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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rz6 | ||||||
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タイトル | SeMet derivative structure of the condensation domain TomBC from the Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase | ||||||
要素 | Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Non-ribosomal peptide synthetase / Tomaymycin / Condensation | ||||||
機能・相同性 | FORMIC ACID / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces regensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Karanth, M. / Schmelz, S. / Kirkpatrick, J. / Krausze, J. / Scrima, A. / Carlomagno, T. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: The specificity of intermodular recognition in a prototypical nonribosomal peptide synthetase depends on an adaptor domain. 著者: Karanth, M.N. / Kirkpatrick, J.P. / Krausze, J. / Schmelz, S. / Scrima, A. / Carlomagno, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rz6.cif.gz | 348.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rz6.ent.gz | 285.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rz6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rz6_validation.pdf.gz | 459 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rz6_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8rz6_validation.xml.gz | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rz6_validation.cif.gz | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SeMet derivative structure of the condensation domain TomBC from Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase 由来: (組換発現) Streptomyces regensis (バクテリア) Variant: FH6421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 3.0 M KFormate, with 25% glycerol used as cryoprotectant |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.979733 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979733 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→48.91 Å / Num. obs: 139112 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.58 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 10.82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 16569 / CC1/2: 0.747 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.91 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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