.8749	0.0016	1.5159	0.1952	0.2353	1.1128	0.0766	1.043	8.4452	-60.3103	-22.7373
14	0.0555	0.0167	-0.1494	0.1011	0.0107	0.5316	-0.7839	0.4129	-1.0988	-0.8068	-0.0852	0.1093	0.5366	-0.5984	-0.0056	1.3541	0.1136	-0.1495	0.7065	0.0501	1.0063	6.9615	-55.6366	-18.5001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 210 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 211 through 280 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 281 through 358 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 359 through 382 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 181 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 182 through 280 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 281 through 338 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 339 through 381 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 16 through 25 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 26 through 42 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 16 through 25 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 26 through 41 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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