PDB-8rz6: SeMet derivative structure of the condensation domain TomBC from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rz6

タイトル

SeMet derivative structure of the condensation domain TomBC from the Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase

要素

Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Non-ribosomal peptide synthetase / Tomaymycin / Condensation

機能・相同性

FORMIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces regensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Karanth, M. / Schmelz, S. / Kirkpatrick, J. / Krausze, J. / Scrima, A. / Carlomagno, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The specificity of intermodular recognition in a prototypical nonribosomal peptide synthetase depends on an adaptor domain.
著者: Karanth, M.N. / Kirkpatrick, J.P. / Krausze, J. / Schmelz, S. / Scrima, A. / Carlomagno, T.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rz6.cif.gz	348.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rz6.ent.gz	285.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rz6_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rz6_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
XML形式データ	8rz6_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	8rz6_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qnfC 8qpyC 8qrxC 8qsxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase

B: Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.350, 160.870, 100.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase 分子量: 59713.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: SeMet derivative structure of the condensation domain TomBC from Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase 由来: (組換発現) Streptomyces regensis (バクテリア) Variant: FH6421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 3.0 M KFormate, with 25% glycerol used as cryoprotectant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.979733 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979733 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.91 Å / Num. obs: 139112 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.58 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 10.82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 16569 / CC_1/2: 0.747 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
AutoSol		位相決定
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.91 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	3515	5 %
R_work	0.1724	-	-
obs	0.1746	70285	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6825	0	34	586	7445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	9648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.845	1007
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.2943	138	0.2341	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.33-2.36	0.2912	139	0.2276	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.4	0.2259	140	0.2088	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.44	0.2499	139	0.208	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.48	0.2719	139	0.2099	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.48-2.52	0.2641	141	0.1988	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.57	0.2389	140	0.2045	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.62	0.3014	140	0.2058	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.67	0.247	140	0.199	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.73	0.2395	141	0.1921	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-2.79	0.241	139	0.1825	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.79-2.86	0.2368	141	0.1814	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.86-2.94	0.2563	140	0.1831	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.94-3.02	0.2401	141	0.1943	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.12	0.2391	140	0.1866	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.23	0.2415	141	0.1889	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.36	0.2097	141	0.1688	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.52	0.1862	141	0.1542	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.7	0.1884	141	0.1489	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.93	0.1859	141	0.1483	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.24	0.1812	141	0.1358	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.66	0.1641	141	0.1253	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.33	0.1739	143	0.1311	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
5.34-6.72	0.2311	143	0.1892	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
6.72-10	0.2243	144	0.2044	2720	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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