PDB-8rzl: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rzl

タイトル

Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

要素

Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

キーワード

PROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation / O-glycosylation

機能・相同性

alpha-D-mannopyranose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Gaines, M. / McLaren, M. / Daum, B.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.
著者: Isupov, M.N. / Gaines, M. / McLaren, M. / Daum, B.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rzl.cif.gz	226.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rzl.ent.gz	193.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rzl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rzl_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rzl_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8rzl_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	8rzl_validation.cif.gz	62.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19608MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

E: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

A: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

B: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

D: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

ヘテロ分子

128 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.

分子量: 19720.252 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JBK8

#2: 多糖

...
beta-D-glucopyranose-(1-4)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)] ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1137.028 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6SO/2=O/2=O][a2122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-4-4/a4-b1_b3-c1_b4-e1_b6-f1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}[(4+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Filament 0406 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
緩衝液	pH: 3
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 2.57 sec. / 電子線照射量: 43.3 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 20579

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	Fitting-ID
9	REFMAC	5.8.0267	モデル精密化	1
11	Coot		モデルフィッティング	2
12	ISOLDE		モデル精密化	2
13	UCSF ChimeraX		モデルフィッティング	3

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -103.281 ° / 軸方向距離/サブユニット: 31.65 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 626078 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

ID	プロトコル	空間
1
2	FLEXIBLE FIT	RECIPROCAL
3	FLEXIBLE FIT	REAL

精密化

解像度: 2.65→212.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / SU B: 4.785 / SU ML: 0.085 / ESU R: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.36349	-	-
obs	0.36349	1075437	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.998 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	-0.09 Å²	-0.07 Å²
2-	-	-0.34 Å²	-0.09 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 合計: 8895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.006	0.013	9262
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.632	1.938	12999
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	7.349	5	910
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	35.177	25.818	275
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	11.761	15	1010
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.091	0.2	1895
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6084
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	3.058	8.676	3655
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	5.392	13.014	4560
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	4.992	11.983	5607
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_refined	16.083		32699
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0	0	-
R_work	2.613	79557	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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