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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxu
タイトルCrystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobacter ammonificans in space group P21
要素Octaheme nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / octaheme nitrite reductase / wild type
機能・相同性HEME C / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Trichlorobacter ammonificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.737 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Safonova, T.N. / Osipov, E. / Popov, A.N. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号
Russian Science Foundation23-74-30004 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobacter ammonificans in space group P21
著者: Polyakov, K.M. / Safonova, T.N. / Osipov, E. / Popov, A.N. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2024年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Octaheme nitrite reductase
MMM: Octaheme nitrite reductase
YYY: Octaheme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,72833
ポリマ-166,4793
非ポリマー15,24930
17,114950
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37500 Å2
ΔGint-628 kcal/mol
Surface area53900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.200, 64.800, 114.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Octaheme nitrite reductase


分子量: 55493.074 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichlorobacter ammonificans (バクテリア)
#2: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / : C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 950 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 17-20 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
Reflection twin
タイプCrystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
pseudo-merohedral11H, K, L10.4003
pseudo-merohedral22L, K, -H-L20.2901
pseudo-merohedral33-H-L, K, H30.3097
反射解像度: 1.737→42.877 Å / Num. obs: 145919 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.737→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.956 / Num. unique obs: 101804 / CC1/2: 0.844

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.737→42.877 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.262 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 7348 5.036 %
Rwork0.1913 138571 -
all0.195 --
obs-145919 97.76 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.737 Å2-0 Å25.607 Å2
2--9.76 Å20 Å2
3----7.023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.737→42.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11665 0 1050 950 13665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01413281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01811720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0561.80818260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4451.67527242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.49451484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52522.812626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.199152127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg12.447153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8831563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.21572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0214902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.022785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.23838
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2040.213696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.25918
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0960.26027
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0980.215
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1980.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2180.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1812.2755939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1812.2755938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8933.4127419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8933.4127420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.972.2777342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9692.2777328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6033.37510840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6013.37510822
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.97626.05617009
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.95126.02716896
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.737-1.7820.6016120.4739410X-RAY DIFFRACTION91.2501
1.782-1.8310.454790.3159715X-RAY DIFFRACTION95.6106
1.831-1.8840.3774910.2719809X-RAY DIFFRACTION99.1242
1.884-1.9420.3154630.2249608X-RAY DIFFRACTION98.9973
1.942-2.0060.3094150.2299291X-RAY DIFFRACTION99.0105
2.006-2.0760.2854440.2218856X-RAY DIFFRACTION97.9463
2.076-2.1550.2834490.2128569X-RAY DIFFRACTION98.1498
2.155-2.2430.2834660.2048116X-RAY DIFFRACTION97.756
2.243-2.3420.264520.1857754X-RAY DIFFRACTION96.7346
2.342-2.4570.2444700.1847556X-RAY DIFFRACTION99.7142
2.457-2.5890.2473200.1837409X-RAY DIFFRACTION99.6647
2.589-2.7460.2483440.1866923X-RAY DIFFRACTION99.5616
2.746-2.9360.2773400.1876449X-RAY DIFFRACTION98.4627
2.936-3.1710.2323610.1895811X-RAY DIFFRACTION97.4885
3.171-3.4730.2642880.195462X-RAY DIFFRACTION96.428
3.473-3.8820.1883440.1594955X-RAY DIFFRACTION99.8681
3.882-4.4820.1851870.1294524X-RAY DIFFRACTION99.7882
4.482-5.4860.1812120.1443825X-RAY DIFFRACTION99.5316
5.486-7.7470.1891570.1642813X-RAY DIFFRACTION94.7368
7.747-42.8770.204540.1581716X-RAY DIFFRACTION98.5523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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