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- PDB-8rxm: Galectin-3 in complex with thiogalactoside derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxm
タイトルGalectin-3 in complex with thiogalactoside derivative
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galactic / ligand / thiogalactoside derivative
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / signaling receptor inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / immunological synapse / ficolin-1-rich granule membrane / laminin binding / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / : / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Hakansson, M. / Diehl, C. / Peterson, K. / Zetterberg, F. / Nilsson, U.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Galectin-3 in complex with thiogalactoside derivative
著者: Nilsson, U. / Zetterberg, F. / Hakansson, M. / Diehl, C. / Peterson, K.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5899
ポリマ－15,7351
非ポリマー8548
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area7490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.960, 57.311, 62.234
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15735.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931

-
非ポリマー , 5種, 208分子

#2: 化合物 ChemComp-YNO / 5-bromanyl-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-[4-(4-chloranyl-1,3-thiazol-2-yl)-1,2,3-triazol-1-yl]-6-(hydroxymethyl)-3-methoxy-5-oxidanyl-oxan-2-yl]sulfanyl-pyridine-2-carbonitrile


分子量: 559.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16BrClN6O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 30 % PEG 4000, 0.1 M Tris pH 7.5, 0.2 M magnesiumchloride, 0.4 M sodium thiocyanate, 8 mM beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→42.16 Å / Num. obs: 53036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / Num. unique obs: 2592 / CC1/2: 0.899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→42.158 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.786 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1298 2732 5.16 %
Rwork0.1053 50218 -
all0.107 --
obs-52950 99.934 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.565 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→42.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 44 200 1350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0131406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1921.6561945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5371.5973113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7265191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27922.69278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37815252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8211510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0960.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2830.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2710.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2640.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0991.119653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0891.117652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2451.689838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2461.691839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3641.42753
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3631.421754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8322.0431091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8312.0441092
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.11714.7821446
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.72614.0571405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.48732728
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.1-1.1290.1612000.17136820.17138860.9540.94999.89710.152
1.129-1.1590.1812220.14135450.14337680.950.9699.97350.123
1.159-1.1930.151720.12534790.12636540.9570.96699.91790.107
1.193-1.230.1552110.11733330.1235470.9660.97199.91540.098
1.23-1.270.121970.10132580.10234570.9780.9899.94210.083
1.27-1.3150.1271850.09531480.09633330.9740.9811000.079
1.315-1.3640.1251590.09330890.09532520.9790.98199.8770.078
1.364-1.420.111490.08629620.08831140.9810.98599.90370.073
1.42-1.4830.1111630.07628380.07830010.9830.9881000.066
1.483-1.5550.1081330.07627350.07828680.9860.9891000.069
1.555-1.6390.1071310.07826140.07927450.9880.991000.071
1.639-1.7380.1121360.08324490.08425860.9870.9999.96130.077
1.738-1.8580.1021080.08123180.08224260.9890.9911000.077
1.858-2.0070.1151160.08421840.08623000.9880.9911000.082
2.007-2.1980.113990.08819930.0920930.9860.98999.95220.09
2.198-2.4560.12980.09118270.09319250.9850.9891000.095
2.456-2.8350.116760.10616370.10717130.9860.9861000.112
2.835-3.4680.129860.11313730.11414590.9810.9851000.125
3.468-4.8880.132580.11511020.11611610.9830.98699.91390.133
4.888-42.1580.273330.246520.2416970.9730.96698.27830.299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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