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万見
- PDB-8s03: NMR solution structure of the CysD2 domain of MUC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s03
タイトルNMR solution structure of the CysD2 domain of MUC2
要素Mucin-2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / colon / transglutaminase / isopeptide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion ...inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion / detoxification of copper ion / cupric ion binding / Dectin-2 family / cuprous ion binding / extracellular matrix / Golgi lumen / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Recktenwald, C. / Karlsson, B.G. / Garcia-Bonnete, M.-J. / Katona, G. / Jensen, M. / Lymer, R. / Baeckstroem, M. / Johansson, M.E.V. / Hansson, G.C. / Trillo-Muyo, S.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: The structure of the second CysD domain of MUC2 and role in mucin organization by transglutaminase-based cross-linking.
著者: Recktenwald, C.V. / Karlsson, G. / Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G. / Jensen, M. / Lymer, R. / Backstrom, M. / Johansson, M.E.V. / Hansson, G.C. / Trillo-Muyo, S.
履歴
登録2024年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2612
ポリマ－15,2211
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mucin-2 / MUC-2 / Intestinal mucin-2


分子量: 15221.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC2, SMUC / 細胞株 (発現宿主): Lec3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO cells / 参照: UniProt: Q02817
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-1H NOESY
122anisotropic12D 1H-15N HSQC
132anisotropic12D 1H-13C HSQC
142anisotropic13D HNCA
152anisotropic13D HN(CO)CA
162anisotropic13D HN(CA)CB
172anisotropic23D (H)CCH-TOCSY
182anisotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
192anisotropic13D 1H-15N NOESY
1103anisotropic12D 1H-13C HSQC15

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.7 mM 1H cysD2, 90% H2O/10% D2O10 mM phosphate 100 mM NaCl pH 7.01H_sample90% H2O/10% D2O
solution20.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] cysD2, 90% H2O/10% D2OU13C15N labeling 10 mM phosphate 100 mM NaCl pH 7.013C15N90% H2O/10% D2O
solution30.6 mM 15N Cysteine, 15N Valine cysD2, 90% H2O/10% D2OU13C15N labeling 10 mM phosphate 100 mM NaCl pH 7.0CysVal90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMcysD21H1
0.3 mMcysD2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.6 mMcysD215N Cysteine, 15N Valine3
試料状態イオン強度: 100 mM / Ionic strength err: 1 / Label: standard / pH: 7 / PH err: 0.05 / 圧: Atmospheric pressure bar / Pressure err: 0.01 / 温度: 318 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD90013 mm TCI probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD80023 mm TCI probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospin解析
YASARA2.5Yasaara inc.精密化
CYANA3Peter Guentertstructure calculation
精密化手法: ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 4
詳細: 6 CALCIUM BOND DISTANCES, 14 HYDROGEN BONDS, 5 DISULFIDE BONDS, YASARA
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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